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- PDB-5f9t: Crystal Structure of Streptococcus pneumoniae NanC, covalent comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f9t
タイトルCrystal Structure of Streptococcus pneumoniae NanC, covalent complex with a fluorinated Neu5Ac derivative
要素Neuraminidase C
キーワードHYDROLASE / Sialidase / Neuraminidase / covalent intermediate / CBM40
機能・相同性
機能・相同性情報


ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BNR repeat / BNR/Asp-box repeat / Intramolecular trans-sialidase; domain 3 / Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 / Glycoside hydrolase, family 33, N-terminal / Trans-sialidase, domain 3 / Sialidase, N-terminal domain / BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase ...BNR repeat / BNR/Asp-box repeat / Intramolecular trans-sialidase; domain 3 / Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 / Glycoside hydrolase, family 33, N-terminal / Trans-sialidase, domain 3 / Sialidase, N-terminal domain / BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FSI / Chem-SFJ / exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae serotype 4 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Owen, C.D. / Lukacik, P. / Potter, J.A. / Walsh, M. / Taylor, G.L.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/F016778/1 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
著者: Owen, C.D. / Lukacik, P. / Potter, J.A. / Sleator, O. / Taylor, G.L. / Walsh, M.A.
履歴
登録2015年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
置き換え2015年12月23日ID: 4YW0
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年6月30日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_ec ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 2.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuraminidase C
B: Neuraminidase C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,3627
ポリマ－147,9572
非ポリマー1,4055
水9,962553
1
A: Neuraminidase C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,6353
ポリマ－73,9791
非ポリマー6572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Neuraminidase C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7274
ポリマ－73,9791
非ポリマー7493
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.236, 74.843, 113.352
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.310, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 83 - 741 / Label seq-ID: 1 - 659

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Neuraminidase C / Putative neuraminidase


分子量: 73978.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4) (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: SP_1326 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0H2UQE4, UniProt: A0A0B7LH44*PLUS, exo-alpha-sialidase
#2: 糖 ChemComp-FSI / 5-acetamido-3,5-dideoxy-3-fluoro-D-erythro-alpha-L-manno-non-2-ulopyranosonic acid / 5-(acetylamino)-3,5-dideoxy-3-fluoro-D-erythro-alpha-L-manno-non-2-ulopyranosonic acid / 3-FLUOROSIALIC ACID / 5-acetamido-3,5-dideoxy-3-fluoro-D-erythro-alpha-L-manno-non-2-ulosonic acid / 5-acetamido-3,5-dideoxy-3-fluoro-D-erythro-L-manno-non-2-ulosonic acid / 5-acetamido-3,5-dideoxy-3-fluoro-D-erythro-manno-non-2-ulosonic acid / (2R,3R,4R,5R,6R)-2,4-ジヒドロキシ-3-フルオロ-5-アセチルアミノ-6-((1R,2R)-1,2(以下略)


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 327.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C11H18FNO9
識別子タイププログラム
b-D-Neup5Ac3fluoroIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 糖 ChemComp-SFJ / (2R,3R,4R,5R,6R)-5-acetamido-2,3-difluoro-4-hydroxy-6-[(1R,2R)-1,2,3-trihydroxypropyl]tetrahydro-2H-pyran-2-carboxylic acid / (2R,3R,4R,5R,6R)-5-(acetylamino)-2,3-difluoro-4-hydroxy-6-[(1R,2R)-1,2,3-trihydroxypropyl]tetrahydro-2H-pyran-2-carboxy lic acid / 2,3-difluoro-sialic acid / 5-acetamido-2,3-difluoro-3-hydroxy-6-[1,2,3-trihydroxypropyl]oxane-2-carboxylic acid / 2,3α-ジフルオロ-N-アセチル-2-デオキシ-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 329.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17F2NO8
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 553 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 16% PEG8000, 20% glycerol, 40mM monopotassium phosphate, 10% sugar free Irn Bru

