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- PDB-5frp: Structure of the Pds5-Scc1 complex and implications for cohesin f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5frp
タイトルStructure of the Pds5-Scc1 complex and implications for cohesin function
要素
  • MCD1-LIKE PROTEIN
  • SISTER CHROMATID COHESION PROTEIN PDS5
キーワードCELL CYCLE / CELL DIVISION / COHESIN / DNA REPLICATION / SISTER CHROMATID COHESION / PDS5 / SMC3 / SCC1 / SMC1 / WAPL
機能・相同性
機能・相同性情報


meiotic recombination initiation complex / Establishment of Sister Chromatid Cohesion / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / meiotic DNA double-strand break formation / mitotic cohesin complex / synaptonemal complex assembly / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / homologous chromosome pairing at meiosis / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / establishment of mitotic sister chromatid cohesion ...meiotic recombination initiation complex / Establishment of Sister Chromatid Cohesion / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / meiotic DNA double-strand break formation / mitotic cohesin complex / synaptonemal complex assembly / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / homologous chromosome pairing at meiosis / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / chromatin looping / mitotic chromosome condensation / mitotic sister chromatid cohesion / protein acetylation / chromosome, centromeric region / condensed nuclear chromosome / meiotic cell cycle / G2/M transition of mitotic cell cycle / double-strand break repair / cell division / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / apoptotic process / protein kinase binding / structural molecule activity / mitochondrion / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sister chromatid cohesion protein Pds5 / non-SMC mitotic condensation complex subunit 1 / Sister chromatid cohesion protein PDS5 protein / Rad21/Rec8-like protein, C-terminal, eukaryotic / Rad21/Rec8-like protein, N-terminal / Rad21/Rec8-like protein / Conserved region of Rad21 / Rec8 like protein / N terminus of Rad21 / Rec8 like protein / ScpA-like, C-terminal / Armadillo-like helical ...Sister chromatid cohesion protein Pds5 / non-SMC mitotic condensation complex subunit 1 / Sister chromatid cohesion protein PDS5 protein / Rad21/Rec8-like protein, C-terminal, eukaryotic / Rad21/Rec8-like protein, N-terminal / Rad21/Rec8-like protein / Conserved region of Rad21 / Rec8 like protein / N terminus of Rad21 / Rec8 like protein / ScpA-like, C-terminal / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sister chromatid cohesion protein PDS5 / Sister chromatid cohesion protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.895 Å
データ登録者Muir, K.W. / Kschonsak, M. / Li, Y. / Metz, J. / Haering, C.H. / Panne, D.
引用ジャーナル: Cell Rep. / 年: 2016
タイトル: Structure of the Pds5-Scc1 Complex and Implications for Cohesin Function
著者: Muir, K.W. / Kschonsak, M. / Li, Y. / Metz, J. / Haering, C.H. / Panne, D.
履歴
登録2015年12月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月9日Group: Database references
改定 1.22016年3月23日Group: Database references
改定 1.32016年4月27日Group: Data collection
改定 2.02017年8月23日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / diffrn_detector / diffrn_source
Item: _diffrn_detector.type / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SISTER CHROMATID COHESION PROTEIN PDS5
B: SISTER CHROMATID COHESION PROTEIN PDS5
C: MCD1-LIKE PROTEIN
D: MCD1-LIKE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,3874
ポリマ－171,3874
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8260 Å2
ΔGint-31.6 kcal/mol
Surface area63530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.234, 62.562, 155.941
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 SISTER CHROMATID COHESION PROTEIN PDS5 / PRECOCIOUS DISSOCIATION OF SISTERS PROTEIN 5 / PDS5


分子量: 80738.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04264
#2: タンパク質・ペプチド MCD1-LIKE PROTEIN


分子量: 4955.659 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12158

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 100

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.76 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965 / 波長: 0.965 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 59992 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 2.58 % / Biso Wilson estimate: 88.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.5 / Net I/σ(I): 9.14

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.895→48.22 Å / SU ML: 0.53 / σ(F): 0.11 / 位相誤差: 35.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 5859 5 %
Rwork0.2656 --
obs0.2672 59974 96.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 106 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.895→48.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11116 0 0 0 11116
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311322
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6815355
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1454211
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411815
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041936
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8949-2.92780.43181190.38033119X-RAY DIFFRACTION82
2.9278-2.96230.38582000.38583519X-RAY DIFFRACTION91
2.9623-2.99840.43261610.39163487X-RAY DIFFRACTION92
2.9984-3.03630.36061720.38263562X-RAY DIFFRACTION94
3.0363-3.07630.38582010.37123561X-RAY DIFFRACTION94
3.0763-3.11840.39092210.35183685X-RAY DIFFRACTION95
3.1184-3.1630.4452080.34963537X-RAY DIFFRACTION96
3.163-3.21020.4031910.34253712X-RAY DIFFRACTION97
3.2102-3.26030.40011960.34063741X-RAY DIFFRACTION98
3.2603-3.31380.36721880.33953775X-RAY DIFFRACTION99
3.3138-3.37090.37291940.34333708X-RAY DIFFRACTION99
3.3709-3.43220.36041740.32873813X-RAY DIFFRACTION98
3.4322-3.49820.3761910.31433802X-RAY DIFFRACTION98
3.4982-3.56950.34921760.32263736X-RAY DIFFRACTION98
3.5695-3.64710.34961780.31353785X-RAY DIFFRACTION98
3.6471-3.73190.33452110.3113721X-RAY DIFFRACTION98
3.7319-3.82520.36092170.30423676X-RAY DIFFRACTION99
3.8252-3.92860.32612050.28273817X-RAY DIFFRACTION99
3.9286-4.04420.30291720.25923704X-RAY DIFFRACTION99
4.0442-4.17460.2672120.25493832X-RAY DIFFRACTION99
4.1746-4.32370.27112140.24113729X-RAY DIFFRACTION99
4.3237-4.49670.25861830.22863790X-RAY DIFFRACTION99
4.4967-4.70120.28762410.23363672X-RAY DIFFRACTION98
4.7012-4.94890.2751830.24363729X-RAY DIFFRACTION98
4.9489-5.25860.29912430.24893750X-RAY DIFFRACTION99
5.2586-5.6640.28222010.25673805X-RAY DIFFRACTION99
5.664-6.23290.30832260.26123745X-RAY DIFFRACTION99
6.2329-7.13230.2631690.26513744X-RAY DIFFRACTION99
7.1323-8.97650.23852120.2063730X-RAY DIFFRACTION98
8.9765-48.2270.23212000.21263631X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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