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万見
- PDB-5foo: 6-phospho-beta-glucosidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5foo
タイトル6-phospho-beta-glucosidase
要素6-PHOSPHO-BETA-D GLYCOSIDASE
キーワードHYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / CYCLOPHELLITOL / GLUCOSE 6-PHOSPHATE
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-PHOSPHOCYCLOPHELLITOL / PHOSPHATE ION / Beta-glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Jin, Y. / Kwan, D.H. / Withers, S.G. / Davies, G.J.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2016
タイトル: Chemoenzymatic Synthesis of 6-Phospho-Cyclophellitol as a Novel Probe of 6-Phospho-Beta-Glucosidases.
著者: Kwan, D.H. / Jin, Y. / Jiang, J. / Chen, H. / Kotzler, M.P. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J. / Withers, S.G.
履歴
登録2015年11月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月2日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "CB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "DB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "EB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "FB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-PHOSPHO-BETA-D GLYCOSIDASE
B: 6-PHOSPHO-BETA-D GLYCOSIDASE
C: 6-PHOSPHO-BETA-D GLYCOSIDASE
D: 6-PHOSPHO-BETA-D GLYCOSIDASE
E: 6-PHOSPHO-BETA-D GLYCOSIDASE
F: 6-PHOSPHO-BETA-D GLYCOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)334,53941
ポリマ－330,9166
非ポリマー3,62335
水17,673981
1
A: 6-PHOSPHO-BETA-D GLYCOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8689
ポリマ－55,1531
非ポリマー7158
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 6-PHOSPHO-BETA-D GLYCOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8689
ポリマ－55,1531
非ポリマー7158
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: 6-PHOSPHO-BETA-D GLYCOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7686
ポリマ－55,1531
非ポリマー6155
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: 6-PHOSPHO-BETA-D GLYCOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8068
ポリマ－55,1531
非ポリマー6537
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: 6-PHOSPHO-BETA-D GLYCOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5844
ポリマ－55,1531
非ポリマー4313
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: 6-PHOSPHO-BETA-D GLYCOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6465
ポリマ－55,1531
非ポリマー4934
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.017, 109.899, 158.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
6-PHOSPHO-BETA-D GLYCOSIDASE


分子量: 55152.699 Da / 分子数: 6 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌)
株: M1 GAS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q99YP9, beta-glucosidase, 6-phospho-beta-glucosidase

-
非ポリマー , 6種, 1016分子

#2: 化合物
ChemComp-JAZ / 6-PHOSPHOCYCLOPHELLITOL


分子量: 274.162 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15O9P
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 981 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.33 MM SPY1599 WAS REACTED WITH 4.2 MM 6-PHOSPHO-CYCLOPHELLITOL EPOXIDE IN THE BUFFER OF 50 MM HEPES AND 150 MM NACL, PH 7.0, BEFORE BEING MIXED WITH THE SAME VOLUME OF BUFFER OF 0.1 M BIS ...詳細: 0.33 MM SPY1599 WAS REACTED WITH 4.2 MM 6-PHOSPHO-CYCLOPHELLITOL EPOXIDE IN THE BUFFER OF 50 MM HEPES AND 150 MM NACL, PH 7.0, BEFORE BEING MIXED WITH THE SAME VOLUME OF BUFFER OF 0.1 M BIS TRIS PROPANE PH7.5, 20% PEG 3350 AND 0.15 M NABR

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→49.47 Å / Num. obs: 205534 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4B3K

4b3k


解像度: 2.1→158.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 5.019 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21989 10459 5.1 %RANDOM
Rwork0.17385 ---
obs0.17625 195049 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.306 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.99 Å20 Å2-0.15 Å2
2--0.43 Å20 Å2
3----1.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→158.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22644 0 213 981 23838
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.01923590
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0221281
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8431.93232157
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.116348843
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.89952772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.72623.7691223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.118153531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.96915126
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.23282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02126918
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.025940
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8913.47411107
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8893.47411105
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7555.19513872
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6283.73512483
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 718 -
Rwork0.261 14435 -
obs--99.97 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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