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- PDB-5fph: The GTPase domains of the immunity-related Irga6 dimerize in a pa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fph
タイトルThe GTPase domains of the immunity-related Irga6 dimerize in a parallel head-to-head fashion
要素INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1
キーワードHYDROLASE / IRGA6 / GMPPNP / INNATE IMMUNITY / IRG PROTEINS / GTPASE / DYNAMIN SUPERFAMILY / OLIGOMERIZATION
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-containing vacuole membrane / Golgi cisterna membrane / defense response to protozoan / cellular response to interferon-beta / regulation of autophagy / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / response to bacterium / defense response / cytokine-mediated signaling pathway / GDP binding ...symbiont-containing vacuole membrane / Golgi cisterna membrane / defense response to protozoan / cellular response to interferon-beta / regulation of autophagy / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / response to bacterium / defense response / cytokine-mediated signaling pathway / GDP binding / nuclear membrane / defense response to Gram-negative bacterium / innate immune response / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Immunity-related GTPases-like / IRG-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Interferon-inducible GTPase (IIGP) / IRG-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Interferon-inducible GTPase 1
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Schulte, K. / Pawlowski, N. / Faelber, K. / Froehlich, C. / Howard, J. / Daumke, O.
引用ジャーナル: Bmc Biol. / 年: 2016
タイトル: The Immunity-Related Gtpase Irga6 Dimerizes in a Parallel Head-to-Head Fashion.
著者: Schulte, K. / Pawlowski, N. / Faelber, K. / Froehlich, C. / Howard, J. / Daumke, O.
履歴
登録2015年11月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月16日Group: Database references
改定 1.22017年7月12日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 2.02021年8月11日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_close_contact / struct_conf / struct_conn / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.pdbx_PDB_ins_code / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.id / _struct_sheet_order.sense / _struct_sheet_order.sheet_id / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_sheet_range.sheet_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_num_residues
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1
B: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1
C: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1
D: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1
E: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1
F: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1
G: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)346,49828
ポリマ－342,8047
非ポリマー3,69321
水1448
1
A: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1
ヘテロ分子

A: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,0868
ポリマ－97,9442
非ポリマー1,1426
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/61
2
B: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5434
ポリマ－48,9721
非ポリマー5713
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1
C: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,2089
ポリマ－97,9442
非ポリマー1,2647
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
C: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1
D: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,6617
ポリマ－97,9442
非ポリマー7175
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6655
ポリマ－48,9721
非ポリマー6934
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
D: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1
F: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,5396
ポリマ－97,9442
非ポリマー5954
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
F: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1
G: INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,0868
ポリマ－97,9442
非ポリマー1,1426
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.510, 98.510, 1289.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
55
66
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

#1: タンパク質
INTERFERON-INDUCIBLE GTPASE 1 / IMMUNITY-RELATED GTPASE 6


分子量: 48972.047 Da / 分子数: 7 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2
参照: UniProt: Q9QZ85, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物
ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 33% PEG 4000 3 % ISOPROPANOL 50 MM HEPES PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.972
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月15日 / 詳細: 3 SILICON MIRRORS
放射モノクロメーター: SILICON DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→214.9 Å / Num. obs: 115430 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 15.82 % / Biso Wilson estimate: 75.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 13.12
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 6.81 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 1.74 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIXPHASER MR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TQ2

1tq2


解像度: 3.2→68.978 Å / SU ML: 0.63 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.79 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: FOLLOWING RESIDUES ARE DISORDERED CHAIN A 1-14, 200-202, 357 CHAIN B 1-14, 356-357 CHAIN C 1-14, 195-199, 333-334, 355-357 CHAIN D 1-13, 197-200 CHAIN E 1-13, 197-199, 356 CHAIN F 1-12, 105- ...詳細: FOLLOWING RESIDUES ARE DISORDERED CHAIN A 1-14, 200-202, 357 CHAIN B 1-14, 356-357 CHAIN C 1-14, 195-199, 333-334, 355-357 CHAIN D 1-13, 197-200 CHAIN E 1-13, 197-199, 356 CHAIN F 1-12, 105-106, 196-198, 298, 356-357 CHAIN G 413
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3171 3215 5 %
Rwork0.2966 --
obs0.2977 64283 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→68.978 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22394 0 221 8 22623
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00323058
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72231182
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5298696
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0273499
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043948
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.24780.46021340.41482545X-RAY DIFFRACTION100
3.2478-3.29850.38911390.37872645X-RAY DIFFRACTION100
3.2985-3.35260.46361320.39182514X-RAY DIFFRACTION100
3.3526-3.41040.4081370.37652611X-RAY DIFFRACTION100
3.4104-3.47240.39621350.37312553X-RAY DIFFRACTION100
3.4724-3.53920.45821370.37962601X-RAY DIFFRACTION100
3.5392-3.61140.34611360.34412582X-RAY DIFFRACTION100
3.6114-3.690.37031340.33312557X-RAY DIFFRACTION100
3.69-3.77580.36711400.32512663X-RAY DIFFRACTION100
3.7758-3.87020.34541350.32452564X-RAY DIFFRACTION100
3.8702-3.97490.3441380.31572611X-RAY DIFFRACTION100
3.9749-4.09180.33421390.29552642X-RAY DIFFRACTION100
4.0918-4.22390.34921360.30452580X-RAY DIFFRACTION100
4.2239-4.37480.2911380.28282625X-RAY DIFFRACTION100
4.3748-4.54990.3211390.2842652X-RAY DIFFRACTION100
4.5499-4.7570.29431400.27672657X-RAY DIFFRACTION100
4.757-5.00770.26771410.26622679X-RAY DIFFRACTION100
5.0077-5.32130.29441400.27012658X-RAY DIFFRACTION100
5.3213-5.7320.28041420.28772707X-RAY DIFFRACTION100
5.732-6.30850.32961440.29972726X-RAY DIFFRACTION100
6.3085-7.22050.33161450.28812764X-RAY DIFFRACTION100
7.2205-9.09380.22511490.24272830X-RAY DIFFRACTION100
9.0938-68.99350.24461650.23553102X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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