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- PDB-5fgw: Structure of Sda1 nuclease with bound zinc ion -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fgw
タイトルStructure of Sda1 nuclease with bound zinc ion
要素Extracellular streptodornase D
キーワードMetal binding / DNA binding protein / beta-beta-alpha metal finger nuclease / sequence nonspecific DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated disruption of host neutrophil extracellular traps / deoxyribonuclease I activity / nucleic acid binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Extracellular streptodornase D
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Moon, A.F. / Krahn, J.M. / Xun, L. / Cuneo, M.J. / Pedersen, L.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ES102645 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Structural characterization of the virulence factor Sda1 nuclease from Streptococcus pyogenes.
著者: Moon, A.F. / Krahn, J.M. / Lu, X. / Cuneo, M.J. / Pedersen, L.C.
履歴
登録2015年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月18日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extracellular streptodornase D
B: Extracellular streptodornase D
C: Extracellular streptodornase D
D: Extracellular streptodornase D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,80746
ポリマ－117,3424
非ポリマー2,46442
水7,710428
1
A: Extracellular streptodornase D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,04813
ポリマ－29,3361
非ポリマー71212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Extracellular streptodornase D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,97612
ポリマ－29,3361
非ポリマー64111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Extracellular streptodornase D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,94411
ポリマ－29,3361
非ポリマー60810
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Extracellular streptodornase D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,83910
ポリマ－29,3361
非ポリマー5039
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.104, 66.538, 83.536
Angle α, β, γ (deg.)108.72, 90.01, 92.36
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Extracellular streptodornase D / Phage-encoded extracellular streptodornase D / Phage-encoded streptodornase / Streptodornase


分子量: 29335.592 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 37-294 / 変異: H188G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: sda1, sdaD2, HKU360_01468, SD90_06600 / プラスミド: pGEXM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q675N6

-
非ポリマー , 6種, 470分子

#2: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.3 % / 解説: thick plates
結晶化温度: 296 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8
詳細: 2.5uL of protein (26.7mg/mL) was mixed with 3.5uL of 90mM imidazole pH 8, 0.18M zinc acetate, 18% (w/v) PEG3000

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データ収集

回折平均測定温度: 93.15 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月10日
放射モノクロメーター: Varimax HF mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 73933 / Num. obs: 73933 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 16.45
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 2.91 / % possible all: 88.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→33.132 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 28.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2601 1923 2.6 %random selection
Rwork0.215 ---
obs0.2161 73913 96.52 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→33.132 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7478 0 69 428 7975
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077747
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97810533
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0252724
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041123
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041394
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9443-1.99290.33191130.24184327X-RAY DIFFRACTION81
1.9929-2.04680.26961310.23724840X-RAY DIFFRACTION91
2.0468-2.1070.29211320.22394950X-RAY DIFFRACTION93
2.107-2.1750.30131360.22775055X-RAY DIFFRACTION95
2.175-2.25280.29221390.22585155X-RAY DIFFRACTION97
2.2528-2.34290.30671390.22715256X-RAY DIFFRACTION99
2.3429-2.44950.25641390.22835307X-RAY DIFFRACTION99
2.4495-2.57860.33781360.23455273X-RAY DIFFRACTION99
2.5786-2.74010.28591400.23855277X-RAY DIFFRACTION99
2.7401-2.95160.28551470.22925308X-RAY DIFFRACTION100
2.9516-3.24840.27931400.22545309X-RAY DIFFRACTION100
3.2484-3.71790.23871440.20335332X-RAY DIFFRACTION100
3.7179-4.6820.22461420.18565302X-RAY DIFFRACTION100
4.682-33.13720.21181450.20425299X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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