PDB-5fvg: Structure of IrisFP at 100 K.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fvg

タイトル

Structure of IrisFP at 100 K.

要素

Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / FLURESCENT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能

生物種

Lobophyllia hemprichii (オオハナガタサンゴ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Colletier, J.P. / Gallat, F.X. / Coquelle, N. / Weik, M.

引用

ジャーナル: J.Phys.Chem.Lett / 年: 2016
タイトル: Serial Femtosecond Crystallography and Ultrafast Absorption Spectroscopy of the Photoswitchable Fluorescent Protein Irisfp.
著者: Colletier, J. / Sliwa, M. / Gallat, F. / Sugahara, M. / Guillon, V. / Schiro, G. / Coquelle, N. / Woodhouse, J. / Roux, L. / Gotthard, G. / Royant, A. / Uriarte, L.M. / Ruckebusch, C. / Joti, ...

履歴

登録	2016年2月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.2	2019年1月30日	Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_conn / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.3	2019年2月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.4	2019年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.0	2021年9月1日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_2 / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_mod_residue.auth_comp_id / _pdbx_struct_mod_residue.details / _pdbx_struct_mod_residue.label_comp_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.mon_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 3.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 3.1	2024年1月10日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 3.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fvg.cif.gz	415 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fvg.ent.gz	344.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fvg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5fvg_validation.pdf.gz	440.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fvg_full_validation.pdf.gz	452.6 KB	表示
XML形式データ	5fvg_validation.xml.gz	22.6 KB	表示
CIF形式データ	5fvg_validation.cif.gz	35 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/5fvg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/5fvg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fvfC 5fviC 2vvhS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2vvj-d 5fvi-d 6btg-1 4ljb-d 3s05-d 3p8u-d 4dxp-1 4r6b-d 6lof-1 4p76-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (4) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

B: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

C: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

D: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

ヘテロ分子

104 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.090, 96.320, 140.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP 分子量: 25604.979 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lobophyllia hemprichii (オオハナガタサンゴ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5S6Z9
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 781 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.43 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 3 M AMMONIUM SULFATE, 100MM BICINE, PH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.99
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 86705 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 1.9→1.96 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 1.67 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VVH

2vvh

解像度: 1.9→45.869 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.27 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: A LARGE STRETCH OF POSITIVE ELECTRON DENS WAS OBSERVED AT THE INTERFACE BETWEEN THE FOUR MONOMERS IN A TETRAM NOT BE ASSIGNED TO A KNOWN COMPONENT OF THE MOTHER LIQUOR SOLUTION, AND THEREFORE ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2345	4113	5 %
R_work	0.19	-	-
obs	0.1923	82249	97.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.869 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7164	0	95	781	8040

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7878
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.901	10695
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.158	4634
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1067
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1396

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9224	0.4018	139	0.3543	2639	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9224-1.9458	0.3778	140	0.3439	2662	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9458-1.9704	0.3737	139	0.3202	2646	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9704-1.9964	0.3855	135	0.3025	2558	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9964-2.0237	0.32	138	0.2821	2628	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0237-2.0526	0.3768	141	0.2737	2673	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0526-2.0833	0.2828	139	0.2583	2645	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0833-2.1158	0.3296	142	0.2494	2685	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1158-2.1505	0.2986	140	0.2326	2673	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1505-2.1876	0.3016	139	0.2276	2634	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1876-2.2274	0.3047	140	0.2253	2663	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2274-2.2702	0.2747	140	0.2089	2648	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2702-2.3165	0.2415	141	0.2131	2695	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3165-2.3669	0.3166	143	0.2065	2700	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3669-2.422	0.2538	140	0.2104	2668	X-RAY DIFFRACTION	98
2.422-2.4825	0.2479	142	0.2109	2695	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4825-2.5497	0.2699	138	0.206	2624	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5497-2.6247	0.2625	142	0.2014	2686	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6247-2.7094	0.2493	143	0.1826	2714	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7094-2.8062	0.2334	141	0.1855	2700	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8062-2.9185	0.2563	144	0.1869	2732	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9185-3.0513	0.2839	142	0.1988	2715	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0513-3.2122	0.2306	145	0.1753	2743	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2122-3.4134	0.2272	144	0.1716	2743	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4134-3.6768	0.2019	144	0.1527	2738	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6768-4.0466	0.1651	144	0.1366	2724	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0466-4.6317	0.1525	147	0.1207	2791	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6317-5.8336	0.1462	148	0.1418	2812	X-RAY DIFFRACTION	99
5.8336-45.8819	0.2229	153	0.2038	2902	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 8.7963 Å / Origin y: 2.4575 Å / Origin z: -50.9821 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.4365 Å²	0.0012 Å²	-0.0096 Å²	-	0.1441 Å²	0.013 Å²	-	-	0.1559 Å²
L	0.3323 °²	-0.0197 °²	-0.0765 °²	-	0.5947 °²	0.2077 °²	-	-	0.5297 °²
S	0.0349 Å °	0.0212 Å °	0.0468 Å °	-0.1074 Å °	-0.0035 Å °	0.026 Å °	-0.1006 Å °	0.0524 Å °	-0.0336 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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