PDB-5fph: The GTPase domains of the immunity-related Irga6 dimerize in a pa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fph

タイトル

The GTPase domains of the immunity-related Irga6 dimerize in a parallel head-to-head fashion

要素

INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1

キーワード

HYDROLASE / IRGA6 / GMPPNP / INNATE IMMUNITY / IRG PROTEINS / GTPASE / DYNAMIN SUPERFAMILY / OLIGOMERIZATION

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-containing vacuole membrane / Golgi cisterna membrane / defense response to protozoan / cellular response to interferon-beta / response to bacterium / cytokine-mediated signaling pathway / GDP binding / nuclear membrane / defense response to Gram-negative bacterium / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Schulte, K. / Pawlowski, N. / Faelber, K. / Froehlich, C. / Howard, J. / Daumke, O.

引用

ジャーナル: Bmc Biol. / 年: 2016
タイトル: The Immunity-Related Gtpase Irga6 Dimerizes in a Parallel Head-to-Head Fashion.
著者: Schulte, K. / Pawlowski, N. / Faelber, K. / Froehlich, C. / Howard, J. / Daumke, O.

履歴

登録	2015年11月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月16日	Group: Database references
改定 1.2	2017年7月12日	Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 2.0	2021年8月11日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_close_contact / struct_conf / struct_conn / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.pdbx_PDB_ins_code / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.id / _struct_sheet_order.sense / _struct_sheet_order.sheet_id / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_sheet_range.sheet_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_num_residues
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fph.cif.gz	565.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fph.ent.gz	467.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fph.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5fph_validation.pdf.gz	759.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fph_full_validation.pdf.gz	888.1 KB	表示
XML形式データ	5fph_validation.xml.gz	112.1 KB	表示
CIF形式データ	5fph_validation.cif.gz	142.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/5fph ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/5fph	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1tq2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3jbi-d 2j7p-d 3jbk-d 5fia-d 6f90-2 4daj-6 5ksd-1 2zxq-d 2v7h-d 3wdl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1

B: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1

C: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1

D: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1

E: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1

F: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1

G: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1

ヘテロ分子

346 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1

ヘテロ分子

A: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
99.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1

C: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
99.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

C: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1

D: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
98.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

D: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1

F: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
98.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

F: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1

G: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
99.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.510, 98.510, 1289.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	2
3	3
4	4
5	5
6	6

/ NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1 / IMMUNITY-RELATED GTPASE 6 分子量: 48972.047 Da / 分子数: 7 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 参照: UniProt: Q9QZ85, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物	ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER 分子量: 522.196 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₃P₃ コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER 分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 33% PEG 4000 3 % ISOPROPANOL 50 MM HEPES PH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.972
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月15日 / 詳細: 3 SILICON MIRRORS
放射	モノクロメーター: SILICON DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→214.9 Å / Num. obs: 115430 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 15.82 % / B_iso Wilson estimate: 75.35 Å² / R_merge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 13.12
反射シェル	解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 6.81 % / R_merge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 1.74 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	PHASER MR	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TQ2

1tq2

解像度: 3.2→68.978 Å / SU ML: 0.63 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.79 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: FOLLOWING RESIDUES ARE DISORDERED CHAIN A 1-14, 200-202, 357 CHAIN B 1-14, 356-357 CHAIN C 1-14, 195-199, 333-334, 355-357 CHAIN D 1-13, 197-200 CHAIN E 1-13, 197-199, 356 CHAIN F 1-12, 105- ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3171	3215	5 %
R_work	0.2966	-	-
obs	0.2977	64283	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→68.978 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22394	0	221	8	22623

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	23058
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.722	31182
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.529	8696
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.027	3499
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3948

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2-3.2478	0.4602	134	0.4148	2545	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2478-3.2985	0.3891	139	0.3787	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2985-3.3526	0.4636	132	0.3918	2514	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3526-3.4104	0.408	137	0.3765	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4104-3.4724	0.3962	135	0.3731	2553	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4724-3.5392	0.4582	137	0.3796	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5392-3.6114	0.3461	136	0.3441	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6114-3.69	0.3703	134	0.3331	2557	X-RAY DIFFRACTION	100
3.69-3.7758	0.3671	140	0.3251	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7758-3.8702	0.3454	135	0.3245	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8702-3.9749	0.344	138	0.3157	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9749-4.0918	0.3342	139	0.2955	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0918-4.2239	0.3492	136	0.3045	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2239-4.3748	0.291	138	0.2828	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3748-4.5499	0.321	139	0.284	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5499-4.757	0.2943	140	0.2767	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
4.757-5.0077	0.2677	141	0.2662	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0077-5.3213	0.2944	140	0.2701	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3213-5.732	0.2804	142	0.2877	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
5.732-6.3085	0.3296	144	0.2997	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3085-7.2205	0.3316	145	0.2881	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
7.2205-9.0938	0.2251	149	0.2427	2830	X-RAY DIFFRACTION	100
9.0938-68.9935	0.2446	165	0.2355	3102	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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