PDB-5fvd: Human metapneumovirus N0-P complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fvd

タイトル

Human metapneumovirus N0-P complex

要素

NUCLEOCAPSID
PHOSPHOPROTEIN

キーワード

VIRAL PROTEIN / NUCLEOPROTEIN / MONONEGAVIRALES / PHOSPHOPROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

helical viral capsid / virion component / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA-directed RNA polymerase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

HUMAN METAPNEUMOVIRUS (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Renner, M. / Bertinelli, M. / Leyrat, C. / Paesen, G.C. / Saraiva de Oliveira, L.F. / Huiskonen, J.T. / Grimes, J.M.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Nucleocapsid assembly in pneumoviruses is regulated by conformational switching of the N protein.
著者: Renner, M. / Bertinelli, M. / Leyrat, C. / Paesen, G.C. / Saraiva de Oliveira, L.F. / Huiskonen, J.T. / Grimes, J.M.

履歴

登録	2016年2月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月2日	Group: Database references
改定 1.2	2017年3月22日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fvd.cif.gz	303.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fvd.ent.gz	247.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fvd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5fvd_validation.pdf.gz	448.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fvd_full_validation.pdf.gz	451.5 KB	表示
XML形式データ	5fvd_validation.xml.gz	32.2 KB	表示
CIF形式データ	5fvd_validation.cif.gz	48.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/5fvd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/5fvd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fvcC 2wj8S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4gsy-d 4unr-d 5nrn-d 4qgf-d 5x7j-d 6wct-1 4hld-d 6cmq-1 4qgg-d 4qg7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NUCLEOCAPSID

B: PHOSPHOPROTEIN

C: NUCLEOCAPSID

D: PHOSPHOPROTEIN

ヘテロ分子

98 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NUCLEOCAPSID

B: PHOSPHOPROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: NUCLEOCAPSID

D: PHOSPHOPROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.930, 62.780, 86.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.97, 96.38, 108.98
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	2

/ NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	NUCLEOCAPSID / HMPV N0-P 分子量: 43576.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HUMAN METAPNEUMOVIRUS (ウイルス) / 株: NL1-00 / Variant: A1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 / 参照: UniProt: Q91F57
#2: タンパク質・ペプチド	PHOSPHOPROTEIN / HMPV N0-P 分子量: 5385.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HUMAN METAPNEUMOVIRUS (ウイルス) / 株: NL1-00 / Variant: A1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 / 参照: UniProt: X4Y6K1, UniProt: Q91KZ5*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 587 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 詳細: 100 MM PCB SYSTEM, PH 7, 25 % POLYETHYLENE GLYCOL 1500, 9 MM 1,2-DIAMINOCYCLOHEXANE SULFATE, 6 MM DILOXANIDE FUROATE, 17 MM FUMARIC ACID, 10 MM SPERMINE, 9 MM SULFAGUANIDINE AND 20 MM HEPES, ...詳細: 100 MM PCB SYSTEM, PH 7, 25 % POLYETHYLENE GLYCOL 1500, 9 MM 1,2-DIAMINOCYCLOHEXANE SULFATE, 6 MM DILOXANIDE FUROATE, 17 MM FUMARIC ACID, 10 MM SPERMINE, 9 MM SULFAGUANIDINE AND 20 MM HEPES, PH 6.8 (SILVER BULLETS ADDITIVES)

結晶

マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE

結晶化

pH: 7
詳細: 100 MM PCB SYSTEM, PH 7, 25 % POLYETHYLENE GLYCOL 1500, 9 MM 1,2-DIAMINOCYCLOHEXANE SULFATE, 6 MM DILOXANIDE FUROATE, 17 MM FUMARIC ACID, 10 MM SPERMINE, 9 MM SULFAGUANIDINE AND 20 MM HEPES, ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→28.42 Å / Num. obs: 64451 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.7 % / B_iso Wilson estimate: 29.37 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 1.86→1.91 Å / 冗長度: 1.6 % / R_merge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 75

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WJ8

2wj8

解像度: 1.86→28.421 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 22.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2053	3203	5 %
R_work	0.1712	-	-
obs	0.1729	64443	94.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→28.421 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5707	0	1	587	6295

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5797
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.951	7818
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.343	3534
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	897
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1000

