PDB-5frq: Crystal Structure of Helicobacter pylori beta clamp bound to DNA ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5frq

タイトル

Crystal Structure of Helicobacter pylori beta clamp bound to DNA ligase peptide

要素

DNA LIGASE
DNA POLYMERASE III SUBUNIT BETA

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

: / DNA ligase (NAD+) / DNA ligase (NAD+) activity / DNA polymerase III complex / DNA strand elongation involved in DNA replication / 3'-5' exonuclease activity / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / DNA binding / metal ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Pandey, P. / Gourinath, S.

引用

ジャーナル: Sci.Rep. / 年: 2016
タイトル: Structural Insight Into Beta-Clamp and its Interaction with DNA Ligase in Helicobacter Pylori
著者: Pandey, P. / Tarique, K.F. / Mazumder, M. / Abdul Rehman, S.A. / Gourinath, S.

履歴

登録	2015年12月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月11日	Group: Derived calculations / Other カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5frq.cif.gz	561.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5frq.ent.gz	468.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5frq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5frq_validation.pdf.gz	472.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5frq_full_validation.pdf.gz	496.7 KB	表示
XML形式データ	5frq_validation.xml.gz	49.3 KB	表示
CIF形式データ	5frq_validation.cif.gz	67.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/5frq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/5frq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rkiSC 4s3iC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5e0t-2 3ih5-1 2db4-d 5ovu-1 6qcg-d 4y4l-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (20) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (13) #3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (2) #10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (2) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (2) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (20)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (13)
#3 - 2000年3月
DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
類似性 (2)
#10 - 2000年10月
リボソーム (Ribosome)
類似性 (2)
#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (2)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (2)

登録構造単位

A: DNA POLYMERASE III SUBUNIT BETA

B: DNA POLYMERASE III SUBUNIT BETA

C: DNA POLYMERASE III SUBUNIT BETA

D: DNA POLYMERASE III SUBUNIT BETA

G: DNA LIGASE

L: DNA LIGASE

176 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.829, 146.147, 179.075
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	A	A	1 - 373	3 - 375
2	1	THR	THR	B	B	1 - 373	3 - 375
1	2	THR	THR	A	A	1 - 373	3 - 375
2	2	THR	THR	C	C	1 - 373	3 - 375
1	3	THR	THR	A	A	1 - 373	3 - 375
2	3	THR	THR	D	D	1 - 373	3 - 375
1	4	THR	THR	B	B	1 - 373	3 - 375
2	4	THR	THR	C	C	1 - 373	3 - 375
1	5	LEU	LEU	B	B	1 - 374	3 - 376
2	5	LEU	LEU	D	D	1 - 374	3 - 376
1	6	THR	THR	C	C	1 - 373	3 - 375
2	6	THR	THR	D	D	1 - 373	3 - 375

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	DNA POLYMERASE III SUBUNIT BETA / BETA CLAMP 分子量: 43511.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌) / 株: 26695 / 器官: STOMACH LINING, UPPER INTESTINAL LINING / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O25242, DNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質・ペプチド	DNA LIGASE 分子量: 1040.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌) / 株: 26695 / 参照: UniProt: O25336*PLUS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.31 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 6% W/V PEG 20,000, 20% V/V PEG MME550, 0.01M MGCL2, 0.1M MOPS/HEPES-NA PH7.3, 0.2M AMMONIUM CITRATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 289 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.93
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 35997 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(I): 0.3 / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 2.9→50 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0135 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4RKI

4rki

解像度: 2.9→113.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.906 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / SU B: 46.799 / SU ML: 0.367 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 6.599 / ESU R Free: 0.453 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26154	1847	5.1 %	RANDOM
R_work	0.23147	-	-	-
obs	0.23302	34649	94.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→113.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11497	0	0	10	11507

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	11686
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	11523
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.807	1.985	15711
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.932	3	26758
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.017	5	1433
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.645	25.847	484
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.149	15	2302
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.156	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	1843
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	12707
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	2401
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	43866	0.11
1	2	B	43866	0.11
2	1	A	43186	0.12
2	2	C	43186	0.12
3	1	A	42296	0.12
3	2	D	42296	0.12
4	1	B	43424	0.12
4	2	C	43424	0.12
5	1	B	41874	0.12
5	2	D	41874	0.12
6	1	C	41486	0.13
6	2	D	41486	0.13

LS精密化シェル

解像度: 2.898→2.973 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.42	137	-
R_work	0.345	2566	-
obs	-	-	95.24 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6746	0.0983	-0.5568	0.8159	-0.0158	2.871	-0.0004	0.0294	0.1027	-0.0193	0.0163	0.0702	-0.1211	-0.0253	-0.016	0.3051	0.0412	-0.039	0.0078	-0.0177	0.5446	6.705	24.149	-17.12
2	0.7385	-0.1672	-0.5111	1.0644	1.2068	3.0127	0.0307	0.1291	0.003	-0.1794	-0.0394	-0.0945	-0.2039	0.0914	0.0087	0.3898	0.0337	-0.0429	0.0801	0.0383	0.591	35.885	10.244	-31.318
3	0.7697	0.3252	0.5041	1.0191	0.6121	2.405	0.0419	-0.0122	-0.1144	0.0292	-0.0363	-0.0498	0.1834	0.056	-0.0056	0.3686	0.034	-0.0429	0.0731	0.0451	0.6128	22.45	-22.719	-9.702
4	0.5391	0.0844	0.126	0.7451	-0.1854	2.8648	-0.0027	0.0564	-0.0483	-0.011	-0.0346	0.0568	0.1544	-0.1672	0.0373	0.3274	0.0241	0.0053	0.0426	-0.0039	0.5571	-6.74	-14.519	-27.428
5	10.7346	-3.7695	-0.4217	5.1577	5.9279	8.7721	0.4687	0.0403	-0.3436	0.202	-0.131	-0.1304	0.3976	-0.2487	-0.3377	0.5834	0.0711	-0.0134	0.2721	-0.0306	0.4655	-9.165	26.123	1.984
6	1.2961	-3.1897	-1.1014	21.1717	9.5392	4.4413	-0.0467	-0.1568	0.1129	0.0255	0.3044	-0.4853	-0.0188	0.0657	-0.2577	0.5624	0.1067	0.0397	0.5703	0.0744	0.669	-17.637	-6.513	-48.168

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 373
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 374
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 373
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 374
5	X-RAY DIFFRACTION	5	G	370 - 375
6	X-RAY DIFFRACTION	6	L	370 - 375

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)