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万見
- PDB-5fq1: Structure of the cytoplasmic PAS domain of the Geobacillus thermo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fq1
タイトルStructure of the cytoplasmic PAS domain of the Geobacillus thermodenitrificans histidine kinase CitA
要素HISTIDINE KINASE
キーワードTRANSFERASE / PAS DOMAIN / CITA / TRANSMEMBRANE SIGNALING
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
SpoOB, alpha-helical domain / Sensor_kinase_SpoOB-type, alpha-helical domain / Single cache domain 3 / Single cache domain 3 / Signal transduction histidine kinase, sporulation regulator SpoOB / Periplasmic sensor-like domain superfamily / PAS domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. ...SpoOB, alpha-helical domain / Sensor_kinase_SpoOB-type, alpha-helical domain / Single cache domain 3 / Single cache domain 3 / Signal transduction histidine kinase, sporulation regulator SpoOB / Periplasmic sensor-like domain superfamily / PAS domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種GEOBACILLUS THERMODENITRIFICANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Schomburg, B. / Giller, K. / Becker, S.
引用ジャーナル: Nat. Methods / 年: 2017
タイトル: Cryogenic optical localization provides 3D protein structure data with Angstrom resolution.
著者: Weisenburger, S. / Boening, D. / Schomburg, B. / Giller, K. / Becker, S. / Griesinger, C. / Sandoghdar, V.
履歴
登録2015年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月1日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HISTIDINE KINASE
B: HISTIDINE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5439
ポリマ－24,8902
非ポリマー6537
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-42.3 kcal/mol
Surface area11300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.453, 74.036, 75.081
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HISTIDINE KINASE / CITA


分子量: 12444.914 Da / 分子数: 2 / 断片: CYTOPLASMIC PAS DOMAIN, UNP RESIDUES 200-309 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) GEOBACILLUS THERMODENITRIFICANS (バクテリア)
解説: DSM466 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A4IPE6, histidine kinase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細N-TERMINAL GS IS DUE TO CLONING

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.7
詳細: 0.4 M K2HPO4, 1.6 M NAH2PO4, 0.1 M PHOSPHATE-CITRATE, PH 4.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97929
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月19日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.905
11-H, L, K20.095
反射解像度: 1.78→37.54 Å / Num. obs: 18999 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.34 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.78
反射 シェル解像度: 1.78→1.88 Å / 冗長度: 6.14 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
SADABSデータスケーリング
SHELXCD位相決定
SHELXD位相決定
SHELXE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.76→37.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 2.658 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.026 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21647 913 4.8 %RANDOM
Rwork0.18501 ---
obs0.18645 18034 96.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.382 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.66 Å20 Å20 Å2
2---10.72 Å20 Å2
3----0.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→37.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1667 0 39 51 1757
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0191761
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.021738
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1712.012394
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.61933977
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3145228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.69225.275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.69215284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.1741513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212008
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02365
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7842.687905
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7812.685904
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6794.0091136
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.153.224856
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.763→1.808 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 34 -
Rwork0.246 835 -
obs--60.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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