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- PDB-5ft6: Crystal structure of the cysteine desulfurase CsdA (S-sulfonic ac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ft6
タイトルCrystal structure of the cysteine desulfurase CsdA (S-sulfonic acid) from Escherichia coli at 2.050 Angstroem resolution
要素CYSTEINE DESULFURASE CSDA
キーワードTRANSFERASE / L-CYSTEINE DESULFURASE / SULFUR ACCEPTOR / TRANSPERSULFURATION / SULFUR TRAFFICKING
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfur compound transport / selenocysteine catabolic process / sulfur amino acid metabolic process / Hydrolases; Acting on carbon-sulfur bonds; Acting on carbon-sulfur bonds / cysteine sulfinate desulfinase activity / selenocysteine lyase / selenocysteine lyase activity / sulfurtransferase activity / L-cysteine desulfurase complex / L-cysteine catabolic process ...sulfur compound transport / selenocysteine catabolic process / sulfur amino acid metabolic process / Hydrolases; Acting on carbon-sulfur bonds; Acting on carbon-sulfur bonds / cysteine sulfinate desulfinase activity / selenocysteine lyase / selenocysteine lyase activity / sulfurtransferase activity / L-cysteine desulfurase complex / L-cysteine catabolic process / cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / iron-sulfur cluster assembly / pyridoxal phosphate binding / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Cysteine desulphurase, catalytic subunit, CsdA / Cysteine desulfurase, SufS / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) ...Cysteine desulphurase, catalytic subunit, CsdA / Cysteine desulfurase, SufS / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Cysteine desulfurase CsdA
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.049 Å
データ登録者Fernandez, F.J. / Arda, A. / Lopez-Estepa, M. / Aranda, J. / Penya-Soler, E. / Garces, F. / Round, A. / Campos-Oliva, R. / Bruix, M. / Coll, M. ...Fernandez, F.J. / Arda, A. / Lopez-Estepa, M. / Aranda, J. / Penya-Soler, E. / Garces, F. / Round, A. / Campos-Oliva, R. / Bruix, M. / Coll, M. / Tunon, I. / Jimenez-Barbero, J. / Vega, M.C.
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2016
タイトル: Mechanism of Sulfur Transfer Across Protein-Protein Interfaces: The Cysteine Desulfurase Model System
著者: Fernandez, F.J. / Arda, A. / Lopez-Estepa, M. / Aranda, J. / Penya-Soler, E. / Garces, F. / Quintana, J.F. / Round, A. / Campos-Oliva, R. / Bruix, M. / Coll, M. / Tunon, I. / Jimenez-Barbero, J. / Vega, M.C.
履歴
登録2016年1月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月2日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: pdbx_database_related / struct / Item: _pdbx_database_related.details / _struct.title
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYSTEINE DESULFURASE CSDA
B: CYSTEINE DESULFURASE CSDA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,24315
ポリマ－86,7082
非ポリマー1,53513
水12,502694
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9850 Å2
ΔGint-43.8 kcal/mol
Surface area27720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.966, 99.786, 105.748
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.2105, 0.9635, 0.1652), (0.9649, -0.2319, 0.1229), (0.1568, 0.1335, -0.9786)
ベクター: -16.0211, 24.5116, -26.115)

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要素

#1: タンパク質 CYSTEINE DESULFURASE CSDA / CYSTEINE SULFINATE DESULFINASE / CSD / SELENOCYSTEINE LYASE / L-CYSTEINE DESULFURASE CSDA


分子量: 43354.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q46925, cysteine desulfurase, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Sリアーゼ類; -, selenocysteine lyase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 694 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.05 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→39.8 Å / Num. obs: 50628 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 21.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 92.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5FT4

5ft4


解像度: 2.049→39.796 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.23 / 位相誤差: 18.54 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: U VALUES WITH TLS ADDED.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1907 4863 5.1 %
Rwork0.1545 --
obs0.1563 50559 98.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / ksol: 0.9 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.049→39.796 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6076 0 98 694 6868
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036433
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.818773
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3182320
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043979
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031149
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0492-2.07250.29221140.2572523X-RAY DIFFRACTION81
2.0725-2.09680.26031380.24142756X-RAY DIFFRACTION89
2.0968-2.12240.25521420.22362850X-RAY DIFFRACTION92
2.1224-2.14930.22561600.21612970X-RAY DIFFRACTION97
2.1493-2.17760.24191830.2153098X-RAY DIFFRACTION99
2.1776-2.20740.26441630.20323074X-RAY DIFFRACTION100
2.2074-2.23890.23531690.18523081X-RAY DIFFRACTION100
2.2389-2.27230.25371700.19263066X-RAY DIFFRACTION100
2.2723-2.30780.24671510.17993115X-RAY DIFFRACTION100
2.3078-2.34570.23631790.17993094X-RAY DIFFRACTION100
2.3457-2.38610.22021450.16543070X-RAY DIFFRACTION100
2.3861-2.42950.17851420.16473101X-RAY DIFFRACTION100
2.4295-2.47620.24471570.16883066X-RAY DIFFRACTION100
2.4762-2.52680.20021740.16393121X-RAY DIFFRACTION100
2.5268-2.58170.20841550.16563044X-RAY DIFFRACTION100
2.5817-2.64170.21261670.15663132X-RAY DIFFRACTION100
2.6417-2.70780.1911710.15683086X-RAY DIFFRACTION100
2.7078-2.7810.21881720.14933079X-RAY DIFFRACTION100
2.781-2.86280.18681520.14713080X-RAY DIFFRACTION100
2.8628-2.95520.17711870.1413052X-RAY DIFFRACTION100
2.9552-3.06070.19441810.1373063X-RAY DIFFRACTION100
3.0607-3.18320.18211480.13543126X-RAY DIFFRACTION100
3.1832-3.3280.17921810.13223074X-RAY DIFFRACTION100
3.328-3.50340.14521700.12393074X-RAY DIFFRACTION100
3.5034-3.72280.17181540.12033105X-RAY DIFFRACTION100
3.7228-4.00990.11271360.11793111X-RAY DIFFRACTION100
4.0099-4.4130.15011580.11753096X-RAY DIFFRACTION100
4.413-5.05050.14391650.12253076X-RAY DIFFRACTION100
5.0505-6.35890.20411940.16793055X-RAY DIFFRACTION100
6.3589-39.80390.19731850.19163065X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -16.1902 Å / Origin y: 6.608 Å / Origin z: -14.0918 Å
111213212223313233
T0.027 Å2-0.0188 Å20.0006 Å2--0.0118 Å2-0.0569 Å2---0.1156 Å2
L1.8381 °2-0.3035 °20.0604 °2-0.9159 °2-0.1331 °2--0.2782 °2
S-0.0008 Å °0.0641 Å °-0.2301 Å °0.0382 Å °-0.0191 Å °-0.0714 Å °0.0127 Å °0.0267 Å °0.0113 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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