PDB-5fzx: High resolution solution NMR structure of the spider venom peptid...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fzx

タイトル

High resolution solution NMR structure of the spider venom peptide U5- scytotoxin-Sth1a

要素

U5-SCYTOTOXIN-STH1A

キーワード

TOXIN / SPIDER VENOM PEPTIDE / ICK

機能・相同性

toxin activity / extracellular region / U5-scytotoxin-Sth1a

機能・相同性情報

生物種

SCYTODES THORACICA (ユカタヤマシログモ)

手法

溶液NMR / CNS

データ登録者

Loening, N.M.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Characterization of Three Venom Peptides from the Spitting Spider Scytodes Thoracica.
著者: Ariki, N.K. / Munoz, L.E. / Armitage, E.L. / Goodstein, F.R. / George, K.G. / Smith, V.L. / Vetter, I. / Herzig, V. / King, G.F. / Loening, N.M.

履歴

登録	2016年3月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年6月14日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_representative / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_validate_torsion / struct_conn Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_representative.conformer_id / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num / _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_conn.pdbx_dist_value

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fzx.cif.gz	198.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fzx.ent.gz	165.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fzx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5fzx_validation.pdf.gz	475.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fzx_full_validation.pdf.gz	751.1 KB	表示
XML形式データ	5fzx_validation.xml.gz	44.4 KB	表示
CIF形式データ	5fzx_validation.cif.gz	42 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/5fzx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/5fzx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fzvC 5fzwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2gqe-d 1zdb-d 1axh-d 3aub-2 3aui-2 1s4g-d 2jot-d 4cvd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 26004

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: U5-SCYTOTOXIN-STH1A

3.92 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	TOTAL ENERGY
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質・ペプチド	U5-SCYTOTOXIN-STH1A 分子量: 3924.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SCYTODES THORACICA (ユカタヤマシログモ) 解説: TRANSCRIPT IDENTIFIED FROM CDNA LIBRARY CONSTRUCTED FROM VENOM GLAND MRNA 器官: VENOM GLAND / プラスミド: PLIC-MBP / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0A0V633
配列の詳細	SEQUENCE DEPOSITED IN THE ARACHNOSERVER SPIDER TOXIN DATABASE (WWW.ARACHNOSERVER.ORG)

#1: タンパク質・ペプチド

U5-SCYTOTOXIN-STH1A

分子量: 3924.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

SCYTODES THORACICA (ユカタヤマシログモ)
解説: TRANSCRIPT IDENTIFIED FROM CDNA LIBRARY CONSTRUCTED FROM VENOM GLAND MRNA
器官: VENOM GLAND / プラスミド: PLIC-MBP / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0A0V633

配列の詳細

SEQUENCE DEPOSITED IN THE ARACHNOSERVER SPIDER TOXIN DATABASE (WWW.ARACHNOSERVER.ORG)

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	13C CT-HSQC
1	2	1	13C HSQC
1	3	1	13C AROMATIC HSQC
1	4	1	13C AROMATIC HSQC2
1	5	1	15N HMQC (13C/15N SAMPLE)
1	6	1	(H)CCH TOCSY
1	7	1	HN(CA)CB
1	8	1	HN(CA)CO
1	9	1	HNCO
1	10	1	HN(CO)CACB
2	11	2	15N HMQC
2	12	2	15N HMQC2
2	13	2	15N HSQC-NOESY
2	14	2	15N HSQC-TOCSY
2	15	2	1H NOESY
2	16	2	1H TOCSY

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C,15N-LABELED U5-SCYTOTOXIN-STH1A, AND CALCULATED USING ARIA2 WITH WATER REFINEMENT.

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容
1	95% H2O/5% D2O
2	95% H2O/5% D2O

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	0.03	6.5	1.0 atm	298.0 K
2	0.03	6.5	1.0 atm	298.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	600	1
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	1.2	BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN	精密化
TALOS-N	4.12		構造決定
CcpNmr Analysis	2.4		構造決定

精密化

手法: CNS / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE PAPER CITATION.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: TOTAL ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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