+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4p76 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Cellular response to a crystal-forming protein | |||||||||
![]() | Photoconvertible fluorescent protein | |||||||||
![]() | LUMINESCENT PROTEIN | |||||||||
Function / homology | ![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Tsutsui, H. / Jinno, Y. / Shoda, K. / Tomita, A. / Matsuda, M. / Yamashita, E. / Katayama, H. / Nakagawa, A. / Miyawaki, A. | |||||||||
![]() | ![]() Title: A diffraction-quality protein crystal processed as an autophagic cargo Authors: Tsutsui, H. / Jinno, Y. / Shoda, K. / Tomita, A. / Matsuda, M. / Yamashita, E. / Katayama, H. / Nakagawa, A. / Miyawaki, A. | |||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 101.8 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 76.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 447.8 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 455.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 19 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 25.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
---|
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Refine code: 3
NCS oper:
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 25834.398 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: Q198S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-NA / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 48.92 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 310 K / Method: vapor diffusion |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 14, 2011 |
Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→50 Å / Num. obs: 11052 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.161 / Net I/σ(I): 19.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→2.95 Å / Redundancy: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / % possible all: 100 |
-
Processing
Software | Name: REFMAC / Version: 5.8.0069 / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Resolution: 2.9→40.354 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 15.092 / SU ML: 0.28 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.421 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 18.673 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.9→40.354 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|