[日本語] English
万見
- PDB-5f95: Crystal structure of GSK3b in complex with Compound 18: 2-[(cyclo... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f95
タイトルCrystal structure of GSK3b in complex with Compound 18: 2-[(cyclopropylcarbonyl)amino]-N-(4-phenylpyridin-3-yl)pyridine-4-carboxamide
要素Glycogen synthase kinase-3 beta
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / GSK3b / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of microtubule anchoring at centrosome / beta-catenin destruction complex disassembly / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / neuron projection organization / negative regulation of type B pancreatic cell development / superior temporal gyrus development / : / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein localization to cilium ...regulation of microtubule anchoring at centrosome / beta-catenin destruction complex disassembly / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / neuron projection organization / negative regulation of type B pancreatic cell development / superior temporal gyrus development / : / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein localization to cilium / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / positive regulation of protein localization to centrosome / maintenance of cell polarity / positive regulation of cilium assembly / negative regulation of protein acetylation / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / beta-catenin destruction complex / tau-protein kinase / CRMPs in Sema3A signaling / heart valve development / regulation of microtubule-based process / regulation of protein export from nucleus / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / Maturation of nucleoprotein / cellular response to interleukin-3 / negative regulation of TOR signaling / Wnt signalosome / negative regulation of protein localization to nucleus / regulation of long-term synaptic potentiation / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / Maturation of nucleoprotein / AKT phosphorylates targets in the cytosol / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / positive regulation of cell-matrix adhesion / regulation of axon extension / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / regulation of axonogenesis / regulation of dendrite morphogenesis / tau-protein kinase activity / establishment of cell polarity / glycogen metabolic process / ER overload response / regulation of neuron projection development / protein kinase A catalytic subunit binding / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / dynactin binding / NF-kappaB binding / epithelial to mesenchymal transition / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / negative regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of protein-containing complex assembly / canonical Wnt signaling pathway / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / regulation of microtubule cytoskeleton organization / positive regulation of autophagy / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / regulation of cellular response to heat / cellular response to retinoic acid / extrinsic apoptotic signaling pathway / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of GTPase activity / positive regulation of protein export from nucleus / excitatory postsynaptic potential / negative regulation of cell migration / positive regulation of protein ubiquitination / hippocampus development / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / mitochondrion organization / peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of cell differentiation / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / positive regulation of protein-containing complex assembly / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / regulation of circadian rhythm / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / tau protein binding / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / beta-catenin binding / circadian rhythm / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to amyloid-beta / Regulation of RUNX2 expression and activity / neuron projection development / p53 binding / positive regulation of protein binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / insulin receptor signaling pathway / kinase activity
類似検索 - 分子機能
: / Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...: / Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3UP / Glycogen synthase kinase-3 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.525 Å
データ登録者Lewis, H.A. / Kish, K. / Luo, G. / Dubowchick, G.M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Discovery of Isonicotinamides as Highly Selective, Brain Penetrable, and Orally Active Glycogen Synthase Kinase-3 Inhibitors.
著者: Luo, G. / Chen, L. / Burton, C.R. / Xiao, H. / Sivaprakasam, P. / Krause, C.M. / Cao, Y. / Liu, N. / Lippy, J. / Clarke, W.J. / Snow, K. / Raybon, J. / Arora, V. / Pokross, M. / Kish, K. / ...著者: Luo, G. / Chen, L. / Burton, C.R. / Xiao, H. / Sivaprakasam, P. / Krause, C.M. / Cao, Y. / Liu, N. / Lippy, J. / Clarke, W.J. / Snow, K. / Raybon, J. / Arora, V. / Pokross, M. / Kish, K. / Lewis, H.A. / Langley, D.R. / Macor, J.E. / Dubowchik, G.M.
