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万見
- PDB-5fx5: Novel inhibitors of human rhinovirus 3C protease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fx5
タイトルNovel inhibitors of human rhinovirus 3C protease
要素RHINOVIRUS 3C PROTEASE
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain ...Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HOV / TRIETHYLENE GLYCOL / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種HUMAN RHINOVIRUS 2 (ライノウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kawatkar, S. / Ek, M. / Hoesch, V. / Gagnon, M. / Nilsson, E. / Lister, T. / Olsson, L. / Patel, J. / Yu, Q.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2016
タイトル: Design and Structure-Activity Relationships of Novel Inhibitors of Human Rhinovirus 3C Protease.
著者: Kawatkar, S.P. / Gagnon, M. / Hoesch, V. / Tiong-Yip, C. / Johnson, K. / Ek, M. / Nilsson, E. / Lister, T. / Olsson, L. / Patel, J. / Yu, Q.
履歴
登録2016年2月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RHINOVIRUS 3C PROTEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2646
ポリマ－20,1261
非ポリマー1,1385
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.580, 77.639, 34.134
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2179-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 RHINOVIRUS 3C PROTEASE


分子量: 20125.793 Da / 分子数: 1 / 断片: 3C PROTEASE, RESIDUES 1508-1687 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HUMAN RHINOVIRUS 2 (ライノウイルス)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04936, EC: 2.4.22.28

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非ポリマー , 5種, 187分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-HOV / ethyl (4R)-4-[[(2S,3R)-1-[(2S)-3-methyl-2-[(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)carbonylamino]butanoyl]-3-phenyl-pyrrolidin-2-yl]carbonylamino]-5-[(3S)-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]pentanoate


分子量: 609.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H43N5O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細ETHYL (4R)-4-[[(2S, 3R)-1-[(2S)-3-METHYL-2-[(5-METHYLISOXAZOLE-3-CARBONYL)AMINO]BUTANOY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.06 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 30% PEG400, 100 MM TRIS-HCL PH 8.5, 200 MM MGCL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月5日 / 詳細: OSMIC
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→77.64 Å / Num. obs: 23481 / % possible obs: 85.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 14.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 1.56→1.65 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 33.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XYA

2xya


解像度: 1.7→22.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.112 / SU Rfree Blow DPI: 0.108 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.103
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 1057 5.07 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.175 20849 97.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.7923 Å20 Å20 Å2
2--0.2847 Å20 Å2
3----2.077 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→22.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1405 0 76 182 1663
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012996HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.185372HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d707SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes41HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes433HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2996HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.6
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.61
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion199SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3418SEMIHARMONIC4
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.9596 Å / Origin y: 2.6011 Å / Origin z: -9.2722 Å
111213212223313233
T0.1192 Å20.0106 Å2-0.0012 Å2--0.0788 Å2-0.0004 Å2---0.0966 Å2
L0.4395 °20.1277 °2-0.0175 °2-1.9976 °20.0579 °2--0.5773 °2
S-0.0414 Å °-0.0558 Å °-0.0244 Å °-0.0454 Å °0.0638 Å °0.1075 Å °-0.0036 Å °-0.0673 Å °-0.0224 Å °
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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