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- PDB-5fd3: Structure of Lin54 tesmin domain bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fd3
タイトルStructure of Lin54 tesmin domain bound to DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*AP*AP*CP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*AP*GP*TP*TP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*T)-3')
  • Protein lin-54 homolog
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / transcription factor / tesmin domain / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription regulatory region nucleic acid binding / RNA polymerase II transcription repressor complex / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / nucleosome organization / Polo-like kinase mediated events / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / G1/S-Specific Transcription / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / G0 and Early G1 / Cyclin E associated events during G1/S transition ...transcription regulatory region nucleic acid binding / RNA polymerase II transcription repressor complex / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / nucleosome organization / Polo-like kinase mediated events / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / G1/S-Specific Transcription / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / G0 and Early G1 / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
CRC domain / Lin-54 family / Tesmin/TSO1-like CXC domain, cysteine-rich domain / CRC domain profile. / Tesmin/TSO1-like CXC domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Protein lin-54 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Marceau, A.H. / Felthousen, J.G. / Goetsch, P.D. / Lee, H. / Tripathi, S.M. / Strome, S. / Litovchick, L. / Rubin, S.M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structural basis for LIN54 recognition of CHR elements in cell cycle-regulated promoters.
著者: Marceau, A.H. / Felthousen, J.G. / Goetsch, P.D. / Iness, A.N. / Lee, H.W. / Tripathi, S.M. / Strome, S. / Litovchick, L. / Rubin, S.M.
履歴
登録2015年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein lin-54 homolog
B: Protein lin-54 homolog
C: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*TP*TP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*AP*AP*CP*TP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*TP*TP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*T)-3')
I: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*AP*AP*CP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,67218
ポリマ－45,8876
非ポリマー78512
水1,00956
1
A: Protein lin-54 homolog
H: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*TP*TP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*T)-3')
I: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*AP*AP*CP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3369
ポリマ－22,9443
非ポリマー3926
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3100 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area10740 Å2
手法PISA
2
B: Protein lin-54 homolog
C: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*TP*TP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*AP*AP*CP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3369
ポリマ－22,9443
非ポリマー3926
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3170 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area10700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.320, 53.880, 67.120
Angle α, β, γ (deg.)98.400, 102.530, 106.570
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
12chain C
22chain H
13chain D
23chain I

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGHISHISchain AAA522 - 64311 - 132
21ARGARGZNZNchain BBB - R522 - 70611
12DGDGDTDTchain CCC1 - 121 - 12
22DGDGDTDTchain HHE1 - 121 - 12
13DCDCDCDCchain DDD1 - 131 - 13
23DCDCDCDCchain IIF1 - 131 - 13

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Protein lin-54 homolog / CXC domain-containing protein 1


分子量: 15331.646 Da / 分子数: 2 / 断片: tesmin domain (UNP residues 515-646) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIN54, CXCDC1, KIAA2037 / プラスミド: pGEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6MZP7
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*GP*TP*TP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*T)-3')


分子量: 3701.440 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*AP*AP*CP*TP*C)-3')


分子量: 3910.573 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.54 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 21% PEG 3350, 310 mM Magnesium Chloride Hexahydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 75 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03318 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月18日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03318 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→63.88 Å / Num. obs: 18229 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 8.86
反射 シェル解像度: 2.42→2.55 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.405 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 94.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RKH

