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- PDB-5fis: Exonuclease domain-containing 1 (Exd1) in the Gd bound conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fis
タイトルExonuclease domain-containing 1 (Exd1) in the Gd bound conformation
要素(EXD1) x 2
キーワードHYDROLASE / EXONUCLEASE / PIRNA BIOGENESIS / DIMER / RNA BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


PET complex / piRNA processing / P granule / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / meiotic cell cycle / protein homodimerization activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GADOLINIUM ATOM / piRNA biogenesis protein EXD1
類似検索 - 構成要素
生物種BOMBYX MORI (カイコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Yang, Z. / Chen, K.M. / Pandey, R.R. / Homolka, D. / Reuter, M. / Rodino Janeiro, B.K. / Sachidanandam, R. / Fauvarque, M.O. / McCarthy, A.A. / Pillai, R.S.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2016
タイトル: Piwi Slicing and Exd1 Drive Biogenesis of Nuclear Pirnas from Cytosolic Targets of the Mouse Pirna Pathway
著者: Yang, Z. / Chen, K.M. / Pandey, R.R. / Homolka, D. / Reuter, M. / Rodino Janeiro, B.K. / Sachidanandam, R. / Fauvarque, M.O. / Mccarthy, A.A. / Pillai, R.S.
履歴
登録2015年10月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月13日Group: Database references
改定 1.22016年1月20日Group: Database references
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EXD1
B: EXD1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7375
ポリマ－56,2652
非ポリマー4723
水7,404411
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6310 Å2
ΔGint-47.5 kcal/mol
Surface area23020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.860, 135.700, 51.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 75 - 315 / Label seq-ID: 3 - 243

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99816, -0.00371, -0.06055), (-0.0077, -0.98229, 0.1872), (-0.06017, 0.18732, 0.98045)
ベクター: 52.07223, 67.34358, -4.76237)

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要素

#1: タンパク質 EXD1


分子量: 28118.447 Da / 分子数: 1 / 断片: EXONUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 73-315 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BOMBYX MORI (カイコ) / 細胞株: BMN4 / 器官: OVARIES / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: H9IUR0*PLUS
#2: タンパク質 EXD1


分子量: 28146.463 Da / 分子数: 1 / 断片: EXONUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 73-315 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BOMBYX MORI (カイコ) / 細胞株: BMN4 / 器官: OVARIES / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: H9IUR0*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-GD / GADOLINIUM ATOM / ガドリニウムヒドリド


分子量: 157.250 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Gd
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細PROTEIN SEQUENCE CORRESPONDS TO MRNA SEQUENCE: GENBANK ID AK383154

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 % / 解説: OSCILLATION DATA WERE COLLECTED USING MXCUBEV2
結晶化pH: 6
詳細: 10% (W/V) PEG 2K, 200 MM KCL, 50 MM NA CACODYLATE (PH=6) 2 MM GDCL3,

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月4日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 143744 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.6→1.65 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
SHARP位相決定
BUCCANEER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.6→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 2.257 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18245 3895 5.1 %RANDOM
Rwork0.1569 ---
obs0.15818 72884 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.586 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.79 Å20 Å20 Å2
2---0 Å20 Å2
3----1.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3909 0 3 411 4323
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0194001
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0110.023923
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4731.965380
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.70539065
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8485486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.38925.44193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.49515786
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.1851515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1510.2601
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.024453
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02898
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9931.9211932
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9751.9191931
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.882.8732413
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0392.4542069
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 30078 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 273 -
Rwork0.225 5249 -
obs--98.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.25410.2654-0.08040.4633-0.07240.0338-0.0145-0.0003-0.0377-0.00670.0113-0.04510.00290.00790.00320.0038-0.00680.00060.02070.00040.018226.042824.51039.909
20.32180.33240.1250.66410.11820.0501-0.0221-0.00970.0514-0.0288-0.00060.0462-0.0074-0.00670.02280.0046-0.0045-0.00220.0097-0.00530.013225.44644.94577.9991
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A75 - 315
2X-RAY DIFFRACTION2B75 - 315

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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