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- PDB-5fdo: Mcl-1 complexed with small molecule inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fdo
タイトルMcl-1 complexed with small molecule inhibitor
要素Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
キーワードapoptosis/apoptosis inhibitor / Mcl-1 / inhibitor / apoptosis-apoptosis inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / Bcl-2 family protein complex / mitochondrial fusion / BH domain binding / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand ...positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / Bcl-2 family protein complex / mitochondrial fusion / BH domain binding / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of autophagy / response to cytokine / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family ...Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5X2 / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Zhao, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Discovery of 2-Indole-acylsulfonamide Myeloid Cell Leukemia 1 (Mcl-1) Inhibitors Using Fragment-Based Methods.
著者: Pelz, N.F. / Bian, Z. / Zhao, B. / Shaw, S. / Tarr, J.C. / Belmar, J. / Gregg, C. / Camper, D.V. / Goodwin, C.M. / Arnold, A.L. / Sensintaffar, J.L. / Friberg, A. / Rossanese, O.W. / Lee, T. ...著者: Pelz, N.F. / Bian, Z. / Zhao, B. / Shaw, S. / Tarr, J.C. / Belmar, J. / Gregg, C. / Camper, D.V. / Goodwin, C.M. / Arnold, A.L. / Sensintaffar, J.L. / Friberg, A. / Rossanese, O.W. / Lee, T. / Olejniczak, E.T. / Fesik, S.W.
履歴
登録2015年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
C: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
D: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5908
ポリマ－68,6024
非ポリマー1,9884
水00
1
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6482
ポリマ－17,1511
非ポリマー4971
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6482
ポリマ－17,1511
非ポリマー4971
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6482
ポリマ－17,1511
非ポリマー4971
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6482
ポリマ－17,1511
非ポリマー4971
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.870, 149.870, 121.381
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

-
要素

#1: タンパク質
Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT


分子量: 17150.572 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 172-320 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07820
#2: 化合物
ChemComp-5X2 / 3-[3-(4-chloranyl-3,5-dimethyl-phenoxy)propyl]-~{N}-(phenylsulfonyl)-1~{H}-indole-2-carboxamide


分子量: 497.006 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H25ClN2O4S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.19 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, BIS-TRIS, magnesium chloride / PH範囲: 6.0 - 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 19447 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 80

