PDB-5fc3: Structural basis of cohesin cleavage by separase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fc3

タイトル

Structural basis of cohesin cleavage by separase

要素

pAMK peptide
separase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / cysteine protease / cohesin / complex / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

nuclear chromosome segregation / separase / nuclear division / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum (菌類)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Lin, Z. / Luo, X. / Yu, H.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structural basis of cohesin cleavage by separase
著者: Lin, Z. / Luo, X. / Yu, H.

履歴

登録	2015年12月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月13日	Group: Database references
改定 1.2	2016年4月27日	Group: Database references
改定 1.3	2016年5月4日	Group: Derived calculations / Structure summary
改定 1.4	2017年9月27日	Group: Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fc3.cif.gz	207.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fc3.ent.gz	164.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fc3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5fc3_validation.pdf.gz	434.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fc3_full_validation.pdf.gz	437.9 KB	表示
XML形式データ	5fc3_validation.xml.gz	20.8 KB	表示
CIF形式データ	5fc3_validation.cif.gz	27.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/5fc3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/5fc3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fbyC 5fc2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2hs0-d 6bil-d 5fby-d 3krf-3 5thk-2 4lfg-d 1vk3-d 4p5k-2 5e7i-1 5zdq-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: pAMK peptide

B: separase

69.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	149.148, 149.148, 115.625
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-2321- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	pAMK peptide タイプ: Oligopeptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 1065.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: PAMK PEPTIDE Inhibitor
#2: タンパク質	separase 分子量: 68854.016 Da / 分子数: 1 / Fragment: unp residues 1633-2223 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0070540 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SHM3
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: ammonium citrate tribasic, PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.099→50 Å / Num. obs: 14250 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.6 % / Net I/σ(I): 14.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データ収集
Coot		モデル構築
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 3.1→48.82 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	711	5 %
R_work	0.194	-	-
obs	0.197	14228	99.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→48.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3797	0	0	38	3835

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3890
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.128	5258
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.74	1413
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	579
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	681

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0994-3.3387	0.3476	136	0.2671	2592	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3387-3.6746	0.3098	140	0.2173	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6746-4.206	0.2312	142	0.1826	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
4.206-5.2982	0.2108	142	0.164	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2982-48.8262	0.2675	151	0.1955	2880	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0997	-0.1431	-0.0857	0.2292	0.1358	0.0815	-0.0989	0.0615	0.0299	0.0413	-0.0305	0.0346	-0.0133	0.1632	-0.0011	0.7801	0.0263	0.1627	1.0647	-0.0051	1.2763	-0.1619	-61.2854	6.3618
2	0.5374	-0.2384	-0.2131	1.8854	-0.2616	1.0727	0.1345	0.2346	0.3943	-0.0779	-0.1132	-0.2319	-0.1719	0.0858	0	0.597	0.0543	0.0654	0.5997	0.0314	0.6413	-9.2916	-50.4584	-15.0889
3	1.0979	0.1785	-0.1089	0.451	0.1458	0.0464	0.223	0.2101	0.3078	-0.1054	-0.0669	0.0154	-0.1786	-0.2582	0	0.6735	0.1237	0.1062	0.5592	0.0968	0.5626	-24.9056	-41.1544	-21.0111
4	0.857	-0.6355	-0.5052	2.0787	0.1951	2.8973	-0.0099	-0.0578	-0.1092	-0.0542	0.036	-0.0999	-0.0349	-0.1054	0	0.3847	-0.005	-0.0083	0.4584	-0.0159	0.4416	-13.6574	-70.2767	-4.6973

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 5:7 )	A	5 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 1696:1818 )	B	1696 - 1818
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN B AND RESID 1819:1993 )	B	1819 - 1993
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 1994:2220 )	B	1994 - 2220

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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