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- PDB-5fwg: TETRA-(5-FLUOROTRYPTOPHANYL)-GLUTATHIONE TRANSFERASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fwg
タイトルTETRA-(5-FLUOROTRYPTOPHANYL)-GLUTATHIONE TRANSFERASE
要素TETRA-(5-FLUOROTRYPTOPHANYL)-GLUTATHIONE TRANSFERASE MU CLASS
キーワードTRANSFERASE / GLUTATHIONE TRANSFERASE / UNNATURAL AMINO ACID / 5-FLUOROTRYPTOPHAN / THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE
機能・相同性
機能・相同性情報


Glutathione conjugation / nitrobenzene metabolic process / cellular detoxification of nitrogen compound / hepoxilin biosynthetic process / glutathione derivative biosynthetic process / glutathione binding / response to metal ion / prostaglandin metabolic process / glutathione transferase / nickel cation binding ...Glutathione conjugation / nitrobenzene metabolic process / cellular detoxification of nitrogen compound / hepoxilin biosynthetic process / glutathione derivative biosynthetic process / glutathione binding / response to metal ion / prostaglandin metabolic process / glutathione transferase / nickel cation binding / glutathione transferase activity / response to amino acid / xenobiotic catabolic process / response to axon injury / steroid binding / glutathione metabolic process / response to lead ion / cellular response to xenobiotic stimulus / sensory perception of smell / response to ethanol / protein kinase binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular region / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, Mu class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. ...Glutathione S-transferase, Mu class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GPR / Glutathione S-transferase Mu 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / MOLECULAR MODIFICATION / 解像度: 2 Å
データ登録者Parsons, J.F. / Xiao, G. / Armstrong, R.N. / Gilliland, G.L.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Enzymes harboring unnatural amino acids: mechanistic and structural analysis of the enhanced catalytic activity of a glutathione transferase containing 5-fluorotryptophan.
著者: Parsons, J.F. / Xiao, G. / Gilliland, G.L. / Armstrong, R.N.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1993
タイトル: Tyrosine 115 Participates Both in Chemical and Physical Steps of the Catalytic Mechanism of a Glutathione S-Transferase
著者: Johnson, W.W. / Liu, S. / Ji, X. / Gilliland, G.L. / Armstrong, R.N.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992
タイトル: Contribution of Tyrosine 6 to the Catalytic Mechanism of Isoenzyme 3-3 of Glutathione S-Transferase
著者: Liu, S. / Zhang, P. / Ji, X. / Johnson, W.W. / Gilliland, G.L. / Armstrong, R.N.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: The Three-Dimensional Structure of a Glutathione S-Transferase from the Mu Gene Class. Structural Analysis of the Binary Complex of Isoenzyme 3-3 and Glutathione at 2.2-A Resolution
著者: Ji, X. / Zhang, P. / Armstrong, R.N. / Gilliland, G.L.
履歴
登録1997年11月8日処理サイト: BNL
改定 1.01999年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月4日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TETRA-(5-FLUOROTRYPTOPHANYL)-GLUTATHIONE TRANSFERASE MU CLASS
B: TETRA-(5-FLUOROTRYPTOPHANYL)-GLUTATHIONE TRANSFERASE MU CLASS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7854
ポリマ－51,7822
非ポリマー1,0032
水6,684371
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4760 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.939, 68.747, 80.539
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.08, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.841869, -0.090312, 0.532071), (-0.089096, -0.995629, -0.028023), (0.532277, -0.023813, -0.846236)
ベクター: -6.461, 31.394, 27.26)

-
要素

#1: タンパク質 TETRA-(5-FLUOROTRYPTOPHANYL)-GLUTATHIONE TRANSFERASE MU CLASS / RAT MU CLASS GST / RAT M1-1 GST


分子量: 25890.756 Da / 分子数: 2 / 変異: 4 TRYPTOPHANS MUTATED TO 5-FLUOROTRYPTOPHANS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 細胞株: BL21 / 遺伝子: CDNA INSERT OF 3-3 (M1-1) ENZY / 器官: LIVER / プラスミド: PSW1GST33 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): CDNA INSERT OF 3-3 (M1-1) ENZYME / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P04905, glutathione transferase
#2: 化合物 ChemComp-GPR / (9R,10R)-9-(S-GLUTATHIONYL)-10-HYDROXY-9,10-DIHYDROPHENANTHRENE / γGlu-S-[(9R,10R)-10-ヒドロキシ-9,10-ジヒドロフェナントレン-9-イル]-L-Cys-Gly-(以下略)


分子量: 501.552 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H27N3O7S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化pH: 7.6 / 詳細: pH 7.6
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
22 mMinhibitor1drop
30.3 %n-octyl-beta-D-glycopyranoside1drop
410 %PEG30001drop
5100 mMHEPES1drop
624 %PEG30001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月8日 / 詳細: YALE MIRRORS
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→65 Å / Num. obs: 184888 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 6.24 % / Biso Wilson estimate: 27.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Mean I/σ(I) obs: 15 / % possible all: 68.3
反射
*PLUS
Num. obs: 29587 / % possible obs: 95 % / Num. measured all: 184888
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 68.3 % / Mean I/σ(I) obs: 9.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
TNT5E精密化
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: MOLECULAR MODIFICATION
開始モデル: PDB ENTRY 3GST

3gst


解像度: 2→65 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL V1.0 / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO /
Rfactor反射数%反射
obs0.18 28281 90 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 71.4 Å2 / ksol: 0.814 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3644 0 70 371 4085
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01738560.8
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg351541.2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d19.5322960
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.0131121.5
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0165344
X-RAY DIFFRACTIONt_it7.08937021
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.02315410
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 28444 / Rfactor obs: 0.181
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3.03
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg19.530
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.02

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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