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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fmo
タイトルCrystal structure and proteomics analysis of empty virus like particles of Cowpea mosaic virus
要素(EMPTY VIRUS LIKE PARTICLES OF COWPEA MOSAIC VIRUS) x 2
キーワードVIRUS / CPMV / EVLPS
機能・相同性
機能・相同性情報


transport of virus in host, cell to cell / host cell plasmodesma / : / T=3 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / GTP binding / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Large coat protein / RNA2 polyprotein / Large coat protein / Small coat protein / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA2 polyprotein / RNA2 polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種COWPEA MOSAIC VIRUS (ササゲモザイクウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Huynh, N. / Hesketh, E.L. / Saxena, P. / Meshcheriakova, Y. / Ku, Y.C. / Hoang, L. / Johnson, J.E. / Ranson, N.A. / Lomonossoff, G.P. / Reddy, V.S.
引用ジャーナル: Structure / : 2016
タイトル: Crystal Structure and Proteomics Analysis of Empty Virus-Like Particles of Cowpea Mosaic Virus.
著者: Huynh, N.T. / Hesketh, E.L. / Saxena, P. / Meshcheriakova, Y. / Ku, Y. / Hoang, L.T. / Johnson, J.E. / Ranson, N.A. / Lomonossoff, G.P. / Reddy, V.S.
履歴
登録2015年11月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月13日Group: Database references
改定 1.22016年4月20日Group: Database references
改定 1.32017年8月23日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42017年9月13日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.52024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
L: EMPTY VIRUS LIKE PARTICLES OF COWPEA MOSAIC VIRUS
S: EMPTY VIRUS LIKE PARTICLES OF COWPEA MOSAIC VIRUS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0272
ポリマ-65,0272
非ポリマー00
1,04558
1
L: EMPTY VIRUS LIKE PARTICLES OF COWPEA MOSAIC VIRUS
S: EMPTY VIRUS LIKE PARTICLES OF COWPEA MOSAIC VIRUS
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,901,605120
ポリマ-3,901,605120
非ポリマー00
2,162120
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
L: EMPTY VIRUS LIKE PARTICLES OF COWPEA MOSAIC VIRUS
S: EMPTY VIRUS LIKE PARTICLES OF COWPEA MOSAIC VIRUS
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 325 kDa, 10 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)325,13410
ポリマ-325,13410
非ポリマー00
18010
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
L: EMPTY VIRUS LIKE PARTICLES OF COWPEA MOSAIC VIRUS
S: EMPTY VIRUS LIKE PARTICLES OF COWPEA MOSAIC VIRUS
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 390 kDa, 12 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)390,16112
ポリマ-390,16112
非ポリマー00
21612
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一(異なる座標系)
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作
transform to point frame1
6
L: EMPTY VIRUS LIKE PARTICLES OF COWPEA MOSAIC VIRUS
S: EMPTY VIRUS LIKE PARTICLES OF COWPEA MOSAIC VIRUS
x 60
L: EMPTY VIRUS LIKE PARTICLES OF COWPEA MOSAIC VIRUS
S: EMPTY VIRUS LIKE PARTICLES OF COWPEA MOSAIC VIRUS
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 7.8 MDa, 240 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,803,210240
ポリマ-7,803,210240
非ポリマー00
4,324240
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z3
point symmetry operation118
transform to crystal frame1
単位格子
Length a, b, c (Å)655.970, 655.970, 571.451
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.61701, -0.67011, 0.412614), (-0.670113, -0.722296, -0.170993), (0.41261, -0.170991, -0.894714)63.30973, 110.77243, -68.2061
3generate(-0.252124, 0.787612, 0.562217), (-0.794834, -0.49995, 0.343935), (0.551974, -0.360166, 0.752074)206.98108, 131.38931, -91.24346
4generate(0.098683, 0.159648, -0.982224), (-0.963923, -0.229883, -0.134208), (-0.247229, 0.960036, 0.1312)148.99135, 159.34034, 40.868
5generate(-0.806289, 0.491214, -0.329555), (-0.555044, -0.435657, 0.70861), (0.204511, 0.754261, 0.623912)298.58686, 91.751, -33.80653
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20generate(-0.471583, -0.558029, 0.682794), (0.189977, 0.69183, 0.696616), (-0.861117, 0.458236, -0.220247)243.25857, -31.40394, 142.34611
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22generate(-0.369055, -0.761931, -0.532214), (0.877349, -0.47457, 0.071034), (-0.306692, -0.440729, 0.843625)226.31019, -145.02931, 50.69737
23generate(-0.773586, -0.618837, -0.136395), (0.32604, -0.204118, -0.923052), (0.543389, -0.758535, 0.35967)293.18085, -53.8957, -89.82441
24generate(-0.806289, -0.555045, 0.204506), (0.491217, -0.435656, 0.754263), (-0.329551, 0.708611, 0.62391)298.58673, -81.20021, 54.47615
25generate(-0.942176, -0.333956, -0.027891), (-0.333955, 0.928722, 0.161082), (-0.027893, 0.161093, -0.986546)321.04947, 55.20416, 4.61083
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27generate(-0.773583, 0.326038, 0.543378), (-0.618843, -0.20412, -0.75853), (-0.136397, -0.923062, 0.359669)293.18031, 102.29728, 22.54698
28generate(-0.507411, -0.156265, -0.847413), (-0.156269, -0.950427, 0.268834), (-0.84742, 0.268828, 0.457838)249.1811, 25.83189, 140.0819
29generate(-0.992935, -0.008661, 0.118342), (-0.008661, -0.989383, -0.145067), (0.11835, -0.145078, 0.982318)329.44006, 1.43169, -19.56378
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31generate(-0.555861, -0.732386, 0.393225), (-0.73239, 0.207713, -0.648433), (0.393225, -0.64843, -0.651852)257.1901, 121.06693, -65.00173
32generate(0.310058, 0.83425, -0.455947), (-0.858633, 0.451627, 0.24245), (0.408185, 0.316315, 0.856348)114.05011, 141.93548, -67.47464
33generate(0.939322, -0.213273, -0.268674), (-0.338362, -0.447141, -0.827992), (0.056448, 0.868666, -0.49218)10.03037, 55.93266, -9.33109
34generate(0.553893, 0.457131, 0.695864), (-0.112182, -0.787193, 0.606419), (0.824998, -0.41396, -0.384734)73.74326, 18.5441, -136.37547
35generate(0.935111, 0.342617, -0.090451), (0.342616, -0.939339, -0.016015), (-0.090457, -0.016016, -0.995772)10.72647, -56.63585, 14.95295
36generate(0.829602, 0.526466, 0.185991), (-0.394706, 0.31735, 0.862257), (0.394926, -0.788749, 0.471082)28.16741, 65.24654, -65.28279
37generate(0.757337, 0.638755, -0.135759), (-0.431212, 0.333041, -0.838535), (-0.490413, 0.693596, 0.527655)40.11308, 71.28106, 81.06727
38generate(-0.369052, 0.877346, -0.306696), (-0.761939, -0.474569, -0.440722), (-0.53222, 0.071025, 0.843621)226.3098, 125.95155, 87.97807
39generate(0.487589, -0.565062, -0.665543), (-0.565069, -0.785358, 0.25281), (-0.665557, 0.252813, -0.702232)84.70351, 93.40818, 110.01929
40generate(0.235827, -0.100423, 0.966588), (-0.967996, -0.112169, 0.224511), (0.085869, -0.988605, -0.123658)126.3209, 160.01366, -14.1945
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115generate(0.484202, 0.746772, 0.45594), (0.794377, -0.593636, 0.128701), (0.36677, 0.299871, -0.880657)247.94446, 32.02332, 83.94843
116generate(-0.304964, 0.885429, 0.350728), (0.808552, 0.435317, -0.395908), (-0.50323, 0.162843, -0.848673)378.39683, 29.68007, 227.76295
117generate(0.227879, -0.04112, -0.972818), (0.954304, 0.207818, 0.214753), (0.193339, -0.977304, 0.08661)290.31572, 5.58666, 112.61734
118generate(0.560572, -0.555251, 0.61438), (0.612773, 0.777164, 0.143271), (-0.557029, 0.296162, 0.775888)235.32025, 62.0432, 236.65609
119generate(0.667396, -0.542879, -0.509768), (0.527799, 0.827731, -0.190502), (0.525373, -0.141915, 0.838956)217.66182, 76.08971, 57.73072
120generate(0.287002, 0.132281, 0.948752), (0.944156, 0.12831, -0.303492), (-0.161882, 0.982873, -0.08808)280.54243, 7.26423, 171.33668

