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万見
- PDB-5for: Cryptic TIR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5for
タイトルCryptic TIR
要素PHOSPHOINOSITIDE 3-KINASE ADAPTER PROTEIN 1
キーワードCELL CYCLE / TIR / IMMUME RESPONSE
機能・相同性
機能・相同性情報


toll-like receptor 2 signaling pathway / toll-like receptor 7 signaling pathway / toll-like receptor 9 signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / toll-like receptor 4 signaling pathway / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / regulation of inflammatory response / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling ...toll-like receptor 2 signaling pathway / toll-like receptor 7 signaling pathway / toll-like receptor 9 signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / toll-like receptor 4 signaling pathway / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / regulation of inflammatory response / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / signaling receptor binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
DBB domain / PIK3AP1, Toll/interleukin-1 receptor domain / : / Dof, BCAP, and BANK (DBB) motif, / Toll/interleukin-1 receptor domain / DBB domain profile. / Dof, BCAP, and BANK (DBB) motif / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain ...DBB domain / PIK3AP1, Toll/interleukin-1 receptor domain / : / Dof, BCAP, and BANK (DBB) motif, / Toll/interleukin-1 receptor domain / DBB domain profile. / Dof, BCAP, and BANK (DBB) motif / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I3C / Phosphoinositide 3-kinase adapter protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Halabi, S. / Gay, N.J. / Moncrieffe, M.C.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structure of the Toll/Interleukin-1 Receptor (TIR) Domain of the B-cell Adaptor That Links Phosphoinositide Metabolism with the Negative Regulation of the Toll-like Receptor (TLR) Signalosome.
著者: Halabi, S. / Sekine, E. / Verstak, B. / Gay, N.J. / Moncrieffe, M.C.
履歴
登録2015年11月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月14日Group: Database references
改定 1.22017年3月1日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOINOSITIDE 3-KINASE ADAPTER PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8203
ポリマ－16,0231
非ポリマー7972
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.042, 135.042, 42.912
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHOINOSITIDE 3-KINASE ADAPTER PROTEIN 1 / B-CELL ADAPTER FOR PHOSPHOINOSITIDE 3-KINASE / B-CELL PHOSPHOINOSITIDE 3-KINASE ADAPTER PROTEIN 1 / ...B-CELL ADAPTER FOR PHOSPHOINOSITIDE 3-KINASE / B-CELL PHOSPHOINOSITIDE 3-KINASE ADAPTER PROTEIN 1 / B CELL ADAPTOR FOR PHOSPHOINOSITIDE 3-KINASE / BCAP


分子量: 16023.324 Da / 分子数: 1 / 断片: TIR DOMAIN, RESIDUES 7-142 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PMCSG7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6ZUJ8
#2: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-I3C / 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid / 5-Amino-2,4,6-triiodoisophthalic acid / 5-アミノ-2,4,6-トリヨ-ドイソフタル酸


分子量: 558.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H4I3NO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M MES PH 6.5 1-10% PEG400 1.5-2.3 M AMMONIUM SULPHATE .001M I3C

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 2.2
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→44 Å / Num. obs: 15066 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 53.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.5→44.203 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2441 785 5.2 %
Rwork0.1878 --
obs0.1907 15066 99.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 59.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.203 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1072 0 32 20 1124
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121152
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5931572
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.586419
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066173
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009200
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5002-2.65680.31531210.24082365X-RAY DIFFRACTION99
2.6568-2.86190.32151480.22882346X-RAY DIFFRACTION98
2.8619-3.14990.24011170.22932391X-RAY DIFFRACTION100
3.1499-3.60550.24771440.20142368X-RAY DIFFRACTION100
3.6055-4.54180.22051520.16162376X-RAY DIFFRACTION100
4.5418-44.20980.23461030.17312435X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6265-0.02650.31870.7389-0.19180.47770.2988-0.3877-0.17750.4465-0.2204-0.34-0.2223-0.0572-0.00070.5824-0.1352-0.06320.48960.06970.382586.312319.51058.2347
22.31070.25841.49051.1519-0.35081.10120.07950.0211-0.6481-0.3264-0.06050.0046-0.08860.0066-0.05190.3606-0.00990.06370.26450.07770.480583.980911.7095-2.8267
31.61860.25980.65021.1609-0.54560.58110.1733-0.1357-0.1942-0.3401-0.22150.0226-0.5789-0.4854-00.3966-0.00820.01490.4521-0.01170.392175.694920.3848-2.0165
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 6 THROUGH 43 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 44 THROUGH 105 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 106 THROUGH 139 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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