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- PDB-5fvf: Room temperature structure of IrisFP determined by serial femtose... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fvf
タイトルRoom temperature structure of IrisFP determined by serial femtosecond crystallography.
要素Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP
キーワードFLUORESCENT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AMMONIUM ION / Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP
類似検索 - 構成要素
生物種Lobophyllia hemprichii (オオハナガタサンゴ)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Colletier, J.P. / Gallat, F.X. / Coquelle, N. / Weik, M.
引用ジャーナル: J.Phys.Chem.Lett. / : 2016
タイトル: Serial Femtosecond Crystallography and Ultrafast Absorption Spectroscopy of the Photoswitchable Fluorescent Protein Irisfp.
著者: Colletier, J. / Sliwa, M. / Gallat, F. / Sugahara, M. / Guillon, V. / Schiro, G. / Coquelle, N. / Woodhouse, J. / Roux, L. / Gotthard, G. / Royant, A. / Uriarte, L.M. / Ruckebusch, C. / Joti, ...著者: Colletier, J. / Sliwa, M. / Gallat, F. / Sugahara, M. / Guillon, V. / Schiro, G. / Coquelle, N. / Woodhouse, J. / Roux, L. / Gotthard, G. / Royant, A. / Uriarte, L.M. / Ruckebusch, C. / Joti, Y. / Byrdin, M. / Mizohata, E. / Nango, E. / Tanaka, T. / Tono, K. / Yabashi, M. / Adam, V. / Cammarata, M. / Schlichting, I. / Bourgeois, D. / Weik, M.
履歴
登録2016年2月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.22018年11月14日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / diffrn_source
Item: _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list
改定 1.32019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42019年2月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52019年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02021年9月1日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_2 / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_mod_residue.auth_comp_id / _pdbx_struct_mod_residue.details / _pdbx_struct_mod_residue.label_comp_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq_dif.align_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.mon_id / _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 3.12024年1月10日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 3.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP
B: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP
C: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP
D: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,28125
ポリマ-102,4204
非ポリマー1,86121
6,197344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11250 Å2
ΔGint-215 kcal/mol
Surface area35440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.330, 97.760, 142.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP


分子量: 25604.979 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lobophyllia hemprichii (オオハナガタサンゴ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5S6Z9
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#3: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : H4N
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.43 %
解説: DATA WERE COLLECTED BY SERIAL FEMTOSECOND CRYSTALLOGRAPHY. HENCE THE RMERGE REPORTED ABOVE IS IN FACT THE RSPLIT. 10899 PATTERNS WERE INDEXED.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 3 M AMMONIUM SULFATE, 100MM BICINE, PH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 297 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 1.77 / 波長: 1.77 Å
検出器タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.77 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 30981 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0.95 / 冗長度: 159 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Net I/σ(I): 3.39
反射 シェル解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 70 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 0.95 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VVH
解像度: 2.75→46.241 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2391 3062 9.9 %
Rwork0.1759 --
obs0.182 30968 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→46.241 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7161 0 97 344 7602
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0147784
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66110528
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5922893
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461047
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041372
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.7930.45141390.41061267X-RAY DIFFRACTION100
2.793-2.83880.39191450.35891214X-RAY DIFFRACTION100
2.8388-2.88770.3461450.31581245X-RAY DIFFRACTION100
2.8877-2.94020.37931340.28681237X-RAY DIFFRACTION100
2.9402-2.99680.391540.29411254X-RAY DIFFRACTION100
2.9968-3.05790.32861430.26481238X-RAY DIFFRACTION100
3.0579-3.12440.29811220.22541264X-RAY DIFFRACTION100
3.1244-3.19710.27841520.22281241X-RAY DIFFRACTION100
3.1971-3.2770.26471400.21341243X-RAY DIFFRACTION100
3.277-3.36560.29131540.21131258X-RAY DIFFRACTION100
3.3656-3.46460.24181390.20291254X-RAY DIFFRACTION100
3.4646-3.57640.26261230.16651260X-RAY DIFFRACTION100
3.5764-3.70410.22631270.15921271X-RAY DIFFRACTION100
3.7041-3.85240.20011270.15311278X-RAY DIFFRACTION100
