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- PDB-5fhe: Crystal structure of Bacteroides Pif1 bound to ssDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fhe
タイトルCrystal structure of Bacteroides Pif1 bound to ssDNA
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
  • Uncharacterized protein
キーワードHYDROLASE/DNA / Pif1 helicase / DNA helicase / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA helicase activity / telomere maintenance / DNA repair / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
DNA helicase Pif1-like / PIF1-like helicase / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD-like helicase C-terminal domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / TETRAFLUOROALUMINATE ION / DNA / UvrD_C_2 domain-containing protein / UvrD_C_2 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides sp. 2_1_16 (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zhou, X. / Ren, W. / Bharath, S.R. / Song, H.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2016
タイトル: Structural and Functional Insights into the Unwinding Mechanism of Bacteroides sp Pif1
著者: Zhou, X. / Ren, W. / Bharath, S.R. / Tang, X. / He, Y. / Chen, C. / Liu, Z. / Li, D. / Song, H.
履歴
登録2015年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
C: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2685
ポリマ－52,7142
非ポリマー5543
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area20140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.442, 87.442, 149.822
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein / Pif1


分子量: 49716.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides sp. 2_1_16 (バクテリア)
遺伝子: HMPREF0101_01022 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1JM21, UniProt: A0A7U8QDR9*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 2996.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 / 詳細: 4 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 5% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→33.8 Å / Num. obs: 15236 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.4 % / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 10 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
Aimlessデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.9→33.792 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2771 818 5.38 %RANDOM
Rwork0.2226 ---
obs0.2255 15209 99.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→33.792 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3320 120 33 0 3473
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093558
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1544855
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5882088
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059564
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005592
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9002-3.08180.42261200.36472364X-RAY DIFFRACTION100
3.0818-3.31960.37561370.33642349X-RAY DIFFRACTION100
3.3196-3.65330.35751480.26882352X-RAY DIFFRACTION100
3.6533-4.18110.29881240.22492402X-RAY DIFFRACTION100
4.1811-5.26450.21261580.18252382X-RAY DIFFRACTION100
5.2645-33.79450.25391310.19032542X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0634-0.67960.00860.8133-0.29270.15650.35070.2598-0.13270.5232-0.40190.64280.1139-0.89840.41930.5563-0.19210.08150.98740.0810.9685-30.250855.846570.5026
22.7968-0.5822-0.41030.5464-0.62222.87180.20210.10040.0515-0.2558-0.19840.14680.1426-0.09210.00030.6915-0.1411-0.03070.52170.04130.553-15.298255.760858.7964
30.3883-1.09910.09780.57870.2950.2352-0.19770.06110.43840.38720.20160.2071-1.2053-0.210.00010.98230.05580.07920.7709-0.0040.9039-21.684670.993582.5842
40.386-0.4910.51910.35310.07430.2673-0.0847-0.0877-0.37280.4685-0.3325-0.8819-0.49960.9282-0.00130.9286-0.16930.08390.78290.07860.6739-3.46657.716589.5525
50.656-0.77771.21442.3579-0.52290.84550.1203-0.18140.183-0.24050.05320.04430.43340.24780.00050.7405-0.1806-0.01220.75950.01640.5703-0.149840.608279.5
6-0.00040.6272-0.2391-0.021-0.14610.05470.3354-0.35460.5797-0.7093-0.33280.31810.31240.4823-0.02781.18910.15560.12370.74660.18480.77210.592139.776163.6761
70.02151.1980.16752.06880.22792.4118-0.0398-0.05540.22080.5455-0.16070.2423-0.40460.04290.00030.5666-0.09190.06770.495-0.00490.6335-13.406565.137478.062
8-0.14810.09770.1030.0191-0.06340.36210.03090.54250.2387-1.315-0.82530.2645-0.53620.1877-0.00050.8724-0.10070.00450.9764-0.02040.8043-3.747854.262867.5667
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 55 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 56 through 176 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 177 through 215 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 216 through 246 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 247 through 314 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 315 through 349 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 350 through 432 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 3 through 8 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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