ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.9_1692精密化 | MxCuBE | 2 | データ収集 | XDS | Jan 10, 2014data processingXSCALE | Jan 10, 2014データスケーリング | PHENIX | 1.9_1692位相決定 | | | | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1VTB 解像度: 1.791→30.249 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.95 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2457 | 344 | 10.01 % | Random selection |
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Rwork | 0.2172 | - | - | - |
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obs | 0.2202 | 3435 | 99.42 % | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.791→30.249 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 202 | 0 | 8 | 210 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.014 | 226 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.955 | 347 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d13.342 | 96 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.051 | 39 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.009 | 10 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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1.7912-2.2567 | 0.3585 | 167 | 0.3278 | 1497 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.2567-30.2535 | 0.2294 | 177 | 0.2015 | 1594 | X-RAY DIFFRACTION | 99 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.0049 | 0.0239 | 0.0359 | 0.1241 | 0.2382 | 0.374 | 1.0402 | 0.8972 | -2.4071 | 0.2914 | -0.0863 | -0.3876 | 0.4224 | 0.3714 | 0.0599 | 0.4341 | 0.0451 | -0.1733 | 0.4459 | -0.0202 | 0.6957 | 16.8609 | 12.5609 | 37.8684 | 2 | 0.3732 | -0.4204 | 0.053 | 0.4153 | -0.0401 | 0.1089 | 0.1599 | 0.1325 | -0.6633 | -0.8474 | -0.5114 | 0.2454 | -0.2596 | -0.1742 | 0.0006 | 0.5452 | 0.0498 | -0.0326 | 0.4589 | -0.0877 | 0.4246 | 8.3712 | 11.8446 | 24.1912 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'A' and (resid 1 through 5 )A1 - 5 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'A' and (resid 6 through 10 )A6 - 10 | | | | |
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