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万見
- PDB-5fdh: CRYSTAL STRUCTURE OF OXA-405 BETA-LACTAMASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fdh
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF OXA-405 BETA-LACTAMASE
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / CLASS D BETA-LACTAMASE OXA-405 / ANTIBIOTIC
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Serratia marcescens (霊菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Retailleau, P. / Oueslati, S. / Marchini, L. / Dortet, L. / Naas, T. / Iorga, B.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Laboratory of Excellence in Research on Medication and Innovative Therapeutics (LERMIT)ANR-10-LABX-33 フランス
引用ジャーナル: Microorganisms / 年: 2019
タイトル: Biochemical and Structural Characterization of OXA-405, an OXA-48 Variant with Extended-Spectrum beta-Lactamase Activity.
著者: Oueslati, S. / Retailleau, P. / Marchini, L. / Dortet, L. / Bonnin, R.A. / Iorga, B.I. / Naas, T.
履歴
登録2015年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record
Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.22021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,74716
ポリマ－58,4102
非ポリマー1,33714
水7,819434
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area21190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.400, 90.400, 172.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 29205.012 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-261 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: blaOXA-405 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F6P2I5, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium fluoride, 2.2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年7月30日
放射モノクロメーター: Varimax HF mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→13.12 Å / Num. obs: 33544 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 37.93 Å2 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.26→2.4 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 90.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.1精密化
MOSFLM1.0.7データ削減
MOLREP11.2.05位相決定
XDS2014データ削減
XSCALE2014データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4S2P

4s2p


解像度: 2.26→13.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9066 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8915 / SU R Cruickshank DPI: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.238 / SU Rfree Blow DPI: 0.184 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.177
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2133 1671 5 %RANDOM
Rwork0.1746 ---
obs0.1765 33404 97.97 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.3614 Å20 Å20 Å2
2--9.3614 Å20 Å2
3----18.7228 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.275 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→13.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3952 0 72 434 4458
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014137HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.15605HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1435SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes119HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes582HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4137HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.35
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.6
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion511SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5036SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.26→2.33 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2677 112 5 %
Rwork0.2116 2130 -
all0.2143 2242 -
obs--97.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.11660.5555-0.11061.4269-0.20890.5891-0.14470.2559-0.126-0.18020.08280.05660.134-0.07960.06180.0054-0.09250.05670.0068-0.069-0.165924.678757.6772-6.5144
21.75890.4156-0.37241.88530.3571.06720.0097-0.16840.37680.0183-0.00980.0762-0.1120.00080.0001-0.054-0.05850.031-0.038-0.0943-0.108131.306584.41459.8346
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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