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- PDB-5fip: Discovery and characterization of a novel thermostable and highly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fip
タイトルDiscovery and characterization of a novel thermostable and highly halotolerant GH5 cellulase from an Icelandic hot spring isolate
要素GH5 CELLULASE
キーワードHYDROLASE / CELLULASE / GH5
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / cellulose catabolic process / membrane
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycoside hydrolase, family 5 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-PG6 / TRIETHYLENE GLYCOL / cellulase
類似検索 - 構成要素
生物種UNIDENTIFIED (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Zarafeta, D. / Kissas, D. / Sayer, C. / Gudbergsdottir, S.R. / Ladoukakis, E. / Isupov, M.N. / Chatziioannou, A. / Peng, X. / Littlechild, J.A. / Skretas, G. / Kolisis, F.N.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Discovery and Characterization of a Thermostable and Highly Halotolerant Gh5 Cellulase from an Icelandic Hot Spring Isolate.
著者: Zarafeta, D. / Kissas, D. / Sayer, C. / Gudbergsdottir, S.R. / Ladoukakis, E. / Isupov, M.N. / Chatziioannou, A. / Peng, X. / Littlechild, J.A. / Skretas, G. / Kolisis, F.N.
履歴
登録2015年10月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "CB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "DB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GH5 CELLULASE
B: GH5 CELLULASE
C: GH5 CELLULASE
D: GH5 CELLULASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,43559
ポリマ－149,0594
非ポリマー4,37555
水10,539585
1
D: GH5 CELLULASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,15113
ポリマ－37,2651
非ポリマー88712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: GH5 CELLULASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,82221
ポリマ－37,2651
非ポリマー1,55720
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: GH5 CELLULASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6796
ポリマ－37,2651
非ポリマー4145
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
A: GH5 CELLULASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,78319
ポリマ－37,2651
非ポリマー1,51818
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.340, 137.450, 121.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.44, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.02375, 0.76308, 0.64587), (0.75, -0.41357, 0.5162), (0.66101, 0.49666, -0.56249)-27.43462, -6.97969, 49.22709
2given(-0.14718, -0.98101, -0.12633), (-0.97826, 0.12551, 0.16507), (-0.14608, 0.14788, -0.97816)2.37281, -4.38749, 49.48969
3given(-0.82234, 0.17145, -0.54255), (0.24592, -0.75277, -0.61062), (-0.51311, -0.63557, 0.57687)3.25112, 22.46666, 19.07273

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
GH5 CELLULASE


分子量: 37264.848 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ICELANDIC HOT SPRING ISOLATE / 由来: (天然) UNIDENTIFIED (未定義) / 参照: UniProt: I3VS73*PLUS, cellulase

-
非ポリマー , 8種, 640分子

#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL


分子量: 60.095 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE


分子量: 266.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O6
#8: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 585 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9174
検出器タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9174 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→36.38 Å / Num. obs: 126320 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.88→1.93 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 90

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1G01

1g01


解像度: 1.88→36.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 4.027 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.141
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23393 6406 5.1 %RANDOM
Rwork0.1931 ---
obs0.19519 119914 97.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.187 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→36.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10406 0 279 585 11270
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01911298
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4841.95615315
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.15851439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.06925.623530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.633151935
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.9371542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.21632
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0218540
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.7568.0665409
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.09515.0416784
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.4238.8545889
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.88→1.929 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 467 -
Rwork0.334 8123 -
obs--89.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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