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- PDB-5fec: Crystal structure of 3BNC60 Fab germline precursor in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fec
タイトルCrystal structure of 3BNC60 Fab germline precursor in complex with 426c.TM4deltaV1-3 gp120
要素
  • (germline 3BNC60 ...) x 2
  • 426c.TM4deltaV1-3 gp120
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTIBODY / HIV-1
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulins ...HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Scharf, L. / Bjorkman, P.J.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Structural basis for germline antibody recognition of HIV-1 immunogens.
著者: Scharf, L. / West, A.P. / Sievers, S.A. / Chen, C. / Jiang, S. / Gao, H. / Gray, M.D. / McGuire, A.T. / Scheid, J.F. / Nussenzweig, M.C. / Stamatatos, L. / Bjorkman, P.J.
履歴
登録2015年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月11日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq
Item: _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list ..._pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: germline 3BNC60 heavy chain
L: germline 3BNC60 light chain
A: germline 3BNC60 heavy chain
B: germline 3BNC60 light chain
C: 426c.TM4deltaV1-3 gp120
D: 426c.TM4deltaV1-3 gp120
G: 426c.TM4deltaV1-3 gp120
I: 426c.TM4deltaV1-3 gp120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)260,75827
ポリマ－253,9588
非ポリマー6,79919
水00
1
G: 426c.TM4deltaV1-3 gp120
I: 426c.TM4deltaV1-3 gp120
ヘテロ分子

H: germline 3BNC60 heavy chain
L: germline 3BNC60 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,34913
ポリマ－126,9794
非ポリマー3,3709
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x+1/2,-y+1/2,-z1
Buried area9880 Å2
ΔGint28 kcal/mol
Surface area47560 Å2
手法PISA
2
A: germline 3BNC60 heavy chain
B: germline 3BNC60 light chain
D: 426c.TM4deltaV1-3 gp120
ヘテロ分子

C: 426c.TM4deltaV1-3 gp120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,40814
ポリマ－126,9794
非ポリマー3,42910
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_545-x,y-1/2,-z+1/21
Buried area11360 Å2
ΔGint24 kcal/mol
Surface area46870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.070, 134.103, 194.955
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 CDGI

#3: タンパク質
426c.TM4deltaV1-3 gp120


分子量: 39445.875 Da / 分子数: 4 / Mutation: S278R, G471S, N460D, N463D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
細胞株 (発現宿主): HEK296-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0K1H6P9*PLUS

-
抗体 , 2種, 4分子 HALB

#1: 抗体 germline 3BNC60 heavy chain


分子量: 25065.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 germline 3BNC60 light chain


分子量: 23022.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 5種, 19分子

#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1397.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g6-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Imidazole pH 7.0, 8% PEG 10,000, 10 mM calcium chloride dihydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.17→39.424 Å / Num. obs: 46508 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 70.16 Å2 / CC1/2: 0.73 / Rmerge(I) obs: 0.56 / Rpim(I) all: 0.249 / Rrim(I) all: 0.614 / Net I/σ(I): 2.4 / Num. measured all: 123364 / Scaling rejects: 187
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.17-3.3950.9341711634070.350.4411.0371.487.6
8.96-45.855.40.481558910320.7390.2150.5293.499

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
Aimless0.1.26データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5F7E, 5FA2

