PDB-5fa1: The structure of the beta-3-deoxy-D-manno-oct-2-ulosonic acid tra...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fa1

タイトル

The structure of the beta-3-deoxy-D-manno-oct-2-ulosonic acid transferase domain of WbbB

要素

Putative N-acetyl glucosaminyl transferase

キーワード

TRANSFERASE / LPS biosynthesis / glycosyltransferase

機能・相同性

: / Glycosyltransferase 99 family N-terminal domain / Capsule polysaccharide biosynthesis / Capsule polysaccharide biosynthesis protein / polysaccharide transport / polysaccharide biosynthetic process / transferase activity / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Putative N-acetyl glucosaminyl transferase

機能・相同性情報

生物種

Raoultella terrigena (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Mallette, E. / Ovchinnikova, O.G. / Whitfield, C. / Kimber, M.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2016
タイトル: Bacterial beta-Kdo glycosyltransferases represent a new glycosyltransferase family (GT99).
著者: Ovchinnikova, O.G. / Mallette, E. / Koizumi, A. / Lowary, T.L. / Kimber, M.S. / Whitfield, C.

履歴

登録	2015年12月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月25日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fa1.cif.gz	339.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fa1.ent.gz	274.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fa1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5fa1_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fa1_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5fa1_validation.xml.gz	37.8 KB	表示
CIF形式データ	5fa1_validation.cif.gz	57.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/5fa1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/5fa1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fa0SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2kz7-d 4cym-1 4cym-3 3a1i-1 5x1l-2 5x1j-1 3upl-d 5x1m-1 3nh2-d 1kcx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative N-acetyl glucosaminyl transferase

B: Putative N-acetyl glucosaminyl transferase

ヘテロ分子

92.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.750, 159.390, 120.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-1023- HOH
2	1	B-1033- HOH

#1: タンパク質	Putative N-acetyl glucosaminyl transferase 分子量: 46096.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Raoultella terrigena (バクテリア) 遺伝子: wbbB / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6U8B0
#2: 化合物	ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP 分子量: 323.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₃O₈P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 837 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 10 mg/ml WbbB, 0.2 M NaCl, 0.1M Bis-Tris, 25% PEG 3350, 1 mM TCEP, 1mM CMP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月10日
放射	モノクロメーター: ACCEL/BRUKER double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 52154 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / R_sym value: 0.094 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2.85 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5FA0

5fa0

解像度: 2.1→48.046 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2099	2608	5 %	random selection
R_work	0.1711	-	-	-
obs	0.173	52148	99.99 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.046 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6187	0	42	837	7066

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	6422
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.827	8737
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.84	2293
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.033	969
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1129

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1382	0.2412	135	0.1999	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1382-2.1793	0.2379	135	0.1975	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1793-2.2238	0.216	137	0.1976	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2238-2.2721	0.2667	135	0.2151	2562	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2721-2.325	0.2372	136	0.1924	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.325-2.3831	0.232	136	0.178	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3831-2.4476	0.208	136	0.1801	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4476-2.5196	0.2243	136	0.1764	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5196-2.6009	0.2446	136	0.1762	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6009-2.6939	0.2557	136	0.1825	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6939-2.8017	0.2468	138	0.1824	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8017-2.9292	0.2087	136	0.1823	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9292-3.0836	0.218	138	0.1748	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0836-3.2768	0.2032	136	0.1709	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2768-3.5297	0.1844	138	0.1605	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5297-3.8848	0.2141	139	0.1579	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8848-4.4466	0.1662	139	0.137	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4466-5.6008	0.1678	139	0.1426	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6008-48.0584	0.1899	147	0.1687	2779	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8862	0.1424	0.1877	2.4116	0.5643	1.8783	0.0949	-0.2103	-0.0571	0.8952	-0.0228	-0.2296	0.6245	0.1169	-0.0092	0.3341	0.0392	-0.0524	0.1369	-0.0055	0.1103	25.156	30.3452	37.6455
2	1.1824	0.1572	0.059	2.0252	0.5664	1.7603	0.0727	0.2955	0.0679	-0.9187	-0.0465	-0.0664	-0.6328	-0.0214	-0.0189	0.3885	0.0043	0.0586	0.145	-0.0006	0.0754	21.7742	61.6968	15.3738
3	0.612	0.0288	0.1734	2.7268	1.1297	1.7292	0.006	-0.0271	0.0306	0.1735	-0.0303	-0.0295	0.2361	-0.0112	0.0266	0.0742	0.0245	0.0279	0.0961	-0.0156	0.0871	22.7186	26.0423	19.7733
4	0.7619	0.1334	-0.0814	2.8147	0.46	0.6165	0.0555	0.0317	0.0408	-0.312	0.0947	-0.0748	-0.2534	0.0059	-0.084	0.1291	-0.0399	0.0425	0.0585	-0.0025	0.103	24.6222	65.9524	33.1844
5	1.3242	0.0048	0.1043	2.0872	0.5265	1.392	-0.07	0.0659	0.0058	-0.3789	0.2083	-0.3181	0.0349	0.2824	-0.0211	0.1251	0.0461	0.0546	0.1507	-0.0697	0.134	29.0412	26.9482	9.2813
6	0.8145	-0.2793	-0.374	1.968	0.1673	0.7257	0.042	-0.2686	0.1585	0.3667	0.407	-1.0213	-0.2441	0.3333	0.1031	0.007	-0.1183	-0.1136	0.1647	-0.1249	0.2381	33.4312	64.5995	41.2846
7	1.9046	-0.3428	-0.5979	1.3791	-0.1558	1.6266	-0.0846	0.072	-0.2473	-0.1294	-0.0781	0.5439	0.1808	-0.248	0.0438	0.0911	-0.0129	0.0325	0.1449	-0.07	0.2692	4.6823	21.0581	17.0113
8	2.1406	0.4239	0.2711	1.974	-0.1145	1.9645	0.0489	-0.1002	0.2066	0.0831	-0.0538	0.284	-0.1689	-0.2665	-0.0068	0.0861	0.0091	0.0152	0.133	-0.0256	0.0933	8.3023	71.4262	41.5357

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 2:156 )	A	2 - 156
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 2:156 )	B	2 - 156
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 157:183 )	A	157 - 183
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 157:183 )	B	157 - 183
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND ( RESID 184:215 OR RESID 330:403 ) )	A	184 - 215
6	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND ( RESID 184:215 OR RESID 330:403 ) )	A	330 - 403
7	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND ( RESID 184:215 OR RESID 330:401 ) )	B	184 - 215
8	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND ( RESID 184:215 OR RESID 330:401 ) )	B	330 - 401
9	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 220:329 )	A	220 - 329
10	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 216:329 )	B	216 - 329

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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