PDB-5fq8: Crystal structure of the SusCD complex BT2261-2264 from Bacteroid...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fq8

タイトル

Crystal structure of the SusCD complex BT2261-2264 from Bacteroides thetaiotaomicron

要素

(UNCHARACTERISED PROTEIN, BOUND ...) x 2
BT_2262 (UNCHARACTERISED LIPOPROTEIN)
OUTER MEMBRANE PROTEIN OMP121
PUTATIVE LIPOPROTEIN
UNCHARACTERIZED PROTEIN

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / OUTER MEMBRANE NUTRIENT IMPORTER SUSCD COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

cell outer membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Glenwright, A.J. / Pothula, K.R. / Chorev, D.S. / Basle, A. / Robinson, C.V. / Kleinekathoefer, U. / Bolam, D.N. / van den Berg, B.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Structural basis for nutrient acquisition by dominant members of the human gut microbiota.
著者: Glenwright, A.J. / Pothula, K.R. / Bhamidimarri, S.P. / Chorev, D.S. / Basle, A. / Firbank, S.J. / Zheng, H. / Robinson, C.V. / Winterhalter, M. / Kleinekathofer, U. / Bolam, D.N. / van den Berg, B.

履歴

登録	2015年12月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月18日	Group: Database references
改定 1.2	2017年1月25日	Group: Database references
改定 1.3	2017年2月1日	Group: Database references
改定 1.4	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2025年10月1日	Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature ...pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BD" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fq8.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fq8.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fq8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/5fq8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/5fq8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fq3C 5fq4SC 5fq6C 5fq7C 5lx8C 5t3rC 5t4yC 1fepS 3h3iS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5fq6-1 5fq6-2 6zk9-d 5fq7-d 6dbl-d 7lma-d 7lmb-d 10995 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: PUTATIVE LIPOPROTEIN

B: OUTER MEMBRANE PROTEIN OMP121

C: PUTATIVE LIPOPROTEIN

D: OUTER MEMBRANE PROTEIN OMP121

E: UNCHARACTERIZED PROTEIN

F: UNCHARACTERIZED PROTEIN

G: BT_2262 (UNCHARACTERISED LIPOPROTEIN)

P: UNCHARACTERISED PROTEIN, BOUND PEPTIDE

Q: UNCHARACTERISED PROTEIN, BOUND PEPTIDE

ヘテロ分子

384 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.110, 122.743, 122.830
Angle α, β, γ (deg.)	111.41, 98.33, 98.51
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 4種, 7分子 ACBDEFG

#1: タンパク質	PUTATIVE LIPOPROTEIN 分子量: 53145.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN 由来: (天然) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア) 参照: UniProt: Q8A5H6
#2: タンパク質	OUTER MEMBRANE PROTEIN OMP121 分子量: 108954.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: TONB DEPENDENT TRANSPORTER 由来: (天然) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア) 参照: UniProt: Q8A5H5
#3: タンパク質	UNCHARACTERIZED PROTEIN 分子量: 16428.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN 由来: (天然) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア) 参照: UniProt: Q8A5H8
#4: タンパク質	BT_2262 (UNCHARACTERISED LIPOPROTEIN) 分子量: 23399.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN 由来: (天然) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア) 参照: UniProt: Q8A5H7

-
UNCHARACTERISED PROTEIN, BOUND ... , 2種, 2分子 PQ

#5: タンパク質・ペプチド	UNCHARACTERISED PROTEIN, BOUND PEPTIDE 分子量: 588.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN 由来: (天然) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
#6: タンパク質・ペプチド	UNCHARACTERISED PROTEIN, BOUND PEPTIDE 分子量: 531.481 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN 由来: (天然) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)

-
非ポリマー , 5種, 942分子

#7: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物	ChemComp-KR0 / 3-decanoyloxypropyl decanoate 分子量: 384.593 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₄₄O₄
#9: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#10: 化合物	ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE 分子量: 306.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₅ / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 928 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y
配列の詳細	IDENTITY OF PEPTIDE LIGAND UNKNOWN. ASSIGNED SEQUENCE FITS REASONABLY WELL IN DENSITY. LIKELY AN ...IDENTITY OF PEPTIDE LIGAND UNKNOWN. ASSIGNED SEQUENCE FITS REASONABLY WELL IN DENSITY. LIKELY AN ENSEMBLE OF BOUND PEPTIDES IS PRESENT

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.2 M MAGNESIUM FORMATE DIHYDRATE 0.05 M TRIS PH 8 18-22% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→66.95 Å / Num. obs: 125711 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 5.8
反射シェル	解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 5FQ4, 3H3I, 1FEP

5fq4

3h3i

1fep

解像度: 2.75→52.933 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2592	6248	5 %
R_work	0.2052	-	-
obs	0.2079	125658	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→52.933 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	26190	0	97	928	27215

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	26945
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.942	36506
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.87	15733
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	3871
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	4790

