PDB-5fqm: Last common ancestor of Gram Negative Bacteria (GNCA) Class A bet...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fqm

タイトル

Last common ancestor of Gram Negative Bacteria (GNCA) Class A beta- lactamase

要素

GNCA BETA LACTAMASE

キーワード

HYDROLASE / PRECAMBRIAN / RESURRECTED BETA-LACTAMASE / GNCA

機能・相同性

Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta

機能・相同性情報

生物種

SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Martinez Rodriguez, S. / Gavira, J.A. / Risso, V.A. / Sanchez Ruiz, J.M.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: De novo active sites for resurrected Precambrian enzymes.
著者: Risso, V.A. / Martinez-Rodriguez, S. / Candel, A.M. / Kruger, D.M. / Pantoja-Uceda, D. / Ortega-Munoz, M. / Santoyo-Gonzalez, F. / Gaucher, E.A. / Kamerlin, S.C.L. / Bruix, M. / Gavira, J.A. / Sanchez-Ruiz, J.M.

履歴

登録	2015年12月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fqm.cif.gz	125.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fqm.ent.gz	98.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fqm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5fqm_validation.pdf.gz	450.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fqm_full_validation.pdf.gz	454.4 KB	表示
XML形式データ	5fqm_validation.xml.gz	16.4 KB	表示
CIF形式データ	5fqm_validation.cif.gz	24.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/5fqm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/5fqm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4uhuC 5fqiC 5fqjC 5fqkC 5fqqC 4b88S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4fz9-d 3v50-d 4zj3-d 4c75-1 1shv-d 6niq-2 6lor-d 3bfg-1 3bfc-4 6t2m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GNCA BETA LACTAMASE

ヘテロ分子

30.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.230, 94.230, 93.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

#1: タンパク質	GNCA BETA LACTAMASE 分子量: 28964.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / 解説: RESURRECTED SEQUENCE, ANCESTRAL RECONSTRUCTED / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE SEQUENCE OF THIS ENTRY IS RELEATED TO PDB ENTRIES 4UHU AND 4B88

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.32 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8 / 詳細: 2.0M NH4SO4, 0.1M TRIS-HCL PH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.02
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.02 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→21.07 Å / Num. obs: 59525 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 12.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 3.7
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4B88

4b88

解像度: 1.5→21.07 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1979	3112	5.2 %
R_work	0.176	-	-
obs	0.1772	59484	91.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→21.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1976	0	71	311	2358

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2227
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.39	3027
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.316	842
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	337
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	401

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.5235	0.2744	168	0.2555	2773	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5235-1.5484	0.2713	87	0.2483	1735	X-RAY DIFFRACTION	62
1.5484-1.5751	0.2954	151	0.2561	2739	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5751-1.6038	0.2453	153	0.2272	2789	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6038-1.6346	0.236	167	0.2125	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6346-1.6679	0.2552	176	0.2033	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6679-1.7042	0.249	148	0.1951	2790	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7042-1.7438	0.2233	117	0.1895	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7438-1.7874	0.2193	173	0.1842	2749	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7874-1.8357	0.1908	140	0.175	2824	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8357-1.8897	0.1854	115	0.1771	2518	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8897-1.9506	0.1759	76	0.1685	1375	X-RAY DIFFRACTION	60
1.9506-2.0203	0.1692	88	0.1654	2264	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0203-2.1011	0.1848	83	0.1663	2246	X-RAY DIFFRACTION	79
2.1011-2.1967	0.2104	215	0.1643	2749	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1967-2.3123	0.1777	138	0.1714	2233	X-RAY DIFFRACTION	80
2.3123-2.457	0.1758	214	0.1729	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.457-2.6464	0.166	107	0.1736	2853	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6464-2.9121	0.2102	140	0.1703	2542	X-RAY DIFFRACTION	90
2.9121-3.332	0.2128	163	0.1688	2799	X-RAY DIFFRACTION	100
3.332-4.1926	0.1756	158	0.1486	2397	X-RAY DIFFRACTION	85
4.1926-21.0725	0.1856	135	0.1777	2877	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1312	0.074	-0.1863	0.1352	-0.0159	0.1611	0.038	0.0226	0.0136	-0.2764	-0.003	0.1268	-0.1462	-0.0585	0.0758	0.1674	0.0247	-0.0561	0.1035	-0.0193	0.1552	-7.592	25.2182	-7.141
2	0.3053	0.246	-0.0842	0.2579	0.053	0.1222	-0.1323	-0.1677	0.0099	0.1137	0.129	-0.0544	0.0562	0.1377	0.0067	0.1594	0.0661	-0.0081	0.1701	-0.0071	0.1016	17.6141	10.4674	6.5647
3	0.4545	-0.2077	-0.2269	0.5211	0.2722	0.3578	-0.0333	-0.0475	-0.0149	-0.0155	0.0083	-0.0118	0.0281	0.033	-0.002	0.108	0.0068	0.0057	0.0913	-0.0082	0.0904	6.1739	15.1488	-0.8701
4	0.114	-0.1006	-0.0916	0.19	-0.1288	0.2582	-0.0105	0.023	0.0302	-0.0672	-0.0179	0.1517	-0.0473	-0.1091	0.141	0.0993	0.0008	-0.0039	0.1069	-0.0412	0.1384	-8.9791	21.7045	1.0731

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 28 THROUGH 68 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 69 THROUGH 118 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 119 THROUGH 258 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 259 THROUGH 292 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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