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→30 Å / Num. obs: 102205 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Χ2: 2.014 / Net I/av σ(I): 15.966 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 360436
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.05-2.092.80.57639301.94475.1
2.09-2.1230.55543972.07384.7
2.12-2.163.30.52149782.05396
2.16-2.213.50.52852052.12199.9
2.21-2.263.50.50651932.06100
2.26-2.313.60.43952021.99799.9
2.31-2.373.60.41551712.05100
2.37-2.433.60.37552282.017100
2.43-2.53.60.34752241.997100
2.5-2.583.50.3351852.078100
2.58-2.673.50.27852252.062100
2.67-2.783.50.23752121.99100
2.78-2.913.50.252102.06399.9
2.91-3.063.50.14952122.10399.9
3.06-3.253.70.10652482.106100
3.25-3.53.80.07352372.233100
3.5-3.863.80.05652282.18699.9
3.86-4.413.70.04552741.885100
4.41-5.553.70.03652821.61299.9
5.55-303.60.03453641.65999.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å23.63 Å
Translation3.5 Å23.63 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2vw2

2vw2


解像度: 2.05→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / WRfactor Rfree: 0.198 / WRfactor Rwork: 0.1696 / FOM work R set: 0.8067 / SU B: 9.551 / SU ML: 0.129 / SU R Cruickshank DPI: 0.1914 / SU Rfree: 0.1673 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2348 5098 5 %RANDOM
Rwork0.1976 ---
obs0.1995 96897 97.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 174.14 Å2 / Biso mean: 33.251 Å2 / Biso min: 12.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.79 Å20 Å2-0.1 Å2
2--0.25 Å20 Å2
3----1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10444 0 92 553 11089
Biso mean--31.56 30.3 -
残基数----1318
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0210796
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0210023
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4331.95514650
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.094323113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3251320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.2424.751503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.524151819
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.651546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21605
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.022523
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.3071.4125280
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.3071.4125279
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.72.0866600
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 82570 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.051→2.104 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 313 -
Rwork0.259 5523 -
all-5836 -
obs--76.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6292-0.57620.08951.6728-0.06571.34980.05070.0232-0.1843-0.02610.01350.09410.18250.12-0.06430.12980.0189-0.07430.043-0.01220.0888137.4637-4.39346.2688
21.4015-0.47330.07511.4814-0.20441.6287-0.0025-0.02360.0955-0.00770.05710.0434-0.1268-0.0204-0.05450.1172-0.0301-0.03250.0470.00510.0937122.145625.020954.1905
33.4352-1.0227-0.01771.6098-0.39011.8676-0.1123-0.26440.24830.21070.16710.2609-0.2983-0.317-0.05470.31350.08690.03030.179-0.03680.1154111.078638.870873.872
45.721-4.5574.921911.6756-4.46696.04250.0530.1942-0.3223-0.3589-0.1942-1.92980.23311.57470.14120.44880.12030.03841.12130.20390.6596132.86369.696571.1453
50.9359-0.30450.18630.78680.03951.07140.04750.0427-0.0252-0.05890.00710.2255-0.1085-0.1946-0.05450.0956-0.0019-0.040.06320.04650.1282109.343123.511946.3694
61.05520.5049-0.52252.5147-0.62512.2985-0.12380.0315-0.0870.00880.07620.14210.4597-0.21830.04760.3706-0.05470.03110.07750.01250.1448111.7002-30.25288.6595
70.98460.5456-0.22992.3059-0.49972.43140.04180.03450.06390.1790.01210.0894-0.1864-0.0742-0.05380.14880.0199-0.0210.06660.02210.0901120.03830.1654-4.2601
82.9966-0.91780.16742.8472-1.60974.33770.08270.0447-0.04350.0098-0.0028-0.178-0.12090.1603-0.07990.1725-0.01040.01760.09690.04140.0593128.179515.84-27.7194
92.21511.0422-0.5654.0384-2.27223.4729-0.01580.20760.0131-0.30320.2230.19810.0719-0.4438-0.20720.10910.03-0.04310.22610.04830.0711112.04734.3018-22.2778
100.5540.2395-0.23791.2204-0.83891.96970.0796-0.103-0.02260.3217-0.2397-0.2937-0.28770.48570.16020.2012-0.0703-0.09090.14880.0490.1176136.00260.88442.3122
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A83 - 273
2X-RAY DIFFRACTION2A274 - 395
3X-RAY DIFFRACTION3A396 - 469
4X-RAY DIFFRACTION4A470 - 474
5X-RAY DIFFRACTION5A475 - 741
6X-RAY DIFFRACTION6B83 - 276
7X-RAY DIFFRACTION7B277 - 396
8X-RAY DIFFRACTION8B397 - 444
9X-RAY DIFFRACTION9B445 - 493
10X-RAY DIFFRACTION10B494 - 741

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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