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- PDB-5fdd: Endonuclease inhibitor 1 bound to influenza strain H1N1 polymeras... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fdd
タイトルEndonuclease inhibitor 1 bound to influenza strain H1N1 polymerase acidic subunit N-terminal region at pH 7.0
要素Polymerase acidic protein,Polymerase acidic protein
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Hydrolase/Inhibitor / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cRNA Synthesis / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / vRNA Synthesis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus ...cRNA Synthesis / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / vRNA Synthesis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / Viral Messenger RNA Synthesis / vRNP Assembly / cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / Viral mRNA Translation / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Restriction Endonuclease / Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-(2-chlorobenzyl)-2-hydroxy-3-nitrobenzaldehyde / : / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.506 Å
Model detailsRNA binding protein
データ登録者Fudo, S. / Yamamoto, N. / Nukaga, M. / Odagiri, T. / Tashiro, M. / Hoshino, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science24590548 日本
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Two Distinctive Binding Modes of Endonuclease Inhibitors to the N-Terminal Region of Influenza Virus Polymerase Acidic Subunit
著者: Fudo, S. / Yamamoto, N. / Nukaga, M. / Odagiri, T. / Tashiro, M. / Hoshino, T.
履歴
登録2015年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月25日Group: Database references
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase acidic protein,Polymerase acidic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7434
ポリマ－22,3001
非ポリマー4433
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area180 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area9750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.397, 66.397, 127.392
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Polymerase acidic protein,Polymerase acidic protein / RNA-directed RNA polymerase subunit P2


分子量: 22300.494 Da / 分子数: 1 / 断片: endonuclease, residues 1-50, 73-196 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Puerto Rico/8/1934 H1N1 / 遺伝子: PA / プラスミド: pET50b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: P03433
#2: 化合物 ChemComp-4P8 / 5-(2-chlorobenzyl)-2-hydroxy-3-nitrobenzaldehyde


分子量: 291.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H10ClNO4
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.93 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Crystals were grown with the reservoir containing 100 mM MES, 1.1 M ammonium sulfate, 0.1 M potassium chloride and 9 % trehalose at pH 5.8. Crystal was then soaked with the ligand solution at pH 7.0.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月5日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator, liquid nitrogen cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 10401 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.16 / Χ2: 1.02 / Net I/av σ(I): 18.628 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 117975
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.548.81.1955040.8070.4221.270.996100
2.54-2.599.81.0554950.8960.351.1131.0199.8
2.59-2.6410.41.0515140.8950.3371.1050.981100
2.64-2.6910.91.0084950.880.3161.0581.024100
2.69-2.7512.20.8585180.9370.2520.8951.032100
2.75-2.82120.7694970.9310.2290.8031.042100
2.82-2.8912.60.6555150.9670.1890.6831.044100
2.89-2.9612.90.4855010.9780.1380.5051.032100
2.96-3.0512.80.3885060.9770.1110.4041.031100
3.05-3.1512.40.355220.9790.1020.3651.043100
3.15-3.2611.80.2785090.9810.0840.2911.014100
3.26-3.3912.10.2095090.9890.0620.2181.035100
3.39-3.5511.60.1715210.990.0530.1791.044100
3.55-3.7312.20.145120.9950.0420.1471.02899.8
3.73-3.9711.70.1125210.9940.0350.1171.045100
3.97-4.2710.80.0895290.9970.0290.0940.97599.8
4.27-4.710.80.0825330.9950.0270.0870.997100
4.7-5.3811.30.0795360.9970.0240.0830.995100
5.38-6.7810.70.0865550.9950.0280.0910.99299.8
6.78-509.30.0896090.9950.030.0941.02299.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.438

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIXphenix.refine: 1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZQQ

4zqq


解像度: 2.506→37.793 Å / FOM work R set: 0.8073 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2318 550 5.31 %
Rwork0.2007 9800 -
obs0.2024 10350 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 132.14 Å2 / Biso mean: 59.34 Å2 / Biso min: 26.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.506→37.793 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1493 0 26 23 1542
Biso mean--96.54 54.75 -
残基数----181
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061548
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7942079
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059218
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003265
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.054585
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.5058-2.75790.3191400.245923822522
2.7579-3.15690.32171290.236124042533
3.1569-3.97660.23321290.193924352564
3.9766-37.7970.19331520.185825792731

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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