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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5fip | ||||||
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タイトル | Discovery and characterization of a novel thermostable and highly halotolerant GH5 cellulase from an Icelandic hot spring isolate | ||||||
![]() | GH5 CELLULASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / CELLULASE / GH5 | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | UNIDENTIFIED (未定義) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zarafeta, D. / Kissas, D. / Sayer, C. / Gudbergsdottir, S.R. / Ladoukakis, E. / Isupov, M.N. / Chatziioannou, A. / Peng, X. / Littlechild, J.A. / Skretas, G. / Kolisis, F.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Discovery and Characterization of a Thermostable and Highly Halotolerant Gh5 Cellulase from an Icelandic Hot Spring Isolate. 著者: Zarafeta, D. / Kissas, D. / Sayer, C. / Gudbergsdottir, S.R. / Ladoukakis, E. / Isupov, M.N. / Chatziioannou, A. / Peng, X. / Littlechild, J.A. / Skretas, G. / Kolisis, F.N. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "CB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "DB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 293.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 238.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 788.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 816.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 58.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 81.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1g01S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 37264.848 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ICELANDIC HOT SPRING ISOLATE / 由来: (天然) UNIDENTIFIED (未定義) / 参照: UniProt: I3VS73*PLUS, cellulase |
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-非ポリマー , 8種, 640分子 ![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
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![](data/chem/img/IPA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
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![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/PG6.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-PEG / #3: 化合物 | ChemComp-PGE / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | ChemComp-IPA / #6: 化合物 | ChemComp-CL / #7: 化合物 | ChemComp-PG6 / | #8: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9174 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.88→36.38 Å / Num. obs: 126320 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 17 |
反射 シェル | 解像度: 1.88→1.93 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 90 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1G01 解像度: 1.88→36.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 4.027 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.141 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.187 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.88→36.38 Å
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拘束条件 |
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