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- PDB-5fhv: Crystal structure of mCherry after reaction with 2-mercaptoethanol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fhv
タイトルCrystal structure of mCherry after reaction with 2-mercaptoethanol
要素mCherry-BME
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / 2-mercaptoethanol / Michael addition
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / TRIETHYLENE GLYCOL / mOrange
類似検索 - 構成要素
生物種Discosoma sp. (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者De Zitter, E. / Dedecker, P. / Van Meervelt, L.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Efficient switching of mCherry fluorescence using chemical caging.
著者: Cloin, B.M.C. / De Zitter, E. / Salas, D. / Gielen, V. / Folkers, G.E. / Mikhaylova, M. / Bergeler, M. / Krajnik, B. / Harvey, J. / Hoogenraad, C.C. / Van Meervelt, L. / Dedecker, P. / Kapitein, L.C.
履歴
登録2015年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mCherry-BME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1566
ポリマ－30,4891
非ポリマー6675
水5,675315
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1430 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area10370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.783, 43.244, 61.234
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.520, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 mCherry-BME


分子量: 30489.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Discosoma sp. (イソギンチャク)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: D0VWW2*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.49 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 0.2 M MgCl2.6H2O, 0.1 M Tris pH 8.5, 25 % PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→45.381 Å / Num. obs: 34495 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 13.97 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.55-1.5830.5622.1199
8.49-45.383.30.01846.4198.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.65 Å45.38 Å
Translation5.65 Å45.38 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSJanuary 22, 2015データ削減
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2H5Q

2h5q


解像度: 1.55→45.381 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1876 1708 4.95 %Random selection
Rwork0.1567 32769 --
obs0.1583 34477 99.38 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 74.86 Å2 / Biso mean: 17.7512 Å2 / Biso min: 5.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→45.381 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1797 0 41 315 2153
Biso mean--35.94 29.13 -
残基数----221
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062034
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3252745
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043263
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005362
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.417790
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.55-1.59560.27631450.23442670281598
1.5956-1.64710.24871310.21452688281999
1.6471-1.7060.23471350.20322732286799
1.706-1.77430.20311350.19292696283199
1.7743-1.85510.22481410.17412716285799
1.8551-1.95290.20531590.17072714287399
1.9529-2.07520.19161220.154227382860100
2.0752-2.23540.17991400.147827502890100
2.2354-2.46040.19241380.159327462884100
2.4604-2.81640.17071390.153427462885100
2.8164-3.54810.19661520.138127682920100
3.5481-45.40050.15311710.13522805297699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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