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要素

#1: タンパク質 EMPTY VIRUS LIKE PARTICLES OF COWPEA MOSAIC VIRUS


分子量: 41298.930 Da / 分子数: 1 / 断片: LARGE SUBUNIT / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: EMPTY VIRUS LIKE PARTICLES OF COWPEA MOSAIC VIRUS
由来: (組換発現) COWPEA MOSAIC VIRUS (ササゲモザイクウイルス)
プラスミド: CPMV-HT, PEAQ VECTOR / 発現宿主: VIGNA UNGUICULATA (マメ科) / 参照: UniProt: Q66170, UniProt: P03599*PLUS
#2: タンパク質 EMPTY VIRUS LIKE PARTICLES OF COWPEA MOSAIC VIRUS


分子量: 23727.824 Da / 分子数: 1 / 断片: SMALL SUBUNIT / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: EMPTY VIRUS LIKE PARTICLES OF COWPEA MOSAIC VIRUS
由来: (組換発現) COWPEA MOSAIC VIRUS (ササゲモザイクウイルス)
プラスミド: CPMV-HT, PEAQ VECTOR / 発現宿主: VIGNA UNGUICULATA (マメ科) / 参照: UniProt: Q66170, UniProt: P03599*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.85 % / 解説: DATA WAS COLLECTED USING THE OSCILLATION METHOD
結晶化pH: 4.8
詳細: 0.1M SODIUM ACETATE PH 4.7 3-4%(W/V)PEG 3350 0.3M AMMONIUM SULFATE 5% GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.85506
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月3日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.85506 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 3192363 / % possible obs: 60.3 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 1.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.29 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 49.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.8精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NY7
解像度: 2.3→10 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
詳細: STRICT NCS CONSTRAINTS WERE EMPLOYED. GLY L 370 TO GLN L 374, PHE S 568 TO ALA S 587
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.362 95172 3 %RANDOM
Rwork0.359 ---
obs0.359 3192363 58.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4382 0 0 58 4440
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.566
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d29.378
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.77
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4449 --
Rwork0.4402 122351 -
obs--49.6 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: TOPHCSDX.PRO

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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