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- PDB-5fbq: PI4KB in complex with Rab11 and the MI358 Inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fbq
タイトルPI4KB in complex with Rab11 and the MI358 Inhibitor
要素
  • Phosphatidylinositol 4-kinase beta,Phosphatidylinositol 4-kinase beta
  • Ras-related protein Rab-11A
キーワードTRANSFERASE / Inhibitor / Complex / Kinase / Lipid
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / regulation of multivesicular body size / 1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / regulation of endocytic recycling / early endosome to recycling endosome transport / postsynaptic recycling endosome / establishment of protein localization to organelle / establishment of vesicle localization ...regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / regulation of multivesicular body size / 1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / regulation of endocytic recycling / early endosome to recycling endosome transport / postsynaptic recycling endosome / establishment of protein localization to organelle / establishment of vesicle localization / positive regulation of mitotic cytokinetic process / plasma membrane to endosome transport / regulation of cilium assembly / exosomal secretion / melanosome transport / rough endoplasmic reticulum membrane / amyloid-beta clearance by transcytosis / protein transmembrane transport / astral microtubule organization / VxPx cargo-targeting to cilium / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / regulation of vesicle-mediated transport / RAB geranylgeranylation / myosin V binding / Golgi to plasma membrane protein transport / multivesicular body assembly / phosphatidylinositol biosynthetic process / protein localization to cilium / dynein light intermediate chain binding / establishment of protein localization to membrane / protein localization to cell surface / TBC/RABGAPs / syntaxin binding / mitotic metaphase chromosome alignment / lysosome organization / positive regulation of epithelial cell migration / exocytosis / phosphatidylinositol-mediated signaling / cleavage furrow / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / inner ear development / centriolar satellite / mitotic spindle assembly / vesicle-mediated transport / transport vesicle / 14-3-3 protein binding / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / centriole / phagocytic vesicle / multivesicular body / small monomeric GTPase / receptor-mediated endocytosis / G protein activity / trans-Golgi network membrane / regulation of cytokinesis / protein localization to plasma membrane / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / cytoplasmic vesicle membrane / trans-Golgi network / recycling endosome / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / spindle pole / recycling endosome membrane / endocytic vesicle membrane / neuron projection development / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / vesicle / mitochondrial outer membrane / endosome / phosphorylation / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / centrosome / glutamatergic synapse / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / signal transduction / protein-containing complex / extracellular exosome / ATP binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / PI4KB/PIK1, accessory (PIK) domain / small GTPase Rab1 family profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily ...: / PI4KB/PIK1, accessory (PIK) domain / small GTPase Rab1 family profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5W6 / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-11A / Phosphatidylinositol 4-kinase beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.789 Å
データ登録者Chalupska, D. / Mejdrova, I. / Nencka, R. / Boura, E.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: PI4KB in complex with Rab11 and the MI358 Inhibitor
著者: Chalupska, D. / Mejdrova, I. / Nencka, R. / Boura, E.
履歴
登録2015年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 4-kinase beta,Phosphatidylinositol 4-kinase beta
B: Ras-related protein Rab-11A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,0874
ポリマ－90,0932
非ポリマー9942
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area29840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.759, 101.155, 188.486
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 4-kinase beta,Phosphatidylinositol 4-kinase beta / PtdIns 4-kinase beta / NPIK / PI4K92 / PI4KB


分子量: 65264.766 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 128-422, 523-799 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PI4KB, PIK4CB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UBF8, 1-phosphatidylinositol 4-kinase
#2: タンパク質 Ras-related protein Rab-11A / Rab-11 / YL8


分子量: 24827.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB11A, RAB11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62491
#3: 化合物 ChemComp-5W6 / ~{N}-[2-[[6-chloranyl-3-[3-[4-(hydroxymethyl)piperidin-1-yl]sulfonyl-4-methoxy-phenyl]-2-methyl-imidazo[1,2-b]pyridazin-8-yl]amino]ethyl]ethanamide


分子量: 551.058 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H31ClN6O5S
#4: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.32 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M magnesium chloride, 0.1M Tris PH=7, 10% (w/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.78→48.85 Å / Num. obs: 9508 / % possible obs: 96.34 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.211 / Net I/σ(I): 8.33 / Num. measured all: 51343
反射 シェル解像度: 3.78→3.92 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / % possible all: 91.53

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4D0L

4d0l


解像度: 3.789→48.849 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3016 471 4.99 %
Rwork0.248 --
obs0.2507 9439 96.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.789→48.849 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4962 0 65 0 5027
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035125
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.896944
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.61876
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03797
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008868
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7894-4.33750.30491510.30482891X-RAY DIFFRACTION95
4.3375-5.46360.31851570.26042972X-RAY DIFFRACTION97
5.4636-48.85340.2911630.22143105X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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