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- PDB-5fs9: Crystal structure of the G338E mutant of human apoptosis inducing... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fs9
タイトルCrystal structure of the G338E mutant of human apoptosis inducing factor
要素APOPTOSIS-INDUCING FACTOR 1, MITOCHONDRIAL
キーワードOXIDOREDUCTASE / MITOCHONDRIA / FLAVOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; その他が電子受容体 / regulation of apoptotic DNA fragmentation / mitochondrial respiratory chain complex assembly / protein import into mitochondrial intermembrane space / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / poly-ADP-D-ribose binding / cellular response to aldosterone / positive regulation of necroptotic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / chromosome condensation ...酸化還元酵素; その他が電子受容体 / regulation of apoptotic DNA fragmentation / mitochondrial respiratory chain complex assembly / protein import into mitochondrial intermembrane space / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / poly-ADP-D-ribose binding / cellular response to aldosterone / positive regulation of necroptotic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / chromosome condensation / response to L-glutamate / NADH dehydrogenase activity / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to nitric oxide / FAD binding / response to ischemia / cellular response to estradiol stimulus / neuron differentiation / mitochondrial intermembrane space / : / cellular response to hydrogen peroxide / response to toxic substance / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to hypoxia / neuron apoptotic process / mitochondrial inner membrane / protein dimerization activity / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / DNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial apoptosis-inducing factor, C-terminal domain / Apoptosis-inducing factor, mitochondrion-associated, C-term / Apoptosis-inducing factor, mitochondrion-associated, C-term / : / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 ...Mitochondrial apoptosis-inducing factor, C-terminal domain / Apoptosis-inducing factor, mitochondrion-associated, C-term / Apoptosis-inducing factor, mitochondrion-associated, C-term / : / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Sevrioukova, I.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure/Function Relations in Aifm1 Variants Associated with Neurodegenerative Disorders.
著者: Sevrioukova, I.F.
履歴
登録2015年12月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月18日Group: Derived calculations
改定 1.22016年5月25日Group: Database references
改定 1.32016年9月28日Group: Database references
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: APOPTOSIS-INDUCING FACTOR 1, MITOCHONDRIAL
B: APOPTOSIS-INDUCING FACTOR 1, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,3776
ポリマ－112,6222
非ポリマー1,7554
水9,746541
1
A: APOPTOSIS-INDUCING FACTOR 1, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1893
ポリマ－56,3111
非ポリマー8782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: APOPTOSIS-INDUCING FACTOR 1, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1893
ポリマ－56,3111
非ポリマー8782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.619, 114.930, 121.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 APOPTOSIS-INDUCING FACTOR 1, MITOCHONDRIAL / PROGRAMMED CELL DEATH PROTEIN 8 / APOPTOSIS INDUCING FACTOR


分子量: 56310.945 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 104-613 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: RESIDUES 104-125,531-558 AND 613-617 IN CHAIN A AND 104-125 AND 531-557 IN CHAIN B ARE DISORDERED. EACH CHAIN HAS 4 ADDITIONAL C-TERMINAL RESIDUES L614-V615- P616-R617, PART OF THE THROMBIN CLEAVAGE SITE
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O95831, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 541 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細G338E MUTATION AND 4 ADDITIONAL C-TERMINAL RESIDUES L614- V615-P616-R617 G338E MUTATION AND 4 ...G338E MUTATION AND 4 ADDITIONAL C-TERMINAL RESIDUES L614- V615-P616-R617 G338E MUTATION AND 4 ADDITIONAL C-TERMINAL RESIDUES L614- V615-P616-R617

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.58 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 0.2 M LITHIUM SULFATE, 0.1M TRIS, PH 8.5, AND 25% POLY-ETHYLENE GLYCOL 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月24日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→61.44 Å / Num. obs: 128212 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5FS8

5fs8


解像度: 1.75→114.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 4.867 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19995 6431 5 %RANDOM
Rwork0.17462 ---
obs0.17588 121533 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.851 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→114.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7152 0 118 541 7811
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0197523
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027296
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.441.98210210
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.769316811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8715955
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.77523.562320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.238151306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2591559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.21130
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0218460
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021689
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9642.6943739
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9642.6923738
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0224.0234678
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7183.1053784
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.44.4897717
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 461 -
Rwork0.377 8875 -
obs--99.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9402-0.20280.09451.35040.25921.28150.02260.0226-0.11870.0620.0427-0.09090.22390.0724-0.06520.04150.0176-0.01060.0144-0.00190.0308-3.5554-14.758232.4351
21.6989-0.1028-0.23370.80570.20130.66140.04350.10450.08420.0343-0.02090.05180.0196-0.0904-0.02250.01960.0082-0.00050.02130.00650.0127-44.62688.022142.9523
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A126 - 1002
2X-RAY DIFFRACTION2B126 - 1000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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