5f7e

5fa2


解像度: 3.17→39.424 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2664 1104 2.37 %Random selection
Rwork0.2021 ---
obs0.2036 46496 99.79 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.17→39.424 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16170 0 443 0 16613
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01817042
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.52323356
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.65210143
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0762788
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0112963
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1701-3.31430.35291370.28545620X-RAY DIFFRACTION100
3.3143-3.48890.32311340.25235585X-RAY DIFFRACTION100
3.4889-3.70730.31561370.23245603X-RAY DIFFRACTION100
3.7073-3.99330.26771380.20855637X-RAY DIFFRACTION100
3.9933-4.39470.24571370.18125640X-RAY DIFFRACTION100
4.3947-5.02960.24741380.16155685X-RAY DIFFRACTION100
5.0296-6.33250.24281390.18895722X-RAY DIFFRACTION100
6.3325-39.42710.24651440.19855900X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.87470.7239-0.37441.7853-0.09032.2401-0.1358-0.0588-0.0334-0.16870.15530.3211-0.10930.1541-0.01520.3715-0.0521-0.05580.36980.07560.3667-15.8905-1.24193.5688
20.99080.2434-0.93932.49340.4153.29450.27840.31670.4009-0.61770.13540.0565-0.426-0.3341-0.30520.4579-0.04220.01370.40550.02380.3254-16.26145.61334.3734
32.00050.7430.58792.28050.01452.02640.0489-0.1229-0.07410.2896-0.25830.67970.5636-0.0919-0.03870.3274-0.0678-0.03960.35910.01750.3367-17.6833-7.57937.7735
42.28580.0148-0.03892.60991.3490.6937-0.137-0.1003-0.01980.72560.3650.1003-1.1156-0.1435-0.04730.31980.0844-0.00080.32980.05930.5579-16.219410.551935.1493
52.2703-0.0294-0.20552.68180.20762.5261-0.04980.06250.1250.37870.09480.079-0.02220.2349-0.01560.3989-0.01960.04220.31160.05250.327-13.57123.935235.0633
61.37720.3389-0.69971.83420.61641.1913-0.06-0.0353-0.22630.0609-0.07230.41540.4108-0.24870.09130.4674-0.11530.00650.40180.08120.6051-28.1322-18.828513.7428
71.07010.05420.09141.16860.07231.1837-0.0705-0.12070.09490.49490.2120.3117-0.1709-0.2025-0.07590.71630.0330.27350.53260.08240.6282-28.06562.754742.7032
81.45180.7646-0.65121.4907-0.38631.8015-0.19080.03470.1550.10370.0529-0.01290.07750.05160.10710.3546-0.0287-0.08160.3133-0.03080.2974-9.7116-42.459534.6301
91.3528-0.06521.06612.70450.7751.1260.05960.33430.2389-0.29620.22140.3724-0.42970.0728-0.35080.3937-0.189-0.05230.64470.1260.4374-34.2108-51.369610.1695
101.9758-0.33570.021.810.9833.8670.0025-0.0114-0.2311-0.24760.4074-0.03310.78080.1426-0.32630.5776-0.176-0.11030.53090.0190.4-29.0496-55.055410.2643
112.1157-0.0959-0.43721.30590.30491.98680.1858-0.2272-0.0618-0.09250.03880.11630.2512-0.009-0.1670.4381-0.1328-0.0610.58890.04460.314-29.3832-56.46317.1121
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132.8529-0.83251.13191.314-0.26341.47450.1042-0.00290.25610.08450.05730.12820.01960.0051-0.15050.405-0.08050.00070.45510.05330.5016-29.628-41.41920.0515
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161.87370.3055-0.42451.2663-0.0921.06-0.16550.0841-0.1885-0.05070.042-0.20860.08670.11980.0990.42320.00420.00740.44920.03620.42830.364714.006527.3029
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191.09840.5520.1150.4761-0.41421.1765-0.1226-0.11870.77220.02720.0527-0.3158-0.43710.22240.07730.52420.0363-0.13020.4844-0.0790.84420.9364-23.935651.995
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222.1158-0.03380.13860.62080.41890.515-0.0120.290.3418-0.221-0.2206-0.0477-0.06480.1960.14620.4885-0.0255-0.14640.42690.02550.51976.5165-26.855845.5349
231.8570.3856-0.40061.8953-0.35341.85280.38850.2927-0.11460.0411-0.4724-0.35030.08740.15270.07070.40280.05180.0180.66510.08560.473510.696411.6905-10.5032
245.9747-1.08831.39012.2374-0.63481.7249-0.28950.2065-0.15740.16270.06260.05380.0936-0.28490.20660.41820.02640.040.46320.08580.3316-5.048118.7998-21.7977
251.091-0.68810.55392.6997-0.9091.59190.0174-0.02780.31550.0747-0.1922-0.5051-0.09770.24280.13490.3105-0.0341-0.00010.51420.08890.54259.057628.586-10.2972
261.5607-0.38420.49951.6666-0.82511.2843-0.04660.10340.4061-0.0801-0.186-0.3374-0.13280.2020.20280.39680.0096-0.01270.50090.0660.53392.921434.9075-15.6332
272.57340.8161-0.01191.6553-0.16190.05640.11850.3385-0.9476-0.23660.2154-0.75150.25770.0783-0.28511.0511-0.0645-0.00620.7576-0.1680.8209-5.2254-23.8676-30.8324
284.27122.76871.63843.88020.6250.75760.00860.2038-0.4497-0.71010.3373-0.2771-0.04340.1342-0.36720.93040.09860.12830.6751-0.07380.43982.5968-11.7314-20.0387
291.04960.0664-0.34040.83310.38031.2623-0.22860.4967-1.0956-0.0840.03690.17180.7272-0.20970.19311.2516-0.03090.00210.7804-0.24630.9287-11.1259-22.1627-27.4671
300.5527-0.0892-0.42610.9497-0.14320.5703-0.12550.5029-0.4244-0.3552-0.122-0.0136-0.2503-0.13410.19910.9508-0.1535-0.18180.6815-0.12850.5911-19.4301-15.1434-24.064
316.27072.46770.71712.94540.76841.60390.5954-0.54450.373-0.3901-0.68910.08230.5496-0.09570.16390.9517-0.0087-0.12210.73890.06440.443-9.97567.5649-32.3484
321.46810.8571-0.24380.9123-0.64691.22730.05330.30740.1117-0.57660.10230.37130.45-0.2164-0.0880.8548-0.0677-0.20360.55030.07870.5149-15.7351-0.3172-22.6031
330.43420.01680.34071.64330.64880.9057-0.18830.2038-0.8397-0.585-0.09610.89450.4187-0.49040.14760.7825-0.0723-0.22460.5499-0.07350.654-19.7857-12.5653-16.8052
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 72 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 72A through 87 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 88 through 111 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 112 through 134 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 135 through 213 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 3 through 97 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 98 through 207 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 2 through 111 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 112 through 134 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 135 through 157 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 158 through 213 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 1 through 109 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 110 through 209 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 44 through 64 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 65 through 98 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 99 through 491 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 44 through 115 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 116 through 215 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 216 through 258 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 259 through 384 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 385 through 456 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 457 through 491 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'G' and (resid 45 through 98 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'G' and (resid 99 through 202 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'G' and (resid 203 through 352 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'G' and (resid 353 through 492 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'I' and (resid 47 through 98 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'I' and (resid 99 through 202 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'I' and (resid 203 through 241 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'I' and (resid 242 through 291 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'I' and (resid 292 through 334 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'I' and (resid 335 through 456 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'I' and (resid 457 through 490 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る