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.86-1.8878	0.3951	108	0.3524	1924	X-RAY DIFFRACTION	71
1.8878-1.9173	0.3076	150	0.3002	2333	X-RAY DIFFRACTION	84
1.9173-1.9487	0.2836	122	0.2703	2678	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9487-1.9823	0.307	141	0.2556	2566	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9823-2.0183	0.2939	144	0.2456	2693	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0183-2.0571	0.2703	118	0.2279	2668	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0571-2.0991	0.2616	145	0.2138	2729	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0991-2.1447	0.2393	157	0.1902	2689	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1447-2.1946	0.1883	150	0.1799	2666	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1946-2.2495	0.2317	142	0.1699	2774	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2495-2.3103	0.2476	144	0.1696	2674	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3103-2.3782	0.2012	124	0.1679	2752	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3782-2.4549	0.2245	122	0.1708	2726	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4549-2.5426	0.2302	132	0.1775	2778	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5426-2.6444	0.2347	145	0.1692	2703	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6444-2.7646	0.1989	137	0.1679	2764	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7646-2.9102	0.2192	130	0.1696	2729	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9102-3.0924	0.1857	128	0.1629	2750	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0924-3.3308	0.2046	180	0.1635	2695	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3308-3.6654	0.221	141	0.1562	2772	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6654-4.1943	0.1581	158	0.1428	2732	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1943-5.2788	0.1545	143	0.1432	2717	X-RAY DIFFRACTION	97
5.2788-28.4243	0.1855	142	0.1694	2728	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5311	0.8102	1.3338	1.3683	0.1565	1.5051	-0.015	-0.1459	-0.0511	-0.0144	0.0012	-0.2126	0.0962	0.0282	0.0026	0.2436	0.0376	0.0279	0.1901	0.0074	0.2243	44.263	-45.7776	-60.9483
2	1.5455	1.4449	0.6624	2.2254	1.2678	1.605	-0.0095	-0.0526	0.2416	-0.0214	-0.0493	0.1685	-0.1161	-0.01	0.0668	0.2399	0.0561	0.0038	0.2205	-0.0213	0.2496	38.2225	-31.0574	-60.2515
3	2.6456	-1.4448	-0.1266	3.5749	0.1096	2.1057	0.0387	0.1613	0.1024	0.0298	0.0037	-0.1749	-0.0722	0.0336	-0.0518	0.2265	-0.0366	-0.0064	0.1998	0.001	0.2126	41.7051	-6.9136	-45.2941
4	5.1316	-3.7226	-4.6508	7.7846	5.5829	7.621	0.0853	0.12	0.4411	-0.338	0.2334	-0.3978	-0.5036	0.8042	-0.2242	0.3036	-0.0813	-0.0174	0.2962	0.0629	0.4267	50.4835	0.4836	-47.3842
5	5.2461	2.1413	2.4413	6.3129	-0.0145	1.3484	0.1156	-1.1002	1.2047	0.8305	-0.328	-0.2117	-0.6042	-0.0984	0.0129	0.8709	-0.0788	-0.041	0.3457	-0.1228	0.4259	38.4051	8.7247	-32.7026
6	0.9411	-0.6898	-0.3789	1.5225	0.2265	0.8974	0.0086	0.1129	-0.0224	-0.0173	-0.0427	-0.0348	0.0011	-0.0195	0.0409	0.2443	-0.024	-0.0245	0.2568	-0.0041	0.2491	31.4462	9.6647	-6.6749
7	3.0091	1.9898	-0.0909	3.631	-0.216	1.6702	-0.033	-0.2063	-0.0797	-0.0612	0.0202	0.0164	0.0915	-0.044	-0.004	0.2446	0.0384	0.0131	0.2164	0.0094	0.2289	32.1299	-21.3947	-22.1623
8	5.5714	0.445	4.932	7.8022	-0.8678	4.569	-0.6138	-1.2763	-1.0942	2.1287	0.3305	1.0854	1.0822	-0.3505	0.4826	0.4635	-0.0172	0.0764	0.468	0.1671	0.4278	41.1462	-23.9844	-13.6331
9	6.7907	-0.256	1.9898	4.0874	1.1322	3.9763	-0.1546	0.5837	-0.9986	-0.6846	0.0019	-0.4359	0.9642	-0.0351	-0.1156	0.5824	-0.031	0.1012	0.1969	-0.0023	0.4321	33.7354	-35.2728	-30.431

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 30 THROUGH 141 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 142 THROUGH 255 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 256 THROUGH 383 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'B' AND (RESID 1 THROUGH 13 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 14 THROUGH 28 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'C' AND (RESID 30 THROUGH 255 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'C' AND (RESID 256 THROUGH 382 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'D' AND (RESID 1 THROUGH 5 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'D' AND (RESID 6 THROUGH 27 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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