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- PDB-5fjw: Yeast delta-COP-I mu-homology domain complexed with Dsl1 WxWx(MSE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fjw
タイトルYeast delta-COP-I mu-homology domain complexed with Dsl1 WxWx(MSE) peptide
要素
  • COATOMER SUBUNIT DELTA
  • PROTEIN TRANSPORT PROTEIN DSL1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / COP-I / VESICLE COAT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Golgi distribution to daughter cells / ER-dependent peroxisome organization / Dsl1/NZR complex / RZZ complex / Golgi localization / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / COPI vesicle coat / Golgi inheritance / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum ...Golgi distribution to daughter cells / ER-dependent peroxisome organization / Dsl1/NZR complex / RZZ complex / Golgi localization / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / COPI vesicle coat / Golgi inheritance / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / protein transport / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Retrograde transport protein Dsl1 N-terminal domain / Retrograde transport protein Dsl1, C-terminal domain / Dsl1, N-terminal domain superfamily / Retrograde transport protein Dsl1 N terminal / Retrograde transport protein Dsl1 C terminal / Zw10/DSL1, C-terminal / Coatomer delta subunit / AP complex, mu/sigma subunit / Adaptor complexes medium subunit family / Clathrin adaptor complex small chain ...Retrograde transport protein Dsl1 N-terminal domain / Retrograde transport protein Dsl1, C-terminal domain / Dsl1, N-terminal domain superfamily / Retrograde transport protein Dsl1 N terminal / Retrograde transport protein Dsl1 C terminal / Zw10/DSL1, C-terminal / Coatomer delta subunit / AP complex, mu/sigma subunit / Adaptor complexes medium subunit family / Clathrin adaptor complex small chain / AP-2 complex subunit mu, C-terminal superfamily / Mu homology domain / Mu homology domain (MHD) profile. / Longin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Coatomer subunit delta / Protein transport protein DSL1
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Suckling, R.J. / Evans, P.R. / Owen, D.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for the Binding of Tryptophan-Based Motifs by Delta-Cop.
著者: Suckling, R.J. / Poon, P.P. / Travis, S.M. / Majoul, I.V. / Hughson, F.M. / Evans, P.R. / Duden, R. / Owen, D.J.
履歴
登録2015年10月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月2日Group: Database references
改定 1.22016年3月2日Group: Data collection / Refinement description
改定 1.32016年4月6日Group: Data collection
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COATOMER SUBUNIT DELTA
B: COATOMER SUBUNIT DELTA
C: COATOMER SUBUNIT DELTA
D: COATOMER SUBUNIT DELTA
E: COATOMER SUBUNIT DELTA
F: COATOMER SUBUNIT DELTA
G: COATOMER SUBUNIT DELTA
H: COATOMER SUBUNIT DELTA
L: PROTEIN TRANSPORT PROTEIN DSL1
M: PROTEIN TRANSPORT PROTEIN DSL1
N: PROTEIN TRANSPORT PROTEIN DSL1
O: PROTEIN TRANSPORT PROTEIN DSL1
P: PROTEIN TRANSPORT PROTEIN DSL1
Q: PROTEIN TRANSPORT PROTEIN DSL1
R: PROTEIN TRANSPORT PROTEIN DSL1
S: PROTEIN TRANSPORT PROTEIN DSL1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)250,43016
ポリマ－250,43016
非ポリマー00
水9,980554
1
A: COATOMER SUBUNIT DELTA
L: PROTEIN TRANSPORT PROTEIN DSL1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3042
ポリマ－31,3042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-7.2 kcal/mol
Surface area13540 Å2
手法PISA
2
F: COATOMER SUBUNIT DELTA
Q: PROTEIN TRANSPORT PROTEIN DSL1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3042
ポリマ－31,3042
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-7.3 kcal/mol
Surface area13470 Å2
手法PISA
3
H: COATOMER SUBUNIT DELTA
S: PROTEIN TRANSPORT PROTEIN DSL1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3042
ポリマ－31,3042
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-7.6 kcal/mol
Surface area13590 Å2
手法PISA
4
E: COATOMER SUBUNIT DELTA
P: PROTEIN TRANSPORT PROTEIN DSL1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3042
ポリマ－31,3042
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area13480 Å2
手法PISA
5
D: COATOMER SUBUNIT DELTA
O: PROTEIN TRANSPORT PROTEIN DSL1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3042
ポリマ－31,3042
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-5.6 kcal/mol
Surface area13660 Å2
手法PISA
6
G: COATOMER SUBUNIT DELTA
R: PROTEIN TRANSPORT PROTEIN DSL1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3042
ポリマ－31,3042
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1320 Å2
ΔGint-6.6 kcal/mol
Surface area13720 Å2
手法PISA
7
B: COATOMER SUBUNIT DELTA
M: PROTEIN TRANSPORT PROTEIN DSL1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3042
ポリマ－31,3042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-6.3 kcal/mol
Surface area13550 Å2
手法PISA
8
C: COATOMER SUBUNIT DELTA
N: PROTEIN TRANSPORT PROTEIN DSL1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3042
ポリマ－31,3042
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-5.7 kcal/mol
Surface area13520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.406, 79.298, 163.346
Angle α, β, γ (deg.)79.71, 87.50, 83.60
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
COATOMER SUBUNIT DELTA / DELTA-COAT PROTEIN / DELTA-COP


分子量: 30017.650 Da / 分子数: 8 / 断片: MU-HOMOLOGY DOMAIN, RESIDUES 288-516 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
遺伝子: RET2, YFR051C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P43621
#2: タンパク質・ペプチド
PROTEIN TRANSPORT PROTEIN DSL1 / DEPENDENT ON SLY1-20 PROTEIN 1


分子量: 1286.120 Da / 分子数: 8 / 断片: WXW MOTIF, RESIDUES 411-419 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: MSE IN PLACE OF MET / 由来: (合成) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P53847
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 554 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細W404 MUTANT SEMET IN PLACE OF MET

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.44 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 0.1MHEPES-NA PH 7.0, 0.15M(NH4)2SO4, 21%W/V PEG2250

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97631, 0.97949, 0.97961
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年6月2日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.976311
20.979491
30.979611
反射解像度: 2.8→77.6 Å / Num. obs: 80910 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 99 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 1.21 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.8→160.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 17.512 / SU ML: 0.303 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.839 / ESU R Free: 0.33 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23949 4059 5 %RANDOM
Rwork0.17037 ---
obs0.17385 76851 97.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 87.088 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.59 Å2-2.1 Å2-1.66 Å2
2--3.17 Å25.34 Å2
3----3.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→160.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17032 0 0 554 17586
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01917480
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0216383
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6831.97223772
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.993338002
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.93652204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.12926.244828
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.689152917
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.141557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.22767
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02119803
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023612
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.2378.5598732
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.2358.5598731
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.86112.81610898
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.7419.1198748
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 279 -
Rwork0.37 5706 -
obs--97.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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