PDB-5fd8: Crystal Structure of MccF-like Protein (BA_5613) in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fd8

タイトル

Crystal Structure of MccF-like Protein (BA_5613) in complex with ASA (alanyl sulfamoyl adenylates)

要素

LD-carboxypeptidase family protein

キーワード

HYDROLASE / MccF / ASA / serine peptidase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis str. Ames (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Nocek, B. / Severinov, K. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of MccF-like Protein (BA_5613) in complex with ASA ( (alanyl sulfamoyl adenylates)
著者: Nocek, B. / Severinov, K. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2015年12月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月13日	Group: Other
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fd8.cif.gz	376.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fd8.ent.gz	326.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fd8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5fd8_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fd8_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5fd8_validation.xml.gz	27.1 KB	表示
CIF形式データ	5fd8_validation.cif.gz	38.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/5fd8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/5fd8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4e5s-1 5usd-2 3nvd-2 4gyk-2 4e5s-2 3tla-d 3bmx-1 3nvd-1 3lk6-4 4iix-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP91764

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: LD-carboxypeptidase family protein

B: LD-carboxypeptidase family protein

ヘテロ分子

75.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.777, 83.683, 130.845
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	LD-carboxypeptidase family protein / Peptidase S66 / Putative carboxypeptidase yocD / Uncharacterized protein 分子量: 37332.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus anthracis str. Ames (炭疽菌) 遺伝子: yocD 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q81JT5, UniProt: A0A6L8PVW7*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-A5A / '5'-O-(N-(L-ALANYL)-SULFAMOYL)ADENOSINE / 5′-O-(アラニルスルファモイル)アデノシン分子量: 417.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₃H₁₉N₇O₇S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8 / 詳細: 30.0 % w/v PEG 3000 50 mM Bicine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月27日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→32.31 Å / Num. obs: 37167 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / R_merge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 2.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1888	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.05→32.309 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.85 / 位相誤差: 21.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2004	2565	4.99 %
R_work	0.1693	-	-
obs	0.1708	51434	90 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→32.309 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5145	0	56	268	5469

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	5339
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.731	7249
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.203	1943
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.028	832
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	920

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0436-2.0829	0.2442	83	0.2164	1407	X-RAY DIFFRACTION	34
2.0829-2.1254	0.2299	90	0.2168	1665	X-RAY DIFFRACTION	40
2.1254-2.1716	0.2423	98	0.2082	1759	X-RAY DIFFRACTION	42
2.1716-2.2222	0.2469	86	0.205	1871	X-RAY DIFFRACTION	45
2.2222-2.2777	0.2515	105	0.201	1947	X-RAY DIFFRACTION	47
2.2777-2.3393	0.2487	111	0.1868	2132	X-RAY DIFFRACTION	51
2.3393-2.4081	0.2397	136	0.1867	2389	X-RAY DIFFRACTION	58
2.4081-2.4858	0.2222	135	0.1948	2699	X-RAY DIFFRACTION	65
2.4858-2.5746	0.2427	143	0.1939	2883	X-RAY DIFFRACTION	69
2.5746-2.6776	0.2063	155	0.1809	3114	X-RAY DIFFRACTION	74
2.6776-2.7994	0.2256	169	0.1923	3166	X-RAY DIFFRACTION	76
2.7994-2.9469	0.2476	172	0.1947	3352	X-RAY DIFFRACTION	80
2.9469-3.1314	0.1962	179	0.1845	3419	X-RAY DIFFRACTION	82
3.1314-3.373	0.2075	190	0.1689	3418	X-RAY DIFFRACTION	82
3.373-3.712	0.2029	196	0.1496	3362	X-RAY DIFFRACTION	81
3.712-4.2481	0.1591	175	0.1382	3455	X-RAY DIFFRACTION	82
4.2481-5.3482	0.1498	162	0.1343	3455	X-RAY DIFFRACTION	82
5.3482-32.3135	0.1867	180	0.1741	3376	X-RAY DIFFRACTION	82

