PDB-5fjd: APO-CSP1 (COPPER STORAGE PROTEIN 1) FROM METHYLOSINUS TRICHOSPORI...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fjd

タイトル

APO-CSP1 (COPPER STORAGE PROTEIN 1) FROM METHYLOSINUS TRICHOSPORIUM OB3B

要素

COPPER STORAGE PROTEIN 1

キーワード

COPPER BINDING PROTEIN / METHANE OXIDATION / COPPER STORAGE / METHANOTROPHS / PARTICULATE METHANE MONOOXYGENASE

機能・相同性

Twin-arginine translocation signal, Cys-rich four helix bundle protein / metal ion binding / Copper storage protein 1

機能・相同性情報

生物種

METHYLOSINUS TRICHOSPORIUM OB3B (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Vita, N. / Platsaki, S. / Basle, A. / Allen, S.J. / Paterson, N.G. / Crombie, A.T. / Murrell, J.C. / Waldron, K.J. / Dennison, C.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: A Four-Helix Bundle Stores Copper for Methane Oxidation.
著者: Vita, N. / Platsaki, S. / Basle, A. / Allen, S.J. / Paterson, N.G. / Waldron, K.J. / Dennison, C.

履歴

登録	2015年10月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2015年11月18日	ID: 5AJE
改定 1.0	2015年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fjd.cif.gz	181.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fjd.ent.gz	147.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fjd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5fjd_validation.pdf.gz	445.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fjd_full_validation.pdf.gz	447.6 KB	表示
XML形式データ	5fjd_validation.xml.gz	21.2 KB	表示
CIF形式データ	5fjd_validation.cif.gz	31.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/5fjd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/5fjd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fjeC 5ajf PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2b4f-d 6k3d-d 4xqj-d 3m72-d 4peh-4 5k77-3 4peh-3 1h14-d 6lgv-d 5k77-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: COPPER STORAGE PROTEIN 1

B: COPPER STORAGE PROTEIN 1

C: COPPER STORAGE PROTEIN 1

D: COPPER STORAGE PROTEIN 1

50.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.885, 105.918, 48.657
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.52, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	COPPER STORAGE PROTEIN 1 分子量: 12609.529 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) METHYLOSINUS TRICHOSPORIUM OB3B (バクテリア) プラスミド: PET29A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0M3KL60*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.1 M BIS-TRIS, PH 6.5, 25% W/V PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→44.95 Å / Num. obs: 60896 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5AJF

5ajf
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.5→52.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 3.152 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17913	3089	5.1 %	RANDOM
R_work	0.12249	-	-	-
obs	0.12535	57772	99.67 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.052 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.2 Å²	0 Å²	0.99 Å²
2-	-	-0.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→52.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3140	0	0	406	3546

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.019	3268
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.015	0.02	3175
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.786	1.951	4416
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.126	3.014	7231
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.034	5	461
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.122	25.351	114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.118	15	548
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.673	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	506
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	3781
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	680
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.116	1.329	1791
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.111	1.328	1790
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.427	2.003	2239
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.118	1.81	1477
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.34	3	6443
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	36.101	5	80
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	13.963	5	6710

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.53 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	245	-
R_work	0.182	4233	-
obs	-	-	99.73 %

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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