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万見
- PDB-5frg: The NMR Structure of the Cdc42-interacting region of TOCA1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5frg
タイトルThe NMR Structure of the Cdc42-interacting region of TOCA1
要素FORMIN-BINDING PROTEIN 1-LIKE
キーワードPROTEIN BINDING / FORMIN-BINDING PROTEIN LIKE-1 / LIPID-BINDING / CDC42 / CYTOSKELETON / ENDOCYTOSIS / HR1 / REM / MEMBRANE / PLASMA MEMBRANE / RHO FAMILY / SMALL G PROTEINS
機能・相同性
機能・相同性情報


Clathrin-mediated endocytosis / autophagy / endocytosis / cell cortex / cytoplasmic vesicle / cytoskeleton / lipid binding / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Formin-binding protein 1-like / FNBP1L, SH3 domain / FNBP1L, F-BAR domain / Fes/CIP4, and EFC/F-BAR homology domain / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / Fes/CIP4 homology domain / FCH domain / F-BAR domain / F-BAR domain profile. ...Formin-binding protein 1-like / FNBP1L, SH3 domain / FNBP1L, F-BAR domain / Fes/CIP4, and EFC/F-BAR homology domain / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / Fes/CIP4 homology domain / FCH domain / F-BAR domain / F-BAR domain profile. / AH/BAR domain superfamily / SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Formin-binding protein 1-like
類似検索 - 構成要素
生物種XENOPUS TROPICALIS
手法溶液NMR / ARIA2.3; CNS 1.2
データ登録者Watson, J.R. / Nietlispach, D. / Owen, D. / Mott, H.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Investigation of the Interaction between Cdc42 and its Effector Toca1: Handover of Cdc42 to the Actin Regulator N-Wasp is Facilitated by Differential Binding Affinities.
著者: Watson, J.R. / Fox, H.M. / Nietlispach, D. / Gallop, J.L. / Owen, D. / Mott, H.R.
履歴
登録2015年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月18日Group: Database references
改定 1.22016年7月6日Group: Database references
改定 2.02019年10月23日Group: Atomic model / Data collection / Other
カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status ...atom_site / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 2.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 2.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FORMIN-BINDING PROTEIN 1-LIKE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1121
ポリマ－12,1121
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)35 / 100LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 FORMIN-BINDING PROTEIN 1-LIKE / TOCA1 / TRANSDUCER OF CDC42-DEPENDENT ACTIN ASSEMBLY PROTEIN 1 / TOCA-1


分子量: 12111.687 Da / 分子数: 1 / 断片: HOMOLOGY REGION 1, UNP RESIDUES 330-426 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) XENOPUS (SILURANA) TROPICALIS (ネッタイツメガエル)
プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6GUF4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115NHSQC
221HN(CO)CA
331HN(CO)CACB
441HNCA
551HN(CA)CB
661HNCO
77115NHSQCNOESY
881NOESY13CHSQC
991HCCHTOCSY
1010113CHSQC
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N TOCA1 HR1 DOMAIN

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試料調製

詳細内容: 90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.157.41.0 atm298.0 K
20.157.41.0 atm298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA2.3; CNS1.2CNS1.2W.RIEPING,M.HABECK,B.BARDIAUX,A.BERNARD,T.E. MALLIAVIN,M.NILGES; A.T.BRUNGER,P.D.ADAMS,G.M.CLORE, W.L.DELANO,P.GROS,R.W.GROSSE-KUNSTLEVE,J.S.JIANG, J.KUSZEWSKI,M.NILGES,N.S.PANNU,R.J.READ,L.M.RICE, T.SIMONSON,G.L.WARREN.精密化
ARIA2.3構造決定
CcpNmr Analysis2.3構造決定
Azara構造決定
CNS1.2構造決定
精密化手法: ARIA2.3; CNS 1.2 / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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