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- PDB-5fny: Low solvent content crystal form of Zn containing Iron sulfur clu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fny
タイトルLow solvent content crystal form of Zn containing Iron sulfur cluster repair protein YtfE
要素IRON-SULFUR CLUSTER REPAIR PROTEIN YTFE
キーワードOXIDOREDUCTASE / NITRIC OXIDE / IRON-SULFUR CLUSTER REPAIR / DI-FE CENTER.
機能・相同性
機能・相同性情報


response to nitrosative stress / protein repair / nitrite reductase activity / response to oxidative stress / iron ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Repair of iron centres family / Iron-sulfur cluster repair protein YftE / Domain of Unknown function (DUF542) / Hemerythrin-like / Hemerythrin HHE cation binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / OXYGEN ATOM / Iron-sulfur cluster repair protein YtfE
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Lo, F.-C. / Hsieh, C.-C. / Maestre-Reyna, M. / Chen, C.-Y. / Ko, T.-P. / Horng, Y.-C. / Lai, Y.-C. / Chiang, Y.-W. / Chou, C.-M. / Chiang, C.-H. ...Lo, F.-C. / Hsieh, C.-C. / Maestre-Reyna, M. / Chen, C.-Y. / Ko, T.-P. / Horng, Y.-C. / Lai, Y.-C. / Chiang, Y.-W. / Chou, C.-M. / Chiang, C.-H. / Huang, W.-N. / Liaw, W.-F.
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of the Repair of Iron Centers Protein Ytfe and its Interaction with No
著者: Lo, F.-C. / Hsieh, C.-C. / Maestre-Reyna, M. / Chen, C.-Y. / Ko, T.-P. / Horng, Y.-C. / Lai, Y.-C. / Chiang, Y.-W. / Chou, C.-M. / Chiang, C.-H. / Huang, W.-N. / Liaw, W.-F.
履歴
登録2015年11月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月4日Group: Derived calculations
改定 1.22016年6月15日Group: Database references
改定 1.32016年7月13日Group: Atomic model / Database references
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IRON-SULFUR CLUSTER REPAIR PROTEIN YTFE
B: IRON-SULFUR CLUSTER REPAIR PROTEIN YTFE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4029
ポリマ－49,7032
非ポリマー6997
水2,486138
1
A: IRON-SULFUR CLUSTER REPAIR PROTEIN YTFE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9984
ポリマ－24,8521
非ポリマー1473
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: IRON-SULFUR CLUSTER REPAIR PROTEIN YTFE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4035
ポリマ－24,8521
非ポリマー5524
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.024, 86.495, 51.159
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 IRON-SULFUR CLUSTER REPAIR PROTEIN YTFE / REGULATOR OF CELL MORPHOGENESIS AND NO SIGNALING / RCMNS


分子量: 24851.516 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P69506, nitric oxide reductase (cytochrome c)

-
非ポリマー , 5種, 145分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-O / OXYGEN ATOM / 水


分子量: 15.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O
#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細OXO GROUP (OXO): U-OXO BRIDGE IN THE DIMETALIC CENTER
配列の詳細OUR CONSTRUCT INCLUDED MUTATIONS ON C30 AND C31 TO A

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.33 % / 解説: NONE
結晶化pH: 9
詳細: 0.1M BICINE PH9.0, 2.4M AMMONIUM REMARK 280 SULFATE, 2% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月28日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→25.2 Å / Num. obs: 26225 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 18.11
反射 シェル解像度: 2.01→2.06 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.42 / % possible all: 75.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5FNN

5fnn


解像度: 2.01→25.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 9.831 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23476 1274 4.9 %RANDOM
Rwork0.18874 ---
obs0.19094 24951 93.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.124 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.52 Å20 Å20 Å2
2--1.13 Å20 Å2
3---1.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→25.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3289 0 34 138 3461
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0193407
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.023213
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4411.9824624
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.15537398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6755439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.28924.586133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.52915556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.5241516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2530
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213819
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02695
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.313.1011750
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3093.11749
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0924.6452185
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9233.291657
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.006→2.058 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 87 -
Rwork0.28 1445 -
obs--75.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6447-0.1886-0.08090.72910.29850.1330.0162-0.0234-0.0593-0.07680.0129-0.0058-0.05220.0288-0.02920.1304-0.01090.01250.052-0.03590.038918.6642.53724.538
20.9988-0.1455-0.29480.28860.30580.3939-0.0114-0.03720.0110.01620.02030.03910.00840.0519-0.00890.14970.02070.03140.04430.00720.03992.21418.57649.78
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 302
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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