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万見
- PDB-5fc3: Structural basis of cohesin cleavage by separase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fc3
タイトルStructural basis of cohesin cleavage by separase
要素
  • pAMK peptide
  • separase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / cysteine protease / cohesin / complex / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


separase / meiotic chromosome separation / mitotic spindle pole body / mitotic spindle / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase C50, separase / SEPARIN core domain / Separin, protease domain / SEPARIN core domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
PAMK PEPTIDE Inhibitor / separase
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Lin, Z. / Luo, X. / Yu, H.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structural basis of cohesin cleavage by separase
著者: Lin, Z. / Luo, X. / Yu, H.
履歴
登録2015年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月13日Group: Database references
改定 1.22016年4月27日Group: Database references
改定 1.32016年5月4日Group: Derived calculations / Structure summary
改定 1.42017年9月27日Group: Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: pAMK peptide
B: separase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9192
ポリマ－69,9192
非ポリマー00
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area960 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area20990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.148, 149.148, 115.625
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2321-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド pAMK peptide


タイプ: Oligopeptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 1065.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: PAMK PEPTIDE Inhibitor
#2: タンパク質 separase


分子量: 68854.016 Da / 分子数: 1 / Fragment: unp residues 1633-2223 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0070540 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SHM3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: ammonium citrate tribasic, PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.099→50 Å / Num. obs: 14250 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.6 % / Net I/σ(I): 14.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ収集
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
精密化解像度: 3.1→48.82 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 711 5 %
Rwork0.194 --
obs0.197 14228 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→48.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3797 0 0 38 3835
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013890
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1285258
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.741413
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049579
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007681
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0994-3.33870.34761360.26712592X-RAY DIFFRACTION98
3.3387-3.67460.30981400.21732652X-RAY DIFFRACTION100
3.6746-4.2060.23121420.18262681X-RAY DIFFRACTION100
4.206-5.29820.21081420.1642712X-RAY DIFFRACTION100
5.2982-48.82620.26751510.19552880X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0997-0.1431-0.08570.22920.13580.0815-0.09890.06150.02990.0413-0.03050.0346-0.01330.1632-0.00110.78010.02630.16271.0647-0.00511.2763-0.1619-61.28546.3618
20.5374-0.2384-0.21311.8854-0.26161.07270.13450.23460.3943-0.0779-0.1132-0.2319-0.17190.085800.5970.05430.06540.59970.03140.6413-9.2916-50.4584-15.0889
31.09790.1785-0.10890.4510.14580.04640.2230.21010.3078-0.1054-0.06690.0154-0.1786-0.258200.67350.12370.10620.55920.09680.5626-24.9056-41.1544-21.0111
40.857-0.6355-0.50522.07870.19512.8973-0.0099-0.0578-0.1092-0.05420.036-0.0999-0.0349-0.105400.3847-0.005-0.00830.4584-0.01590.4416-13.6574-70.2767-4.6973
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 5:7 )A5 - 7
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 1696:1818 )B1696 - 1818
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 1819:1993 )B1819 - 1993
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 1994:2220 )B1994 - 2220

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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