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.034	-0.0355	0.4554	0.8817	-0.3778	0.8398	-0.0028	0.1057	0.041	-0.0969	-0.0106	-0.0938	0.0126	0.1048	-0.0033	0.2073	-0.003	0.0199	0.1888	-0.0286	0.1597	-0.4825	0.8388	-50.9946
2	0.4925	-0.0771	0.3214	0.4028	0.3062	0.5667	-0.0281	0.0497	0.0626	-0.0489	0.0552	-0.0861	-0.0736	0.1275	-0.0157	0.1962	-0.0212	0.007	0.2043	-0.0072	0.1931	-1.1956	9.8565	-44.0611
3	0.9802	-0.3086	-0.2741	1.2127	0.4898	0.7777	-0.038	-0.0214	-0.0579	-0.0573	-0.0056	0.2322	0.0548	-0.1031	0.038	0.2163	-0.0331	-0.0107	0.2235	0.0001	0.2196	-21.134	0.9219	-43.0832
4	0.8033	0.2124	0.4678	0.4134	0.2805	0.708	0.0139	-0.07	-0.004	-0.0134	-0.0138	0.1139	0.0191	-0.1294	0.0065	0.182	-0.0051	0.002	0.192	0.0009	0.201	-15.0846	13.3667	-31.2545
5	1.176	0.1073	-0.2546	0.8439	-0.0719	0.6688	0.0019	-0.1077	0.0477	0.1294	-0.0142	0.0672	0.0244	-0.0343	0.0107	0.2039	0.0018	0.0225	0.2168	-0.0187	0.1642	-4.0812	11.5795	-1.7753
6	1.1845	0.2096	-0.0125	1.3723	0.3803	1.0435	-0.0466	-0.0767	-0.0614	0.2609	0.0828	-0.0358	0.0167	0.0033	-0.0197	0.2744	-0.0124	0.0103	0.2273	0.0181	0.1927	8.1633	-2.5332	-1.5474
7	1.6745	0.3696	-0.5526	1.828	-0.3446	1.2331	0.0372	-0.0577	-0.2976	0.1177	-0.0975	-0.2655	0.1764	0.1341	0.0674	0.232	0.0148	-0.0534	0.1967	0.0198	0.2274	12.3983	-3.8152	-11.5992
8	1.8555	-0.0872	0.1517	0.9384	-0.3012	1.0561	-0.0558	0.1032	-0.0318	0.1404	0.0464	-0.229	-0.1126	0.1406	-0.01	0.2043	-0.0038	-0.0137	0.1816	-0.0098	0.1842	4.0058	15.3221	-19.676
9	0.7591	0.3947	0.597	0.9702	0.4295	1.0606	0.0711	-0.0702	0.0229	0.0957	-0.1128	0.1713	0.1314	-0.2149	0.0096	0.1769	0.0041	-0.001	0.2123	-0.0239	0.2119	4.7399	2.6525	-23.0702
10	0.9276	0.1542	-0.0873	1.4027	-0.6578	1.02	-0.0778	-0.0482	0.0269	-0.2655	0.0432	-0.1388	0.1237	0.0557	0.0114	0.1533	-0.0006	0.0337	0.1833	-0.008	0.1888	10.4741	5.3083	-22.4339
11	1.0502	0.1465	-0.5752	0.5992	0.0412	1.8256	0.0275	0.1815	-0.1082	-0.1276	-0.0061	0.0402	0.0929	-0.0085	-0.025	0.1956	0.0081	-0.0125	0.1676	-0.0099	0.2056	13.5053	0.2399	-20.6267
12	1.2188	0.2722	-0.3576	0.9265	0.3688	1.9298	0.0718	-0.1453	-0.0667	0.0878	-0.029	-0.1893	0.0578	0.1094	-0.0641	0.1757	-0.0283	0.008	0.2268	0.0096	0.229	19.2992	7.3075	-9.4096

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 81 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 82 through 137 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 138 through 193 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 194 through 328 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid -1 through 137 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 138 through 175 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 176 through 203 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 204 through 222 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 223 through 247 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 248 through 272 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 273 through 305 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 306 through 328 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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