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- PDB-5fag: Alanine Racemase from Streptomyces coelicolor A3(2) with Bound Pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fag
タイトルAlanine Racemase from Streptomyces coelicolor A3(2) with Bound Propionate Inhibitor
要素Alanine racemase
キーワードISOMERASE / PLP / alanine racemase / propionate
機能・相同性
機能・相同性情報


alanine racemase / D-alanine biosynthetic process / alanine racemase activity / peptidoglycan biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alanine racemase, pyridoxal-phosphate attachment site / Alanine racemase pyridoxal-phosphate attachment site. / Alanine racemase / Alanine racemase, C-terminal / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 ...Alanine racemase, pyridoxal-phosphate attachment site / Alanine racemase pyridoxal-phosphate attachment site. / Alanine racemase / Alanine racemase, C-terminal / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase / Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal / PLP-binding barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PROPANOIC ACID / Alanine racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor A3
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Tassoni, R. / Pannu, N.S.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Structural and functional characterization of the alanine racemase from Streptomyces coelicolor A3(2).
著者: Tassoni, R. / van der Aart, L.T. / Ubbink, M. / van Wezel, G.P. / Pannu, N.S.
履歴
登録2015年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月25日Group: Database references
改定 1.22017年2月1日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Alanine racemase
B: Alanine racemase
C: Alanine racemase
D: Alanine racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,31623
ポリマ－173,4964
非ポリマー1,82019
水14,484804
1
A: Alanine racemase
B: Alanine racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,82915
ポリマ－86,7482
非ポリマー1,08113
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8720 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area25700 Å2
手法PISA
2
C: Alanine racemase
D: Alanine racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,4878
ポリマ－86,7482
非ポリマー7406
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8350 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area25320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.950, 88.580, 108.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNAA10 - 39029 - 409
21ASNASNBB10 - 39029 - 409
12ASNASNAA10 - 39029 - 409
22ASNASNCC10 - 39029 - 409
13ASNASNAA10 - 39029 - 409
23ASNASNDD10 - 39029 - 409
14GLUGLUBB10 - 39129 - 410
24GLUGLUCC10 - 39129 - 410
15GLUGLUBB10 - 39129 - 410
25GLUGLUDD10 - 39129 - 410
16GLUGLUCC10 - 39129 - 410
26GLUGLUDD10 - 39129 - 410

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Alanine racemase


分子量: 43373.941 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
遺伝子: alr, SCO4745, SC6G4.23 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: O86786, alanine racemase

-
非ポリマー , 5種, 823分子

#2: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物
ChemComp-PPI / PROPANOIC ACID / プロピオン酸


分子量: 74.079 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O2
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 804 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.28 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M BIS-TRIS propane pH 8.5, 0.2 M NaNO3, 20% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.968622 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月2日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.968622 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→48.06 Å / Num. obs: 224162 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 1.51→1.56 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 1.016 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 90.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FAC

5fac


解像度: 1.51→48.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.783 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22528 11051 4.9 %RANDOM
Rwork0.19865 ---
obs0.19998 212779 96.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.274 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.51 Å20 Å2-0.64 Å2
2--2.34 Å20 Å2
3----0.5 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.51→48.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11384 0 113 804 12301
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.01912235
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0110.0211706
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9781.97116775
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.755326845
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.90251659
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.45321.44521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.811151795
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1815159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.21838
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02114200
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.022827
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1343.0266271
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1343.0266270
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0224.5327865
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.0224.5327866
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7783.4055964
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.7773.4045959
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.4134.9648842
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.625.06514362
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.60225.06714363
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A463560.08
12B463560.08
21A462140.08
22C462140.08
31A459900.07
32D459900.07
41B461240.07
42C461240.07
51B457260.07
52D457260.07
61C459880.07
62D459880.07
LS精密化 シェル解像度: 1.51→1.549 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.43 697 -
Rwork0.421 14019 -
obs--86.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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