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- PDB-5fzo: Crystal structure of the catalytic domain of human JmjD1C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fzo
タイトルCrystal structure of the catalytic domain of human JmjD1C
要素(PROBABLE JMJC DOMAIN-CONTAINING HISTONE DEMETHYLATION PROT EIN ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / JMJD1C
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / nuclear thyroid hormone receptor binding / dioxygenase activity / histone H3K9 demethylase activity / histone deacetylase complex / transcription coregulator activity / chromatin DNA binding / blood coagulation / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / regulation of DNA-templated transcription ...酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / nuclear thyroid hormone receptor binding / dioxygenase activity / histone H3K9 demethylase activity / histone deacetylase complex / transcription coregulator activity / chromatin DNA binding / blood coagulation / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Histone demethylase JHDM2-like / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Probable JmjC domain-containing histone demethylation protein 2C
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Nowak, R. / Talon, R. / Krojer, T. / Goubin, S. / McDonough, M. / Fairhead, M. / Oppermann, U. / Johansson, C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Catalytic Domain of Human Jmjd1C
著者: Nowak, R. / Goubin, S. / Mcdonough, M. / Fairhead, M. / Oppermann, U. / Johansson, C.
履歴
登録2016年3月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月6日Group: Structure summary
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROBABLE JMJC DOMAIN-CONTAINING HISTONE DEMETHYLATION PROT EIN 2C
B: PROBABLE JMJC DOMAIN-CONTAINING HISTONE DEMETHYLATION PROT EIN 2C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,1419
ポリマ－80,7742
非ポリマー3677
水9,044502
1
A: PROBABLE JMJC DOMAIN-CONTAINING HISTONE DEMETHYLATION PROT EIN 2C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4643
ポリマ－40,3731
非ポリマー902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PROBABLE JMJC DOMAIN-CONTAINING HISTONE DEMETHYLATION PROT EIN 2C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6786
ポリマ－40,4011
非ポリマー2775
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.320, 110.920, 165.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-3026-

HOH

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要素

-
PROBABLE JMJC DOMAIN-CONTAINING HISTONE DEMETHYLATION PROT EIN ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 PROBABLE JMJC DOMAIN-CONTAINING HISTONE DEMETHYLATION PROT EIN 2C / JUMONJI DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1C / THYROID RECEPTOR-INTERACTING PROTEIN 8 / TR-INTERACTING ...JUMONJI DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1C / THYROID RECEPTOR-INTERACTING PROTEIN 8 / TR-INTERACTING PROTEIN 8 / TRIP-8


分子量: 40373.176 Da / 分子数: 1 / 断片: JUMONJI DOMAIN, UNP RESIDUES 2157-2500 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC-CTHF / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2
参照: UniProt: Q15652, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q15652, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: タンパク質 PROBABLE JMJC DOMAIN-CONTAINING HISTONE DEMETHYLATION PROT EIN 2C / JUMONJI DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1C / THYROID RECEPTOR-INTERACTING PROTEIN 8 / TR-INTERACTING ...JUMONJI DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1C / THYROID RECEPTOR-INTERACTING PROTEIN 8 / TR-INTERACTING PROTEIN 8 / TRIP-8


分子量: 40401.184 Da / 分子数: 1 / 断片: JUMONJI DOMAIN, UNP RESIDUES 2157-2500 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC-CTHF / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2
参照: UniProt: Q15652, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q15652, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

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非ポリマー , 4種, 509分子

#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 502 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細M COME FROM THE EXPRESSION VECTOR.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.26 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 20% PEG3350 -- 10% ETHYLENE GLYCOL -- 0.1M BIS-TRIS-PROPANE PH 8.5 -- 0.2M POTASSIUM CITRATE TRIBASIC

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96859
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96859 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→55.46 Å / Num. obs: 72743 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 1.1 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 28.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 1.84→1.89 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
DIMPLE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YPD

2ypd


解像度: 1.84→55.46 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.24 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: CYSTEINE 2317 IN CHAIN A AND B IS MODIFIED TO SULFENIC ACID (CSD).
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2314 3626 5 %
Rwork0.1925 --
obs0.1945 72668 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→55.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5338 0 16 502 5856
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085652
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1457697
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4352042
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05841
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006994
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.84-1.86420.35791350.32472618X-RAY DIFFRACTION99
1.8642-1.88980.32651250.30252573X-RAY DIFFRACTION96
1.8898-1.91680.38141240.2932608X-RAY DIFFRACTION100
1.9168-1.94540.31391270.28932658X-RAY DIFFRACTION99
1.9454-1.97580.28821320.26562562X-RAY DIFFRACTION96
1.9758-2.00820.32761250.26982623X-RAY DIFFRACTION100
2.0082-2.04280.26021330.27292678X-RAY DIFFRACTION99
2.0428-2.080.32091300.26412555X-RAY DIFFRACTION97
2.08-2.120.28831460.25862611X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.16320.29931580.24992601X-RAY DIFFRACTION98
2.1632-2.21030.28221570.24462616X-RAY DIFFRACTION100
2.2103-2.26170.26261210.23042661X-RAY DIFFRACTION98
2.2617-2.31830.26891390.21782588X-RAY DIFFRACTION99
2.3183-2.38090.2561550.21342642X-RAY DIFFRACTION99
2.3809-2.4510.26731440.20852629X-RAY DIFFRACTION99
2.451-2.53010.25641390.20532650X-RAY DIFFRACTION99
2.5301-2.62050.23111430.19152668X-RAY DIFFRACTION100
2.6205-2.72550.24951540.19282637X-RAY DIFFRACTION99
2.7255-2.84950.23411390.19192656X-RAY DIFFRACTION99
2.8495-2.99970.23641360.18562703X-RAY DIFFRACTION100
2.9997-3.18760.21381440.18492666X-RAY DIFFRACTION100
3.1876-3.43370.25471440.17632699X-RAY DIFFRACTION100
3.4337-3.77920.19781330.15782745X-RAY DIFFRACTION100
3.7792-4.32590.1991380.15192706X-RAY DIFFRACTION100
4.3259-5.44940.15161420.1452780X-RAY DIFFRACTION100
5.4494-55.48520.1961630.17922909X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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