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- PDB-5fdk: Crystal structure of RecU(D88N) in complex with palindromic DNA duplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fdk
タイトルCrystal structure of RecU(D88N) in complex with palindromic DNA duplex
要素
  • Holliday junction resolvase RecU
  • palindromic DNA
キーワードHYDROLASE / Resolvase / Holliday junction / RecU / DNA / complex / DNA-Binding Proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


crossover junction endodeoxyribonuclease / chromosome segregation / endonuclease activity / DNA recombination / DNA repair / magnesium ion binding / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Holliday junction resolvase RecU / Recombination protein U / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #10 / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 / tRNA endonuclease-like domain superfamily / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Holliday junction resolvase RecU
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.208 Å
データ登録者Khavnekar, S. / Rafferty, J.B. / Kale, A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Structural insights into dynamics of RecU-HJ complex formation elucidates key role of NTR and stalk region toward formation of reactive state.
著者: Khavnekar, S. / Dantu, S.C. / Sedelnikova, S. / Ayora, S. / Rafferty, J. / Kale, A.
履歴
登録2015年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月14日Group: Database references
改定 1.22017年2月8日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Holliday junction resolvase RecU
B: Holliday junction resolvase RecU
C: Holliday junction resolvase RecU
D: Holliday junction resolvase RecU
E: palindromic DNA
F: palindromic DNA
G: palindromic DNA
H: palindromic DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,2848
ポリマ－108,2848
非ポリマー00
水00
1
A: Holliday junction resolvase RecU
C: Holliday junction resolvase RecU
E: palindromic DNA
F: palindromic DNA
G: palindromic DNA
H: palindromic DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4676
ポリマ－61,4676
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Holliday junction resolvase RecU
D: Holliday junction resolvase RecU
E: palindromic DNA
F: palindromic DNA

G: palindromic DNA
H: palindromic DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4676
ポリマ－61,4676
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_445x-1/3,y-2/3,z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)144.447, 144.447, 310.343
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質
Holliday junction resolvase RecU


分子量: 23408.490 Da / 分子数: 4 / 変異: D88N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: recU, prfA, yppB, BSU22310 / プラスミド: pCB210 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): pLysS
参照: UniProt: P39792, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#2: DNA鎖
palindromic DNA


分子量: 3662.404 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.02 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.1 M BICINE pH 9, 10% PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年12月16日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.208→116.024 Å / Num. all: 20730 / Num. obs: 20730 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 118.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09081 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.1 / Rsym value: 0.095 / Net I/av σ(I): 6.385 / Net I/σ(I): 16.7 / Num. measured all: 229929
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
3.21-3.3811.21.4150.53339629920.441.4151.899.4
3.38-3.5911.30.8410.93189328180.2610.8413.2100
3.59-3.8311.30.4661.63008826710.1450.4666.1100
3.83-4.1411.20.2333.12807524960.0730.23310.9100
4.14-4.5411.20.1116.72571722890.0350.11117.6100
4.54-5.0711.20.0779.42335820940.0240.07724.4100
5.07-5.8611.10.06810.52044318440.0210.06826.7100
5.86-7.1710.90.05911.41726515860.0190.05931.8100
7.17-10.1410.50.03715.31313712530.0120.03747.9100
10.14-48.6949.50.0331865576870.0120.03354.896

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.21 Å48.53 Å
Translation6.33 Å48.53 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER2.5.3位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.208→48.694 Å / FOM work R set: 0.6869 / SU ML: 0.56 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3286 1063 5.13 %
Rwork0.2561 19653 -
obs0.2597 20716 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 184.77 Å2 / Biso mean: 82.91 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.208→48.694 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5195 943 943 0 7081
Biso mean--105.23 --
残基数----716
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016367
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6578891
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.115995
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091020
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.0332184
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2076-3.35350.36711560.31122379253599
3.3535-3.53030.3921380.306124352573100
3.5303-3.75140.41981220.288424352557100
3.7514-4.04090.31571290.256124462575100
4.0409-4.44730.35031340.232924542588100
4.4473-5.09030.32851430.239424382581100
5.0903-6.41090.32411140.288425062620100
6.4109-48.70.29211270.23692560268799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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