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万見
- PDB-5fno: Manganese Lipoxygenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fno
タイトルManganese Lipoxygenase
要素MANGANESE LIPOXYGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / OXIDASE / LIPOXYGENASE / MAGNAPORTHE ORYZAE
機能・相同性
機能・相同性情報


linoleate 11-lipoxygenase / linoleate 11-lipoxygenase activity / linoleate 9S-lipoxygenase / linoleate 9S-lipoxygenase activity / 酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む / lipid oxidation / linoleic acid metabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lipoxygenase / Lipoxygenase, C-terminal / Lipoxigenase, C-terminal domain superfamily / Lipoxygenase / Lipoxygenase iron-binding catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Manganese lipoxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種MAGNAPORTHE ORYZAE (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.038 Å
データ登録者Wennman, A. / Karkehabadi, S. / Oliw, E.H. / Chen, Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of Manganese Lipoxygenase of the Rice Blast Fungus Magnaporthe Oryzae
著者: Wennman, A. / Oliw, E.H. / Karkehabadi, S. / Chen, Y.
履歴
登録2015年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月20日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12025年4月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MANGANESE LIPOXYGENASE
B: MANGANESE LIPOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,96310
ポリマ－134,1192
非ポリマー1,8448
水12,304683
1
A: MANGANESE LIPOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9815
ポリマ－67,0601
非ポリマー9224
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: MANGANESE LIPOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9815
ポリマ－67,0601
非ポリマー9224
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.725, 111.374, 171.224
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 MANGANESE LIPOXYGENASE


分子量: 67059.578 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 17-588 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MAGNAPORTHE ORYZAE (菌類) / 株: GUY11 / 発現宿主: KOMAGATAELLA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): X11 / 参照: UniProt: G4NAP4, linoleate 11-lipoxygenase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 683 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.2M AMMONIUM CITRATE DIBASIC 12% PEG-3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1.77
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.77 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→29.7 Å / Num. obs: 81415 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 2.7 / 冗長度: 18.8 % / Biso Wilson estimate: 35.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 2.07→2.2 Å / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 86

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELX位相決定
PHENIX位相決定
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.038→29.705 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2133 4185 5 %
Rwork0.1679 --
obs0.1701 84176 96.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.038→29.705 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8944 0 114 683 9741
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0079291
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92112666
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4855508
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511406
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061662
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0384-2.06150.25141000.21561956X-RAY DIFFRACTION72
2.0615-2.08580.29321210.20622214X-RAY DIFFRACTION82
2.0858-2.11120.24111220.1942373X-RAY DIFFRACTION88
2.1112-2.13790.22581350.19572535X-RAY DIFFRACTION93
2.1379-2.1660.23971480.1812559X-RAY DIFFRACTION95
2.166-2.19570.24491370.18972656X-RAY DIFFRACTION97
2.1957-2.22710.23211250.18952659X-RAY DIFFRACTION97
2.2271-2.26030.31671390.26182604X-RAY DIFFRACTION96
2.2603-2.29560.23141330.20642682X-RAY DIFFRACTION98
2.2956-2.33320.24051370.18292655X-RAY DIFFRACTION98
2.3332-2.37340.28791280.17852722X-RAY DIFFRACTION98
2.3734-2.41660.21211410.17622653X-RAY DIFFRACTION98
2.4166-2.4630.22561260.182730X-RAY DIFFRACTION99
2.463-2.51330.23491300.17892702X-RAY DIFFRACTION99
2.5133-2.56790.2351660.17812671X-RAY DIFFRACTION99
2.5679-2.62760.24491320.17892749X-RAY DIFFRACTION99
2.6276-2.69330.23481540.17882696X-RAY DIFFRACTION99
2.6933-2.7660.22711390.17632723X-RAY DIFFRACTION99
2.766-2.84740.23971570.1822728X-RAY DIFFRACTION100
2.8474-2.93920.25541690.18182700X-RAY DIFFRACTION99
2.9392-3.04410.21811460.1852733X-RAY DIFFRACTION100
3.0441-3.16590.23271270.18292761X-RAY DIFFRACTION100
3.1659-3.30980.19241500.17452756X-RAY DIFFRACTION100
3.3098-3.48410.21721150.172803X-RAY DIFFRACTION100
3.4841-3.7020.21521360.16392786X-RAY DIFFRACTION100
3.702-3.98720.19851560.15062780X-RAY DIFFRACTION100
3.9872-4.38730.17461540.13352783X-RAY DIFFRACTION100
4.3873-5.01950.17591590.1312802X-RAY DIFFRACTION100
5.0195-6.3140.21181330.16732864X-RAY DIFFRACTION100
6.314-29.70850.18781700.16172956X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.1556 Å / Origin y: 52.3502 Å / Origin z: 93.5407 Å
111213212223313233
T0.2251 Å20.0018 Å2-0.0507 Å2-0.2032 Å20.0001 Å2--0.2858 Å2
L0.84 °2-0.0184 °2-0.2932 °2-0.4754 °20.235 °2--1.1541 °2
S-0.0733 Å °-0.0416 Å °0.2171 Å °0.0447 Å °0.0848 Å °0.0067 Å °-0.1597 Å °0.0917 Å °-0.0035 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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