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万見
- PDB-5fsw: RNA dependent RNA polymerase QDE-1 from Thielavia terrestris -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fsw
タイトルRNA dependent RNA polymerase QDE-1 from Thielavia terrestris
要素RNA DEPENDENT RNA POLYMERASE QDE-1
キーワードTRANSFERASE / SMALL RNAS / QDE-1 ORTHOLOGUES / EVOLUTION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulatory ncRNA-mediated gene silencing / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
RNA-dependent RNA polymerase, slab domain, helical subdomain-like / RNA-dependent RNA polymerase, eukaryotic-type / RNA dependent RNA polymerase / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-dependent RNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種THIELAVIA TERRESTRIS (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Qian, X. / Hamid, F.M. / El Sahili, A. / Darwis, D.A. / Wong, Y.H. / Bhushan, S. / Makeyev, E.V. / Lescar, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Functional Evolution in Orthologous Cell-Encoded RNA-Dependent RNA Polymerases
著者: Qian, X. / Hamid, F.M. / El Sahili, A. / Darwis, D.A. / Wong, Y.H. / Bhushan, S. / Makeyev, E.V. / Lescar, J.
履歴
登録2016年1月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月9日Group: Database references
改定 1.22016年5月11日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AG" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AG" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN **-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A -9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BG" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN -2-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A -1-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "CF" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN -2-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A -1-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "DF" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN -2-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A -1-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA DEPENDENT RNA POLYMERASE QDE-1
B: RNA DEPENDENT RNA POLYMERASE QDE-1
C: RNA DEPENDENT RNA POLYMERASE QDE-1
D: RNA DEPENDENT RNA POLYMERASE QDE-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)464,2354
ポリマ－464,2354
非ポリマー00
水00
1
A: RNA DEPENDENT RNA POLYMERASE QDE-1
B: RNA DEPENDENT RNA POLYMERASE QDE-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,1182
ポリマ－232,1182
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7300 Å2
ΔGint-48.2 kcal/mol
Surface area82230 Å2
手法PISA
2
C: RNA DEPENDENT RNA POLYMERASE QDE-1
D: RNA DEPENDENT RNA POLYMERASE QDE-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,1182
ポリマ－232,1182
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7090 Å2
ΔGint-43.4 kcal/mol
Surface area81520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.230, 165.950, 173.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 22 - 1006 / Label seq-ID: 22 - 1006

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99961, 0.00692, 0.02697), (-0.02645, 0.06664, -0.99743), (-0.0087, -0.99775, -0.06643)64.26906, 78.77675, 83.72645
2given(-0.99953, -0.00828, -0.02939), (-0.02981, 0.05664, 0.99795), (-0.0066, 0.99836, -0.05686)4.76018, -176.00908, 186.55022

-
要素

#1: タンパク質
RNA DEPENDENT RNA POLYMERASE QDE-1 / RDRP QDE


分子量: 116058.859 Da / 分子数: 4 / 断片: RDRP C-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 364-1373 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) THIELAVIA TERRESTRIS (菌類) / 解説: SYNTHETIC GENE FROM AEO68606.1 FROM E364 TO D1373 / プラスミド: PFB-LIC-BSE / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: G2R911

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: 100 MM TRIS PH8, 75 MM NACL, 10% PEG10K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.0332
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.19→50 Å / Num. obs: 78767 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.47 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 8.23
反射 シェル解像度: 3.19→3.38 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 3.14 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2J7N

2j7n


解像度: 3.19→48.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.854 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8 / SU B: 29.47 / SU ML: 0.256 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25094 3829 4.8 %RANDOM
Rwork0.21297 ---
obs0.21481 75503 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.585 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.23 Å20 Å21.53 Å2
2--9.93 Å20 Å2
3----2.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.19→48.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28130 0 0 0 28130
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.01928716
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.0226584
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8491.95238656
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.637361139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.01853628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.01723.2371180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.431154668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.64315227
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.24156
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02132166
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.026514
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A465720.16
12B465720.16
21A469330.15
22C469330.15
31A466960.16
32D466960.16
41B478500.14
42C478500.14
51B480430.13
52D480430.13
61C479370.13
62D479370.13
LS精密化 シェル解像度: 3.19→3.272 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.166 251 -
Rwork0.14 5366 -
obs--96.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.02250.0419-0.00530.2431-0.03540.00820.01740.00050.0244-0.0168-0.01580.0369-0.01490.0153-0.00160.1713-0.01280.0020.17280.00030.029516.53714.68991.311
20.1743-0.0815-0.01330.10430.01480.10860.0110.06180.0317-0.0635-0.0161-0.0077-0.0230.00560.00510.1875-0.00640.00470.14910.00950.007850.301-11.7562.867
30.0195-0.01870.02440.0299-0.02520.0341-0.00710.014-0.00070.016-0.0043-0.0096-0.01260.0010.01140.1681-0.00160.01440.2138-0.00060.061416.754-26.572178.033
40.0434-0.01360.00160.0061-0.0020.0015-0.01260.0179-0.00280.01410.011-0.0019-0.0066-0.01540.00150.2122-0.00540.00360.2148-0.00150.0361-17.009-0.338149.81
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A22 - 1006
2X-RAY DIFFRACTION2B22 - 1006
3X-RAY DIFFRACTION3C22 - 1006
4X-RAY DIFFRACTION4D22 - 1006

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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