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- PDB-5fll: Crystal structure of the 6-carboxyhexanoate-CoA ligase (BioW) fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fll
タイトルCrystal structure of the 6-carboxyhexanoate-CoA ligase (BioW) from Bacillus subtilis in complex with a Pimeloyl-adenylate
要素6-CARBOXYHEXANOATE-COA LIGASE
キーワードLIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


6-carboxyhexanoate-CoA ligase / 6-carboxyhexanoate-CoA ligase activity / biotin biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
6-carboxyhexanoate--CoA ligase / 6-carboxyhexanoate--CoA ligase
類似検索 - ドメイン・相同性
PYROPHOSPHATE / PIMELOYL-AMP / 6-carboxyhexanoate--CoA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Moynie, L. / Wang, M. / Campopiano, D.J. / Naismith, J.H.
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Using the pimeloyl-CoA synthetase adenylation fold to synthesize fatty acid thioesters.
著者: Wang, M. / Moynie, L. / Harrison, P.J. / Kelly, V. / Piper, A. / Naismith, J.H. / Campopiano, D.J.
履歴
登録2015年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月12日Group: Database references
改定 1.22017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32018年6月13日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-CARBOXYHEXANOATE-COA LIGASE
B: 6-CARBOXYHEXANOATE-COA LIGASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,78110
ポリマ－59,3492
非ポリマー1,4328
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5050 Å2
ΔGint-53.5 kcal/mol
Surface area22310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.117, 78.105, 165.818
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 5 - 255 / Label seq-ID: 6 - 256

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.2996, 0.9473, -0.1135), (0.9493, -0.3078, -0.0635), (-0.0951, -0.0888, -0.9915)
ベクター: -9.576, 12.1541, -19.0228)

-
要素

#1: タンパク質 6-CARBOXYHEXANOATE-COA LIGASE


分子量: 29674.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P53559, 6-carboxyhexanoate-CoA ligase
#2: 化合物 ChemComp-WAQ / PIMELOYL-AMP


分子量: 489.374 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H24N5O10P
#3: 化合物 ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE


分子量: 177.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4O7P2
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 19% PEG 400 0.1 M HEPES PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX / 波長: 1.54178
検出器タイプ: RIGAKU CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→50 Å / Num. obs: 28257 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 2.34→2.38 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 94.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.34→35.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 12.925 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.312 / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23417 1419 5 %RANDOM
Rwork0.19919 ---
obs0.20098 26785 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.049 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.12 Å20 Å20 Å2
2---1.08 Å20 Å2
3----2.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→35.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4030 0 88 99 4217
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0194242
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023941
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3151.9655735
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7793.0059120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8075505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.73724.029206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.4915748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1441528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2597
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214725
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02963
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 14831 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.34→2.401 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 105 -
Rwork0.264 1901 -
obs--97.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.6716-7.6418-4.266823.669415.541616.05230.2823-0.22540.3663-0.58040.4515-0.9667-0.630.3666-0.73380.0738-0.07960.01710.20260.0790.1762-6.3727-2.9788-5.574
21.3704-1.09261.32911.9132-0.41453.66010.0079-0.0283-0.0057-0.00810.05090.14-0.1842-0.234-0.05870.0375-0.0320.02050.1664-0.00710.2786-7.6443-6.95021.9198
32.92711.45551.62643.8621.52252.8761-0.0673-0.05940.06530.17350.0624-0.1324-0.29120.09540.0050.08250.020.0260.1489-0.04280.23314.4025-5.355412.2735
43.5382-0.12430.14482.85640.70083.5858-0.01660.0933-0.01010.04170.0549-0.0986-0.0849-0.0679-0.03830.0210.009-0.01140.12-0.00470.20791.4286-9.53719.5406
515.8246-12.5356-12.376218.077112.682119.3378-0.3481-0.42950.19210.35020.39220.23230.08140.2601-0.04410.14040.0239-0.07780.14290.05440.2362-15.256.3946-12.632
637.892425.46813.112543.2106-13.517231.6442-0.13281.90690.94150.723-0.47940.1389-0.32660.75080.61210.72970.00460.15880.72880.09071.2728-0.24141.9201-19.7329
71.2953-0.77390.79191.6866-1.11743.91670.0121-0.0322-0.0311-0.04190.05220.05810.062-0.2618-0.06420.071-0.0018-0.00820.1985-0.00930.3071-19.36926.5155-21.3345
82.09810.85750.02123.92990.98264.37280.05210.15870.0778-0.33270.0957-0.035-0.1101-0.0597-0.14790.12680.0647-0.0080.19770.0080.2397-17.570415.1347-29.3837
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 23
2X-RAY DIFFRACTION2A24 - 91
3X-RAY DIFFRACTION3A92 - 164
4X-RAY DIFFRACTION4A165 - 257
5X-RAY DIFFRACTION5B5 - 17
6X-RAY DIFFRACTION6B18 - 23
7X-RAY DIFFRACTION7B24 - 96
8X-RAY DIFFRACTION8B97 - 255

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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