3.8524-4.02760.24741430.14761274X-RAY DIFFRACTION100
4.0276-4.23980.211380.15261268X-RAY DIFFRACTION100
4.2398-4.50520.1991340.12681270X-RAY DIFFRACTION100
4.5052-4.85270.19071330.12481288X-RAY DIFFRACTION100
4.8527-5.34040.17421430.12231298X-RAY DIFFRACTION100
5.3404-6.11170.22021460.15521289X-RAY DIFFRACTION100
6.1117-7.69440.21171410.18431308X-RAY DIFFRACTION100
7.6944-46.24720.25991400.19431387X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.65470.21-0.90980.8795-0.77182.36260.0278-0.110.02690.2163-0.04860.21570.0729-0.211700.47910.0511-0.04410.5709-0.02670.6528-10.49579.5933-28.1338
21.4948-0.1326-0.44033.20650.93122.33160.0148-0.00180.1059-0.1697-0.0850.1807-0.23750.042300.5834-0.0234-0.01650.55410.00110.5847-1.049710.1088-36.7649
30.6923-0.56120.50951.13080.5492.24670.3036-0.5336-0.13270.6924-0.3852-0.347-0.12450.105600.85250.0570.02480.5932-0.03250.66461.97888.4404-26.1951
41.33310.6518-0.68110.53310.01751.454-0.09210.0835-0.12990.35080.08360.62940.54220.0506-00.69650.0969-0.16510.80680.00020.8293-19.028-7.9073-59.486
51.75750.14710.37712.8755-0.44231.64750.10180.0619-0.0715-0.138-0.10490.3306-0.021-0.096-00.64140.0478-0.05660.5961-0.04880.6357-8.2222-5.9159-60.1591
61.50171.46190.07451.7075-0.4881.54260.41960.32740.2839-0.7983-0.0008-0.1533-0.3598-0.1154-00.75390.1108-0.09120.7236-0.06510.585-9.1733-5.0976-69.9845
71.95170.3643-1.26831.06070.36961.1925-0.01780.43120.2717-0.4807-0.205-0.609-0.31550.6667-0.00010.8232-0.07080.09070.6861-0.00690.649230.6682-8.0224-71.9821
82.016-1.1139-0.39573.0607-0.76322.51920.24150.32140.1568-0.3881-0.1746-0.38-0.22010.2512-00.5204-0.01330.0450.6446-0.01170.611123.8444-5.1157-70.568
91.01940.75560.10780.72280.48411.01470.0411-0.09010.0438-0.1084-0.02340.00770.02740.015900.69170.0148-0.00360.63890.00940.607415.0792-8.1228-59.978
101.8179-0.52810.82830.2877-0.46270.73340.12390.08830.145-0.53590.06960.1037-0.12820.297400.84030.05190.0190.6881-0.01060.606715.7461-3.2822-70.343
110.99050.2951-0.95542.22741.38452.4090.32110.1671-1.1577-0.4028-0.05370.40620.0429-0.26-00.65040.0140.01640.66190.03320.572617.8422-14.9881-70.8428
120.6629-0.12640.18511.42-0.62351.2560.3118-0.20540.0833-0.3281-0.1609-0.59690.13240.7259-0.03230.5272-0.16240.13950.8685-0.1411.034337.014113.6647-46.7209
130.4712-0.6391-0.21841.17540.4020.1374-0.2934-0.06180.4923-0.06780.7702-0.78870.13991.66430.02660.6192-0.2250.06830.9068-0.0330.89235.928618.5857-43.1821
141.6076-0.2167-0.54411.7210.82350.5725-0.078-0.28370.02460.2015-0.0442-0.7709-0.60950.6937-0.00070.5349-0.1443-0.0360.773-0.08330.701529.739710.6541-39.4164
150.83770.3225-1.09711.35310.31151.8745-0.0476-0.06530.1458-0.30180.0596-0.32090.06240.820300.51880.00910.06240.7377-0.05530.755530.85366.4685-47.5864
160.1504-0.0855-0.04970.11650.05640.0280.80440.63930.4648-0.1704-0.7598-0.1593-1.1579-0.4469-0.00051.27370.13990.04540.68990.02960.689118.415618.004-62.0017
170.6348-0.22280.21480.096-0.16790.5396-0.1877-0.5110.0391-0.10460.70030.0769-0.0477-0.3182-00.7071-0.03820.02510.67660.02160.724518.37159.9689-42.0751
181.50770.5615-0.15880.50230.44210.873-0.465-0.3293-0.00630.57340.4488-0.1934-0.55440.03300.76-0.2384-0.01540.7847-0.01010.542118.714810.204-46.6517
190.7343-0.1566-0.45940.45680.58190.8432-0.0846-0.54070.1851-0.1590.0614-0.4308-0.16960.9043-00.64720.0281-0.05650.8658-0.00290.683727.03258.0635-35.6414
201.3296-0.65460.87050.545-0.37560.58450.1277-0.0620.55110.33610.22680.0865-0.87070.280600.9344-0.19080.08910.7515-0.04140.71826.313320.6963-41.218
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 46 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 47 THROUGH 201 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 202 THROUGH 223 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'B' AND (RESID -1 THROUGH 32 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 33 THROUGH 201 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 202 THROUGH 223 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'C' AND (RESID 1 THROUGH 32 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'C' AND (RESID 33 THROUGH 123 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'C' AND (RESID 124 THROUGH 166 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'C' AND (RESID 167 THROUGH 201 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'C' AND (RESID 202 THROUGH 223 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'D' AND (RESID 2 THROUGH 32 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'D' AND (RESID 33 THROUGH 46 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'D' AND (RESID 47 THROUGH 86 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'D' AND (RESID 87 THROUGH 123 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'D' AND (RESID 124 THROUGH 135 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'D' AND (RESID 136 THROUGH 163 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN 'D' AND (RESID 164 THROUGH 179 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN 'D' AND (RESID 180 THROUGH 201 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN 'D' AND (RESID 202 THROUGH 223 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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