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.75-2.7812	0.3511	210	0.2945	4050	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7812-2.814	0.3524	220	0.2805	3886	X-RAY DIFFRACTION	100
2.814-2.8483	0.3424	196	0.2753	4072	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8483-2.8843	0.322	222	0.2785	3930	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8843-2.9223	0.3164	253	0.2694	3922	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9223-2.9623	0.3366	234	0.269	3940	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9623-3.0046	0.3431	235	0.2618	3970	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0046-3.0495	0.3488	199	0.2542	3955	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0495-3.0971	0.3443	168	0.2514	4044	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0971-3.1479	0.3344	216	0.2572	4031	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1479-3.2022	0.2998	199	0.2461	3924	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2022-3.2604	0.3402	200	0.2463	3953	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2604-3.3231	0.3017	205	0.2394	4067	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3231-3.3909	0.2949	169	0.2341	4020	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3909-3.4646	0.3091	222	0.2332	3908	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4646-3.5452	0.3017	238	0.213	3996	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5452-3.6338	0.2758	191	0.2059	3990	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6338-3.7321	0.2603	190	0.2085	4003	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7321-3.8419	0.224	195	0.1918	4035	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8419-3.9658	0.2742	189	0.2078	3955	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9658-4.1075	0.2193	182	0.1833	3975	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1075-4.2719	0.2244	192	0.1704	3982	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2719-4.4662	0.1822	190	0.1567	4031	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4662-4.7016	0.1999	211	0.1512	3971	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7016-4.9959	0.1907	226	0.1478	3956	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9959-5.3813	0.1987	240	0.1578	3968	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3813-5.9222	0.2218	202	0.1768	3966	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9222-6.7777	0.2155	231	0.1726	3974	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7777-8.5333	0.1873	216	0.1612	3984	X-RAY DIFFRACTION	100
8.5333-52.9423	0.2207	207	0.1813	3952	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7944	-0.2913	-0.4507	0.7411	0.2513	1.2473	0.0125	-0.2149	0.2507	0.1975	0.0992	-0.1312	-0.2622	0.209	-0.1045	0.5112	-0.015	-0.0157	0.3378	-0.0527	0.3156	59.6653	93.2634	66.9882
2	0.6685	0.1883	-0.047	0.6126	-0.1279	0.6362	0.0372	-0.0343	0.0815	-0.0169	-0.0164	-0.0156	-0.1359	-0.0213	-0.0195	0.4303	0.0702	0.0381	0.2269	0.0159	0.2128	52.1206	107.358	16.0245
3	0.3923	0.0205	-0.085	0.4494	0.0353	0.412	0.0082	0.0609	-0.0431	-0.0966	-0.0351	0.0238	0.0956	-0.0467	0.0239	0.4338	0.0547	0.0122	0.2431	0.001	0.2208	54.0115	63.5461	6.6845
4	0.3479	-0.1773	-0.1681	0.3265	0.1943	0.6789	-0.0483	-0.0082	-0.1042	0.0628	-0.0075	0.0618	0.2192	-0.0204	0.0469	0.5375	0.0391	0.0437	0.2559	0.0242	0.2743	42.47	53.531	55.2835
5	1.193	0.4862	0.7636	0.5838	-0.2399	2.3105	-0.0499	-0.0918	0.0474	0.1396	-0.0761	0.0791	0.0124	-0.1571	0.1372	0.507	0.0652	0.1308	0.3064	0.0277	0.3095	18.0457	82.7155	96.5899
6	2.1896	-0.4378	0.6218	1.5974	0.0087	2.4667	-0.0015	0.5419	0.1336	-0.2671	-0.0518	-0.3586	-0.1555	0.3624	0.0541	0.4542	-0.0096	0.1031	0.4424	0.0039	0.2954	89.2431	98.688	-18.9599
7	2.5137	1.4595	0.7072	2.8563	-0.0407	1.3732	-0.2037	-0.2167	0.9453	0.0388	-0.1969	0.2731	-0.5641	-0.2885	0.3659	0.6102	0.0644	-0.0512	0.5419	-0.0843	0.6574	98.5479	116.277	13.7505
8	4.7009	0.2514	-2.3188	3.1	1.0775	2.6618	-0.0694	0.7537	1.3396	-0.6649	0.0177	0.6272	-0.2319	-0.2215	0.0405	0.5372	0.1083	-0.0376	0.1908	0.0541	0.3943	62.3329	86.6645	8.5834
9	0.487	0.5383	-0.1162	1.2738	-1.5126	2.8503	-0.1004	-0.4211	-0.2438	0.2103	0.181	0.1507	-0.1634	0.1234	-0.0685	0.3555	-0.0284	0.057	0.3702	0.0853	0.2511	41.3369	76.9127	64.7443

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN 'C' AND RESID 0 THROUGH 479)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN 'A' AND RESID 0 THROUGH 480)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN 'B' AND RESID 37 THROUGH 984)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN 'D' AND RESID 37 THROUGH 984)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN 'E' AND RESID 4 THROUGH 148)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN 'F' AND RESID 3 THROUGH 148)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN 'G' AND RESID 1 THROUGH 212)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN 'P' AND RESID 1 THROUGH 10)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN 'Q' AND RESID 1 THROUGH 9)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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