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HW2

4hw2


解像度: 2.8→29.776 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 27.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2912 1020 5.25 %
Rwork0.2134 --
obs0.2174 19447 95.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.776 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4591 0 136 0 4727
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0124811
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.676479
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5082813
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.096700
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011816
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.94750.32991190.27552151X-RAY DIFFRACTION80
2.9475-3.1320.35341540.2782508X-RAY DIFFRACTION94
3.132-3.37350.33371410.24832653X-RAY DIFFRACTION98
3.3735-3.71250.30911560.21622682X-RAY DIFFRACTION99
3.7125-4.24830.27061600.19242704X-RAY DIFFRACTION99
4.2483-5.34740.24921590.18432777X-RAY DIFFRACTION100
5.3474-29.77780.27941310.20142952X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.4637-0.2762-7.07572.55971.17646.2852-0.12380.8462-0.2733-0.5189-0.31090.2923-0.1862-1.04770.09790.22490.10560.09160.42680.08280.2655-8.409320.7037-14.8021
26.6724-1.6579-0.11816.3268-0.09132.82370.52580.9312-0.0138-0.9079-0.20610.046-0.9032-0.5101-0.2610.56640.1079-0.10210.37060.04490.2659-2.517528.3382-21.1478
33.9584-1.196-1.45474.825-0.07754.8026-0.0825-0.3985-0.20210.42610.1342-0.6126-0.24480.6071-0.09330.3264-0.0833-0.1980.2479-0.05430.60819.25816.2051-8.6345
43.0156-2.2156-1.59776.66782.4062.15960.1198-0.0747-0.00620.48250.217-0.4857-0.0940.1611-0.16870.1974-0.0395-0.024-0.0005-0.03830.29464.057123.9713-11.4753
52.7072-1.747-0.92465.96673.91533.4899-0.20320.1013-0.63620.34470.02520.2080.2623-0.25540.51360.2740.1936-0.03740.0758-0.26520.1826-1.611614.5664-11.237
62.8626-0.4413-0.47070.4702-0.27281.2840.1043-0.00050.3646-0.203-0.128-0.0042-0.3513-0.1817-0.10820.50270.20170.23510.1483-0.02410.3254-8.422631.1466-1.5144
78.22833.4941-0.82171.99680.51781.62210.05650.40380.98-0.35090.20230.3042-0.6553-0.2995-0.22860.77920.29840.15370.24720.09020.2994-8.001235.4481-12.7598
82.2293-0.1733-0.00092.479-0.77920.8907-0.03260.63210.4833-0.4706-0.03740.1321-0.12670.1185-0.06961.0093-0.2777-0.02550.25410.21320.15918.587550.8138-24.1409
95.27130.3903-0.41274.59521.68482.2423-0.25040.06020.00240.7351-0.22730.4660.0229-0.28870.37190.8129-0.16940.08680.2837-0.05510.522610.391443.8407-12.7565
104.91371.21042.42451.03421.78644.49080.1368-0.61380.40870.6001-0.10930.00220.44170.1308-0.03341.0758-0.34380.08240.5407-0.10330.348823.781346.753-4.5094
116.6832.1766-6.0956.7989-3.03576.87340.2277-1.26510.66862.1289-0.3718-0.5483-1.3458-0.03270.09040.697-0.0156-0.08310.3098-0.11570.695323.712831.0952-12.2471
122.98230.099-0.13852.87451.47072.6642-0.10010.30290.00090.0087-0.0060.1318-0.52980.1985-0.01510.6832-0.2689-0.060.28280.0260.141619.356643.7041-16.7994
130.3905-0.0639-0.15411.50120.15941.4512-0.04670.00810.1239-0.14670.1079-0.4825-0.5045-0.0375-0.04851.54720.4167-0.02950.3369-0.03240.4473-20.018258.9966-7.4111
144.36783.6039-0.15395.95664.46257.0674-0.19990.11741.1146-1.65790.52140.5351-2.3193-0.5413-0.49580.91340.02320.17470.3699-0.130.9303-13.420667.0071-12.9449
152.9217-1.07610.20332.0374-0.18080.92370.31820.5090.3982-0.3678-0.13060.3334-0.9246-0.20810.05961.28860.6629-0.18080.78820.06820.6713-29.083361.6165-17.6128
162.3529-1.3125-0.05852.6489-0.12670.865-0.14420.03320.5357-0.2786-0.1139-0.2146-0.4964-0.1263-0.14481.56990.5663-0.1760.3181-0.21750.4918-26.385456.0656-13.1408
171.7357-1.63860.48687.9631-3.30231.39470.05230.25580.1169-1.1893-0.14760.5785-1.0177-0.1530.07711.3393-0.1772-0.04470.40190.13050.69319.976462.101514.4115
181.58390.13490.49724.6137-3.16174.3525-0.6580.48760.7161-0.52060.49970.8352-1.5784-0.1021-0.00661.3356-0.3557-0.08730.69130.16580.969717.76372.442916.3735
192.43-0.176-0.71612.4766-0.88532.839-0.3330.36360.9174-0.85050.30460.407-0.80340.01470.03551.3436-0.4695-0.06420.59580.03440.601617.195666.730616.1919
202.7757-3.0497-0.35348.7136.04696.1204-0.4724-0.03560.1544-0.19260.41810.7585-0.0416-0.65420.09220.9837-0.22140.09110.8524-0.04590.69617.697664.18728.8365
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 171 through 190 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 191 through 223 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 224 through 254 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 255 through 280 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 281 through 301 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 302 through 309 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 310 through 320 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 171 through 205 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 206 through 239 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 240 through 254 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 255 through 260 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 261 through 320 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 171 through 189 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 190 through 203 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 204 through 254 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 255 through 320 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 171 through 190 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 191 through 260 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 261 through 310 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 311 through 320 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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