PDB-5fj2: Structure of bovine endothelial nitric oxide synthase heme domain...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fj2

タイトル

Structure of bovine endothelial nitric oxide synthase heme domain in complex with 7-((4-CHLORO-3-((METHYLAMINO)METHYL) PHENOXY)METHYL)QUINOLIN-2-AMINE

要素

NITRIC OXIDE SYNTHASE, ENDOTHELIAL

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NITRIC OXIDE SYNTHASE / INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to laminar fluid shear stress / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric oxide mediated signal transduction / nitric-oxide synthase activity / arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure ...
類似検索 - 分子機能

生物種

BOS TAURUS (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Li, H. / Poulos, T.L.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Phenyl Ether- and Aniline-Containing 2-Aminoquinolines as Potent and Selective Inhibitors of Neuronal Nitric Oxide Synthase.
著者: Cinelli, M.A. / Li, H. / Pensa, A.V. / Kang, S. / Roman, L.J. / Martasek, P. / Poulos, T.L. / Silverman, R.B.

履歴

登録	2015年10月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月25日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fj2.cif.gz	342.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fj2.ent.gz	289.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fj2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5fj2_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fj2_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	5fj2_validation.xml.gz	35.9 KB	表示
CIF形式データ	5fj2_validation.cif.gz	51 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/5fj2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/5fj2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ad4C 5ad5C 5ad6C 5ad7C 5ad8C 5ad9C 5adaC 5adbC 5adcC 5addC 5adeC 5adfC 5adgC 5adiC 5adjC 5adkC 5adlC 5admC 5adnC 5fj3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4uha-d 4uh9-d 4d32-d 4uh8-d 5vvc-1 3n69-d 1zzs-d 3rqp-d 4cu0-d 3n5q-d 5vva-d 4kcs-d 4v3v-d 3jwy-d 3nos-d 4cx4-d 4cx0-d 4d3a-d 4v3w-d 3n65-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (22) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (10) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NITRIC OXIDE SYNTHASE, ENDOTHELIAL

B: NITRIC OXIDE SYNTHASE, ENDOTHELIAL

ヘテロ分子

102 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.734, 106.002, 156.241
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	NITRIC OXIDE SYNTHASE, ENDOTHELIAL / CONSTITUTIVE NOS / CNOS / EC-NOS / ENDOTHELIAL NOS / ENOS / NOS TYPE III / NOSIII 分子量: 49727.012 Da / 分子数: 2 / 断片: HEME DOMAIN, RESIDUES 40-482 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BOS TAURUS (ウシ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29473, nitric-oxide synthase (NADPH)

#1: タンパク質

NITRIC OXIDE SYNTHASE, ENDOTHELIAL / CONSTITUTIVE NOS / CNOS / EC-NOS / ENDOTHELIAL NOS / ENOS / NOS TYPE III / NOSIII

分子量: 49727.012 Da / 分子数: 2 / 断片: HEME DOMAIN, RESIDUES 40-482 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

BOS TAURUS (ウシ) / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29473, nitric-oxide synthase (NADPH)

-
非ポリマー , 7種, 446分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-H4B / 5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN / 6R-テトラヒドロビオプテリン分子量: 241.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅N₅O₃ / コメント: 神経伝達物質*YM
#4: 化合物	ChemComp-XEB / 7-[[4-chloranyl-3-(methylaminomethyl)phenoxy]methyl]quinolin-2-amine 分子量: 327.808 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₈ClN₃O
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 433 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	RESIDUE 100 IS FOUND AS AN ARG IN STRUCTURE BUT IS A CYS IN DATABASE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.8 % 解説: OVERALL RMERGE 0.125 RPIM 0.060 CC ONE HALF 0.997 HIGHEST RESOLUTION SHELL RMERGE 1.932 RPIM 0.931 CC ONE HALF 0.300
結晶化	pH: 6 詳細: 20-22% PEG3350 0.1M CACODYLATE, 140-200 MM MG ACETATE 5 MM TCEP, pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.127
検出器	タイプ: MAR324 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月19日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.127 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 61015 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 36.49 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 2.05→2.13 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.05→39.06 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.09 / 位相誤差: 25.01 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES 110 TO 120 IN CHAIN A AND 111 TO 120 IN CHAIN B ARE DISORDERED.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2206	5732	5 %
R_work	0.1733	-	-
obs	0.1757	114635	98.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→39.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6440	0	195	433	7068

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6834
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.145	9332
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.745	2454
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	970
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1198

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0496-2.0729	0.395	159	0.3677	3390	X-RAY DIFFRACTION	91
2.0729-2.0973	0.4051	196	0.3447	3563	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0973-2.1229	0.3477	223	0.3344	3659	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1229-2.1497	0.3615	180	0.3276	3664	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1497-2.178	0.3416	192	0.3116	3607	X-RAY DIFFRACTION	99
2.178-2.2078	0.3364	197	0.3198	3687	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2078-2.2394	0.3993	186	0.3109	3630	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2394-2.2728	0.3082	186	0.2851	3639	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2728-2.3083	0.3449	170	0.291	3737	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3083-2.3462	0.2996	189	0.2674	3588	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3462-2.3866	0.2825	191	0.2514	3643	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3866-2.43	0.3414	197	0.2422	3629	X-RAY DIFFRACTION	99
2.43-2.4767	0.2883	199	0.2386	3625	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4767-2.5273	0.2798	223	0.2299	3639	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5273-2.5822	0.2815	205	0.2113	3587	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5822-2.6423	0.2506	190	0.2025	3680	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6423-2.7083	0.212	189	0.1914	3604	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7083-2.7815	0.281	188	0.1862	3663	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7815-2.8634	0.2013	145	0.1802	3680	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8634-2.9558	0.2053	188	0.1672	3597	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9558-3.0614	0.2107	218	0.1622	3593	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0614-3.1839	0.2408	194	0.1579	3673	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1839-3.3287	0.2321	166	0.1583	3635	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3287-3.5041	0.1626	199	0.1348	3610	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5041-3.7235	0.1769	203	0.1281	3629	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7235-4.0107	0.1713	177	0.1274	3652	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0107-4.4138	0.1594	208	0.1148	3666	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4138-5.0514	0.1493	167	0.1109	3664	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0514-6.3597	0.1912	199	0.1364	3650	X-RAY DIFFRACTION	99
6.3597-39.0673	0.1774	208	0.1397	3620	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9252	-0.3497	-0.5272	1.1867	0.3352	1.4832	-0.006	0.0039	0.0301	-0.1888	0.0738	-0.1584	-0.0692	0.0936	-0.0589	0.3223	-0.0431	0.0179	0.2514	-0.0139	0.2815	11.1486	10.235	31.7642
2	0.5932	-0.2587	0.4368	1.2268	-0.9377	2.4902	0.0659	-0.1108	-0.0562	0.0831	0.0315	0.017	0.0215	-0.0801	-0.0835	0.2619	-0.0196	-0.0068	0.2853	0.0023	0.2689	2.7088	5.7047	67.5673

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 67:482)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN B AND RESID 69:482)

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