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- PDB-5fly: The FhuD protein from S.pseudintermedius -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fly
タイトルThe FhuD protein from S.pseudintermedius
要素Ferrichrome ABC transporter substrate-binding protein
キーワードMETAL TRANSPORT / STAPHYLOCOCCAL DISEASE / SIDEROPHORE / TRANSPORT / IRON / CLASS III SOLUTE BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,5,8,11,14,17,20,23-OCTAOXAPENTACOSAN-25-OL / : / Ferrichrome ABC transporter substrate-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus pseudintermedius (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.598 Å
データ登録者Malito, E.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of Fhud at 1.6 Angstrom Resolution: A Ferrichrome-Binding Protein from the Animal and Human Pathogen Staphylococcus Pseudintermedius
著者: Abate, F. / Cozzi, R. / Maritan, M. / Lo Surdo, P. / Maione, D. / Malito, E. / Bottomley, M.J.
履歴
登録2015年10月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月9日Group: Database references
改定 2.02019年9月25日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_database_status / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferrichrome ABC transporter substrate-binding protein
B: Ferrichrome ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,00429
ポリマ－63,6562
非ポリマー2,34827
水13,601755
1
A: Ferrichrome ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,05815
ポリマ－31,8281
非ポリマー1,23014
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ferrichrome ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,94614
ポリマ－31,8281
非ポリマー1,11813
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.582, 53.822, 120.248
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.17, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ferrichrome ABC transporter substrate-binding protein


分子量: 31827.955 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 27-307 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus pseudintermedius (バクテリア)
遺伝子: DD902_02645 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2P5JFB2
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-7PG / 2,5,8,11,14,17,20,23-OCTAOXAPENTACOSAN-25-OL / オクタエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 384.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H36O9
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 755 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.6
詳細: 0.1 M CDCL2 30 % V/V PEG 400 0.1 M NA ACETATE PH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月13日 / 詳細: MIRRORS TOROIDAL FOCUSING
放射モノクロメーター: BARTELS MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→49.02 Å / Num. obs: 241352 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 12.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.66
反射 シェル解像度: 1.59→1.65 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 1.86 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4B8Y

4b8y


解像度: 1.598→49.019 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 3650 5 %
Rwork0.184 --
obs0.1857 72391 99.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 15.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.598→49.019 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4422 0 70 755 5247
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084587
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0856140
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8511736
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04666
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005779
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5982-1.61930.31241220.28092337X-RAY DIFFRACTION88
1.6193-1.64150.27551410.26252615X-RAY DIFFRACTION99
1.6415-1.66490.2951400.25752641X-RAY DIFFRACTION99
1.6649-1.68980.26831510.23662656X-RAY DIFFRACTION99
1.6898-1.71620.26981490.24722548X-RAY DIFFRACTION99
1.7162-1.74430.28731240.24052726X-RAY DIFFRACTION99
1.7443-1.77440.22751310.22762621X-RAY DIFFRACTION100
1.7744-1.80670.25141480.21242630X-RAY DIFFRACTION100
1.8067-1.84140.22141430.20932631X-RAY DIFFRACTION100
1.8414-1.8790.25681430.19312652X-RAY DIFFRACTION100
1.879-1.91990.21151400.18742661X-RAY DIFFRACTION100
1.9199-1.96450.20391270.18792650X-RAY DIFFRACTION100
1.9645-2.01360.21081220.18372677X-RAY DIFFRACTION100
2.0136-2.06810.22691470.17972671X-RAY DIFFRACTION100
2.0681-2.12890.21541320.18082620X-RAY DIFFRACTION100
2.1289-2.19770.22351370.17262669X-RAY DIFFRACTION100
2.1977-2.27620.20441460.16462659X-RAY DIFFRACTION100
2.2762-2.36730.20421570.16762632X-RAY DIFFRACTION100
2.3673-2.47510.21851430.17192669X-RAY DIFFRACTION100
2.4751-2.60560.23271400.1712653X-RAY DIFFRACTION100
2.6056-2.76880.23331490.17472676X-RAY DIFFRACTION100
2.7688-2.98250.23731460.18432638X-RAY DIFFRACTION100
2.9825-3.28260.21931410.17882683X-RAY DIFFRACTION99
3.2826-3.75750.1821360.15152689X-RAY DIFFRACTION100
3.7575-4.73340.15941490.14762673X-RAY DIFFRACTION99
4.7334-49.04230.1971460.19192764X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.8987 Å / Origin y: -12.1227 Å / Origin z: 29.4013 Å
111213212223313233
T0.0751 Å2-0.0019 Å20.0294 Å2-0.0746 Å2-0.0046 Å2--0.0852 Å2
L0.2421 °2-0.161 °20.2306 °2-0.2618 °2-0.219 °2--0.3712 °2
S0.0063 Å °0.0023 Å °0.0042 Å °0.0011 Å °-0.0073 Å °-0.0002 Å °0.0101 Å °0.0121 Å °-0.0009 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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