4rkh


解像度: 2.42→36 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 30.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2381 908 5 %
Rwork0.1806 17237 -
obs0.1836 18145 94.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 153.38 Å2 / Biso mean: 61.4305 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.42→36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1657 979 12 56 2704
Biso mean--49.82 48.7 -
残基数----266
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012773
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.213925
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05424
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006345
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.321110
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A916X-RAY DIFFRACTION7.179TORSIONAL
12B916X-RAY DIFFRACTION7.179TORSIONAL
21C232X-RAY DIFFRACTION7.179TORSIONAL
22H232X-RAY DIFFRACTION7.179TORSIONAL
31D212X-RAY DIFFRACTION7.179TORSIONAL
32I212X-RAY DIFFRACTION7.179TORSIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4201-2.57170.3541560.27392859X-RAY DIFFRACTION94
2.5717-2.77020.31251370.24852863X-RAY DIFFRACTION95
2.7702-3.04880.32521420.2512912X-RAY DIFFRACTION95
3.0488-3.48970.30521520.20122814X-RAY DIFFRACTION94
3.4897-4.39540.20181690.15192918X-RAY DIFFRACTION96
4.3954-360.18621520.14172871X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.952-0.1770.33070.2319-0.17850.1249-0.0473-0.1839-0.2397-0.0074-0.006-0.3818-0.1445-0.231-00.4807-0.0554-0.01080.3583-0.03330.40281.134244.2688-5.718
20.3318-0.07820.11340.0463-0.0650.04820.30260.3240.23460.30850.14790.3255-0.2463-0.75830.00040.78940.07820.06630.6268-0.10460.5772-12.48743.6079-3.0799
30.6829-0.12180.89320.8953-0.07310.6670.2335-0.1013-0.01040.6469-0.20390.1826-0.16750.1752-00.5414-0.0510.03060.33920.04650.42851.321720.73946.6599
40.70650.1360.0650.01630.0470.40070.1082-0.0472-0.2066-0.20020.1810.2510.2485-0.1594-0.00010.5324-0.0195-0.04630.4071-0.00680.4235-15.99950.726913.4203
51.36590.5413-0.4360.2895-0.24460.24770.0279-0.4916-0.8066-0.1856-0.1105-0.463-0.51430.361-0.05420.64060.06260.03380.4613-0.07850.3781-4.810344.608418.9173
60.16940.2481-0.31970.1961-0.14070.71950.1490.0589-0.09510.2027-0.02930.1026-0.00650.2438-0.00010.57430.05930.05740.51990.08380.3725-17.600436.868638.931
70.42930.2846-0.01370.5969-0.08690.2735-0.5050.09360.9311-0.13930.55840.09420.15250.0435-0.00150.3581-0.0255-0.06480.56260.04910.552-24.016355.988532.8997
80.31340.078-0.10290.1837-0.32230.5803-0.4756-0.8677-0.4979-0.8517-0.1139-0.29280.55341.066-0.07580.3550.0563-0.02290.69330.16460.5934-5.003953.110227.2071
91.0908-0.487-0.14290.4986-0.04620.0849-1.1556-0.9469-0.27380.46690.4495-0.1389-0.46060.4934-0.080.56080.0522-0.09340.737-0.08960.4491-3.652756.560334.1054
100.1695-0.00030.18960.30850.04110.1876-0.2022-0.10130.4895-0.39430.36290.48320.1734-0.41690.00030.3623-0.0289-0.01510.58990.00390.4975-23.329951.951530.1016
110.28510.24130.09420.17280.0550.1642-0.8241.1802-0.5333-0.439-0.2208-0.68880.00080.9909-0.00860.5004-0.01660.06940.8240.140.682112.773626.213-14.3467
120.01090.0667-0.0420.76580.43420.5211-0.47840.8754-0.77150.58470.30560.98410.0384-0.2553-0.09210.2025-0.0386-0.00690.5513-0.0150.5776-6.620828.3019-7.9822
130.2565-0.2957-0.29020.7937-0.05050.539-0.34360.2038-0.54170.12180.0591-0.30580.33760.01990.00060.4154-0.01490.04330.3619-0.06220.5037-6.140327.1365-11.3535
140.1921-0.0694-0.07870.1542-0.00860.05060.0838-0.3157-0.00350.35160.2563-1.5128-0.08820.2897-0.00130.3481-0.034-0.07190.5220.11550.739313.179723.9976-6.4222
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 523:561)A523 - 561
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 562:577)A562 - 577
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 578:643)A578 - 643
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 522:562)B522 - 562
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 563:601)B563 - 601
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 602:643)B602 - 643
7X-RAY DIFFRACTION7(chain C and resid 1:7)C1 - 7
8X-RAY DIFFRACTION8(chain C and resid 8:12)C8 - 12
9X-RAY DIFFRACTION9(chain D and resid 1:6)D1 - 6
10X-RAY DIFFRACTION10(chain D and resid 7:13)D7 - 13
11X-RAY DIFFRACTION11(chain H and resid 1:5)H1 - 5
12X-RAY DIFFRACTION12(chain H and resid 6:12)H6 - 12
13X-RAY DIFFRACTION13(chain I and resid 1:9)I1 - 9
14X-RAY DIFFRACTION14(chain I and resid 10:13)I10 - 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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