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- PDB-5fb9: S1 nuclease from Aspergillus oryzae with unoccupied active site -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fb9
タイトルS1 nuclease from Aspergillus oryzae with unoccupied active site
要素Nuclease S1
キーワードHYDROLASE / Endonuclease / Zinc dependent
機能・相同性
機能・相同性情報


Aspergillus nuclease S1 / nuclease activity / DNA catabolic process / endonuclease activity / nucleic acid binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
S1/P1 nuclease / S1/P1 Nuclease / P1 Nuclease / P1 Nuclease / Phospholipase C/P1 nuclease domain superfamily / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Aspergillus oryzae RIB40 (米麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Koval, T. / Oestergaard, L.H. / Dohnalek, J.
資金援助 チェコ, 3件
組織認可番号国
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLG14009 チェコ
BIOCEV: Biotechnology and Biomedicine Centre of the Academy of Sciences and Charles University from the European Regional Development FundCZ.1.05/1.1.00/02.0109 チェコ
European Community283570/8787
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2016
タイトル: Structural and Catalytic Properties of S1 Nuclease from Aspergillus oryzae Responsible for Substrate Recognition, Cleavage, Non-Specificity, and Inhibition.
著者: Koval, T. / stergaard, L.H. / Lehmbeck, J. / Nrgaard, A. / Lipovova, P. / Duskova, J. / Skalova, T. / Trundova, M. / Kolenko, P. / Fejfarova, K. / Stransky, J. / Svecova, L. / Hasek, J. / Dohnalek, J.
履歴
登録2015年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月11日Group: Database references
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32020年7月29日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_audit_support / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclease S1
B: Nuclease S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,90916
ポリマ－58,1672
非ポリマー1,74214
水15,691871
1
A: Nuclease S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9558
ポリマ－29,0841
非ポリマー8717
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nuclease S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9558
ポリマ－29,0841
非ポリマー8717
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.184, 48.595, 65.469
Angle α, β, γ (deg.)107.37, 90.13, 105.72
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TRP / Beg label comp-ID: TRP / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 21 - 284 / Label seq-ID: 1 - 264

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 AB

#1: タンパク質 Nuclease S1 / Deoxyribonuclease S1 / Endonuclease S1 / Single-stranded-nucleate endonuclease


分子量: 29083.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Mature protein without signal sequence. / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae RIB40 (米麹菌) / 遺伝子: nucS, AO090001000075 / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: P24021, Aspergillus nuclease S1
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 881分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 871 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M Sodium chloride, 0.05 M Calcium chloride, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
Temp details: stable

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→43.05 Å / Num. obs: 68828 / % possible obs: 88.2 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 5.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.187 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 54.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: our previous model of S1

解像度: 1.5→43.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / SU B: 1.133 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17736 3364 4.9 %Random selection
Rwork0.14877 ---
obs0.14963 68827 88.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.322 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.07 Å20.18 Å20.11 Å2
2--0.97 Å20.01 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→43.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4084 0 92 871 5047
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.024427
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.023890
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6471.9516088
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3763.0019039
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7155580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.94825.981209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.39815662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.639156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2681
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025164
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02990
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9041.1382176
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8991.1372175
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3541.7072729
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.3541.7082730
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.481.2842251
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.481.2842251
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.1791.8743335
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.82511.5146277
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.13510.3025736
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 31950 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.204 159 4.8 %
Rwork0.196 3163 -
obs--57.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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