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- PDB-5fhd: Structure of Bacteroides sp Pif1 complexed with tailed dsDNA resu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fhd
タイトルStructure of Bacteroides sp Pif1 complexed with tailed dsDNA resulting in ssDNA bound complex
要素
  • DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*C)-3')
  • Uncharacterized protein
キーワードHYDROLASE/DNA / Pif1 helicase / DNA helicase / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA helicase activity / telomere maintenance / DNA repair / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
DNA helicase Pif1-like / PIF1-like helicase / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD-like helicase C-terminal domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / TETRAFLUOROALUMINATE ION / DNA / DNA (> 10) / UvrD_C_2 domain-containing protein / UvrD_C_2 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides sp. 2_1_16 (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhou, X. / Ren, W. / Bharath, S.R. / Song, H.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2016
タイトル: Structural and Functional Insights into the Unwinding Mechanism of Bacteroides sp Pif1
著者: Zhou, X. / Ren, W. / Bharath, S.R. / Tang, X. / He, Y. / Chen, C. / Liu, Z. / Li, D. / Song, H.
履歴
登録2015年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
C: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*C)-3')
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,13210
ポリマ－111,0234
非ポリマー1,1096
水7,999444
1
A: Uncharacterized protein
C: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0665
ポリマ－55,5122
非ポリマー5543
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area20060 Å2
手法PISA
2
E: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*C)-3')
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0665
ポリマ－55,5122
非ポリマー5543
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.471, 149.640, 185.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 4分子 ABCE

#1: タンパク質 Uncharacterized protein / Pif1


分子量: 49716.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides sp. 2_1_16 (バクテリア)
遺伝子: HMPREF0101_01022 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1JM21, UniProt: A0A7U8QDR9*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*C)-3')


分子量: 5794.717 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 450分子

#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 444 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 18% PEG 4000, 10% isopropanol, 0.1 M HEPES, 0.2 M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 91717 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 8.6 % / Net I/σ(I): 27.7
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
Aimlessデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2→29.544 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2115 4546 4.96 %RANDOM
Rwork0.1781 ---
obs0.1797 91624 99.09 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.544 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6443 299 66 444 7252
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0147005
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2249550
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6794148
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0791095
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081154
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9976-2.02030.25471470.21532743X-RAY DIFFRACTION93
2.0203-2.04410.24861390.21372731X-RAY DIFFRACTION97
2.0441-2.0690.24091630.20232797X-RAY DIFFRACTION98
2.069-2.09520.23711420.19852855X-RAY DIFFRACTION97
2.0952-2.12270.23311600.18872797X-RAY DIFFRACTION97
2.1227-2.15180.22991580.18682806X-RAY DIFFRACTION98
2.1518-2.18250.21021610.1892844X-RAY DIFFRACTION99
2.1825-2.21510.22621600.18072866X-RAY DIFFRACTION99
2.2151-2.24970.21421450.18822858X-RAY DIFFRACTION99
2.2497-2.28660.24051540.18062874X-RAY DIFFRACTION99
2.2866-2.3260.23151400.18352885X-RAY DIFFRACTION99
2.326-2.36830.20961410.17442859X-RAY DIFFRACTION100
2.3683-2.41380.2081490.17972950X-RAY DIFFRACTION100
2.4138-2.4630.22921460.17952877X-RAY DIFFRACTION100
2.463-2.51660.2171510.17262919X-RAY DIFFRACTION100
2.5166-2.57510.19091440.17572940X-RAY DIFFRACTION100
2.5751-2.63940.20931310.18222895X-RAY DIFFRACTION100
2.6394-2.71080.20621560.18222942X-RAY DIFFRACTION100
2.7108-2.79050.22341490.18262901X-RAY DIFFRACTION100
2.7905-2.88050.23121490.18132935X-RAY DIFFRACTION100
2.8805-2.98330.21251500.18432932X-RAY DIFFRACTION100
2.9833-3.10260.19821730.18152869X-RAY DIFFRACTION100
3.1026-3.24370.21651380.19042997X-RAY DIFFRACTION100
3.2437-3.41450.23141650.18572921X-RAY DIFFRACTION100
3.4145-3.6280.20031430.16812935X-RAY DIFFRACTION99
3.628-3.90760.20051610.16212943X-RAY DIFFRACTION100
3.9076-4.29970.18811630.1562973X-RAY DIFFRACTION100
4.2997-4.91950.18121540.14642998X-RAY DIFFRACTION100
4.9195-6.18860.21391610.1823048X-RAY DIFFRACTION100
6.1886-300.2241530.20073188X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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