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- PDB-5frt: Structure of the FeSII (shethna) protein of Azotobacter vinelandii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5frt
タイトルStructure of the FeSII (shethna) protein of Azotobacter vinelandii
要素DIMERIC (2FE-2S) PROTEIN
キーワードOXIDOREDUCTASE / NITROGENASE / OXYGEN PROTECTION / FERREDOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrogen fixation / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Protein FeSII
類似検索 - 構成要素
生物種AZOTOBACTER VINELANDII (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Kabasakal, B.V. / Cotton, C.A.R. / Lieber, L. / Murray, J.W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Fesi Protein from Azotobacter Vinelandii
著者: Kabasakal, B. / Cotton, C.A.R. / Lieber, L. / Murray, J.W.
履歴
登録2015年12月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIMERIC (2FE-2S) PROTEIN
B: DIMERIC (2FE-2S) PROTEIN
C: DIMERIC (2FE-2S) PROTEIN
D: DIMERIC (2FE-2S) PROTEIN
E: DIMERIC (2FE-2S) PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,32610
ポリマ－66,4475
非ポリマー8795
水93752
1
C: DIMERIC (2FE-2S) PROTEIN
D: DIMERIC (2FE-2S) PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9304
ポリマ－26,5792
非ポリマー3522
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-45.8 kcal/mol
Surface area13010 Å2
手法PISA
2
A: DIMERIC (2FE-2S) PROTEIN
ヘテロ分子

B: DIMERIC (2FE-2S) PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9304
ポリマ－26,5792
非ポリマー3522
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area2480 Å2
ΔGint-44.1 kcal/mol
Surface area13320 Å2
手法PISA
3
B: DIMERIC (2FE-2S) PROTEIN
ヘテロ分子

A: DIMERIC (2FE-2S) PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9304
ポリマ－26,5792
非ポリマー3522
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
Buried area2480 Å2
ΔGint-44.1 kcal/mol
Surface area13320 Å2
手法PISA
4
E: DIMERIC (2FE-2S) PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4652
ポリマ－13,2891
非ポリマー1761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.560, 134.530, 36.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-2001-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
DIMERIC (2FE-2S) PROTEIN / FESII PROTEIN / SHETHA PROTEIN II


分子量: 13289.330 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FE2S2 CLUSTER BOUND
由来: (組換発現) AZOTOBACTER VINELANDII (窒素固定)
解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): KRX / 参照: UniProt: Q44501
#2: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 0.1M NA HEPES PH 8.0, 0.2 M NA CITRATE, 24% W/V PEG 3350.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625, 1.73487
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.976251
21.734871
反射解像度: 2.34→67.26 Å / Num. obs: 28854 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 53.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.34→2.4 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIXAUTOSOL位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.34→67.265 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2517 1341 4.7 %
Rwork0.2171 --
obs0.2188 28796 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→67.265 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4353 0 20 52 4425
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074456
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2055995
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.12742
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085707
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008779
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.34-2.42370.35471360.31652666X-RAY DIFFRACTION99
2.4237-2.52070.35551350.32122669X-RAY DIFFRACTION100
2.5207-2.63540.35211210.29252733X-RAY DIFFRACTION100
2.6354-2.77440.31381290.27612701X-RAY DIFFRACTION100
2.7744-2.94820.28481200.25932713X-RAY DIFFRACTION100
2.9482-3.17580.31281290.26682736X-RAY DIFFRACTION100
3.1758-3.49540.22781400.22212731X-RAY DIFFRACTION100
3.4954-4.00120.23671210.21132782X-RAY DIFFRACTION100
4.0012-5.04080.21961620.16852765X-RAY DIFFRACTION100
5.0408-67.29280.2291480.19062959X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2074-1.1621.63623.19820.89341.00160.33530.1752-0.44480.1289-0.0584-0.10680.16610.09850.00080.4502-0.038-0.06290.3271-0.02730.407719.1482-39.813-1.6496
20.42170.4127-0.0844-0.5911-1.96561.6038-0.04110.02310.16290.4177-0.04760.13190.0868-0.58550.00010.6997-0.09630.02010.4774-0.05520.471123.1839-15.2614-16.2617
30.87490.92620.94651.71860.97980.3891-0.03070.1239-0.3214-0.1778-0.1775-0.20420.0408-0.1872-0.00020.42720.00720.01280.4332-0.06030.363118.2932-35.4523-5.507
41.1561-0.24140.46210.68090.55360.7008-0.2103-0.0587-0.2835-0.45780.6592-1.13270.04830.24170.02970.5007-0.07790.05630.4516-0.11290.541433.6238-22.1721-4.0294
5-0.02130.04490.0146-0.0146-0.0717-0.0522-0.2272-0.68010.46440.63230.3984-0.3262-0.2379-0.1949-0.00020.51120.1887-0.17290.8487-0.17550.604742.5781-22.329811.6358
60.0029-0.0031-0.14780.0350.1328-0.0454-0.0314-0.0291-0.3995-0.27090.5193-1.3876-1.25230.2280.00470.5588-0.08110.08550.485-0.22530.86940.4901-16.75093.3529
70.9472-0.07260.89150.6205-0.38240.5061-0.1944-0.00440.3634-0.16170.3282-0.39010.35680.04570.00020.4602-0.0815-0.01880.4003-0.11920.5133.5453-11.40735.4578
80.0589-0.5283-0.21330.0758-0.2727-0.0169-0.1905-1.22790.27540.25380.11690.10560.13630.7505-0.00070.7130.03810.00330.6734-0.10650.456521.0584-30.732813.9044
90.07910.15980.12240.15270.18980.2240.34380.798-0.1192-1.82120.1222-0.8364-0.5951-0.589-0.02570.77050.0437-0.0740.7755-0.02390.76737.7024-33.605221.0401
100.28290.2971-0.79690.4181-0.48361.77380.74420.20451.23940.0931.2521.2458-1.9989-0.62570.2010.86430.06770.06310.84180.00120.800610.2238-25.194320.9867
11-0.1349-0.03840.3701-0.003-0.4885-0.13930.15460.15530.49770.86490.06660.11320.3213-0.03960.00160.5481-0.07780.01470.5069-0.03680.399722.7233-19.81228.5134
120.6210.43780.89850.47190.770.2975-0.0835-0.2322-0.007-0.0240.2083-0.47520.2314-0.40490.00250.44020.0361-0.10450.3351-0.04550.501331.3206-19.08354.3904
132.78081.5448-1.12691.2890.57341.25750.18020.14710.93880.1737-0.0244-0.0218-0.4279-0.60240.02330.43780.21990.09030.47990.01840.594514.010626.2341-3.2695
140.2513-0.4527-0.71110.81160.01260.34910.16590.5113-0.1285-0.52780.13180.33430.1188-0.65730.00230.56020.0187-0.08030.6203-0.09440.683825.45983.611112.9767
151.3448-0.3014-0.69950.8723-0.52352.1490.1804-0.58560.56220.30590.06030.1588-0.0151-0.54140.00010.55470.04530.00730.6836-0.0590.595314.082521.0727-1.6376
160.5339-0.3916-0.28380.42120.81780.68320.2339-0.27220.5784-0.0080.16980.0118-0.29890.60830.00010.4833-0.00320.00950.4114-0.04220.398631.592318.659433.3694
170.1508-0.0583-0.15410.05380.11140.04350.7621.4457-0.00760.1328-1.78280.7644-0.06250.1302-0.00020.75770.1130.02420.65570.23850.500239.289823.108119.5629
180.452-0.1807-0.20170.16150.04320.1250.55960.73140.669-0.1854-0.1251-0.98770.51961.3844-0.01740.42480.05870.03240.5538-0.06250.642140.08116.438325.8783
191.01550.6499-0.73450.60750.1250.71120.05190.3463-0.30070.33330.0863-0.52120.27740.0957-0.00050.40080.073-0.07840.5002-0.13420.467435.92248.575324.2099
200.70171.11990.63922.988-0.15521.2393-0.27420.9756-0.28710.82460.66750.2372-0.3449-0.62140.67110.0914-0.07390.17411.1768-0.01530.33589.885917.031510.5835
213.62121.038-0.14611.4794-0.39730.72130.03120.5825-1.5969-0.3651-0.1225-0.2767-0.6984-0.4987-0.10310.42630.1103-0.09280.6295-0.06780.209723.494611.619720.602
222.30610.0677-0.08750.03280.39530.55890.0934-0.0166-0.3519-0.088-0.035-0.2915-0.4032-0.2422-0.00550.60990.03710.05840.32180.1040.416130.756414.776124.9025
232.8768-0.89090.20152.5393-0.65494.8605-0.4207-1.0211.13690.0139-0.3230.3359-0.2588-0.2248-1.35360.3690.068-0.05660.5977-0.13560.516757.53226.773816.0927
24-0.0217-0.05910.16120.15810.0233-0.11220.0764-0.2670.94240.380.77860.72120.81020.64720.0030.51220.033-0.12460.8651-0.04761.126848.850813.249710.6661
250.85570.6555-0.34990.3635-0.09520.31650.0831-0.5964-0.0632-0.06320.2280.61190.4648-0.60730.01750.28490.0359-0.03740.57330.09450.434253.75652.53146.5663
260.2722-0.2373-0.46460.09430.4590.89980.24170.3131-0.26330.5599-0.5176-0.74680.3021-0.4028-0.15610.7160.1046-0.13980.63120.21560.803750.444-9.46619.6514
271.482.02720.02360.8546-0.43790.1084-0.64190.03880.2569-0.230.51670.21860.0932-0.0427-0.06250.3815-0.0344-0.08630.52030.03460.429452.22151.1734.9926
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 2 THROUGH 56 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 57 THROUGH 96 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 97 THROUGH 120 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'B' AND (RESID 2 THROUGH 18 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 19 THROUGH 26 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 27 THROUGH 33 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 34 THROUGH 56 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 57 THROUGH 68 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 69 THROUGH 77 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'B' AND (RESID 78 THROUGH 89 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'B' AND (RESID 90 THROUGH 103 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'B' AND (RESID 104 THROUGH 120 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'C' AND (RESID 2 THROUGH 68 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'C' AND (RESID 69 THROUGH 89 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'C' AND (RESID 90 THROUGH 120 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'D' AND (RESID 2 THROUGH 18 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'D' AND (RESID 19 THROUGH 26 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN 'D' AND (RESID 27 THROUGH 33 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN 'D' AND (RESID 34 THROUGH 56 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN 'D' AND (RESID 57 THROUGH 89 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN 'D' AND (RESID 90 THROUGH 103 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN 'D' AND (RESID 104 THROUGH 120 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN 'E' AND (RESID 2 THROUGH 33 )
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN 'E' AND (RESID 34 THROUGH 43 )
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN 'E' AND (RESID 44 THROUGH 58 )
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN 'E' AND (RESID 59 THROUGH 68 )
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN 'E' AND (RESID 69 THROUGH 120 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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