履歴
登録2015年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月24日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glycogen synthase kinase-3 beta
B: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,4044
ポリマ－79,6882
非ポリマー7172
水1,24369
1
A: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2022
ポリマ－39,8441
非ポリマー3581
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2022
ポリマ－39,8441
非ポリマー3581
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.979, 82.744, 177.609
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Glycogen synthase kinase-3 beta / GSK-3 beta / Serine/threonine-protein kinase GSK3B


分子量: 39843.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSK3B / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス)
参照: UniProt: P49841, tau-protein kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-3UP / 2-[(cyclopropylcarbonyl)amino]-N-(4-phenylpyridin-3-yl)pyridine-4-carboxamide / 2-(シクロプロピルカルボニルアミノ)-4-(4-フェニル-3-ピリジニルカルバモイル)ピリジン


分子量: 358.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H18N4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Crystals grown in the presence of 25% PEG 1500 and 0.1 M MMT pH 4.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30.3 Å / Num. obs: 40511 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.9 % / Net I/σ(I): 10.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.525→30.274 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.9 / 位相誤差: 28.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2424 2023 5.01 %
Rwork0.2015 --
obs0.2036 40371 98.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.525→30.274 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5047 0 54 69 5170
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095234
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.197182
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4451848
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049830
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007978
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.525-2.58810.37011160.31762387X-RAY DIFFRACTION88
2.5881-2.6580.38371320.31072707X-RAY DIFFRACTION99
2.658-2.73620.37351480.28732702X-RAY DIFFRACTION99
2.7362-2.82440.32041540.26012740X-RAY DIFFRACTION100
2.8244-2.92530.33011570.25312701X-RAY DIFFRACTION100
2.9253-3.04230.34371490.24522741X-RAY DIFFRACTION100
3.0423-3.18060.28041180.24112753X-RAY DIFFRACTION99
3.1806-3.34810.32451350.22342754X-RAY DIFFRACTION100
3.3481-3.55760.2561560.21442757X-RAY DIFFRACTION100
3.5576-3.83180.21231390.18672765X-RAY DIFFRACTION100
3.8318-4.21650.19271550.16922765X-RAY DIFFRACTION100
4.2165-4.82450.1861460.14482805X-RAY DIFFRACTION100
4.8245-6.07030.22141630.18652816X-RAY DIFFRACTION100
6.0703-30.27640.20081550.18562955X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3583-1.21010.05711.0802-0.11991.28420.012-0.04410.0611-0.0087-0.0566-0.10760.13140.0193-0.00110.4645-0.04810.00280.2781-0.02450.4504-0.9624-6.1554-37.1596
20.71750.16930.03240.42630.09510.9433-0.0121-0.0065-0.01160.1090.0040.15570.0894-0.4100.4503-0.05660.02460.3888-0.0130.3876-20.54621.355-37.7228
35.04630.23253.59223.36720.56693.01730.4775-0.3471-0.55141.24510.34410.5331-0.1008-0.71370.79050.6561-0.06290.1950.86960.03740.6245-40.08064.2976-31.4477
40.02050.0067-0.14891.0706-0.20361.8149-0.03810.31720.0591-0.29060.094-0.023-0.2547-0.32390.00010.488-0.0012-0.04450.4889-0.03650.4328-21.29767.0693-52.3756
51.1088-0.0621-0.84490.8180.24633.899-0.07810.14780.25280.14830.36530.0912-0.26680.2054-0.26690.25840.07460.05170.3988-0.02990.4333-33.574826.5479-8.3784
60.4525-0.269-0.47651.67021.07111.7642-0.23140.2165-0.0831-0.05110.38150.3247-0.239-0.6313-0.01410.3881-0.02610.01050.71750.06240.4467-38.737316.8206-9.2383
70.842-0.5451-0.46531.53430.54441.56180.0091-0.13610.03620.0478-0.1614-0.16370.13210.0162-0.0020.3404-0.11650.03540.42980.00470.3429-20.141710.4834-3.4276
80.6614-0.5423-0.54041.0967-0.52871.84760.09270.0593-0.12290.1005-0.11640.07730.4583-0.47270.00030.4052-0.07110.01840.4757-0.0210.4049-26.00921.8515-10.6325
91.3706-1.09721.15142.1265-1.12181.03870.08690.62170.0009-0.5893-0.1534-0.05070.09270.7960.04480.50240.03450.0640.3881-0.04340.4402-13.6916-5.1453-18.4174
101.1636-0.358-1.47140.42620.60551.9342-0.5371-0.4494-0.02380.06930.15160.2810.64430.3079-0.11020.72090.06760.03730.29360.06850.6896-15.0874-12.5967-10.8648
111.2632-0.00610.42271.0486-0.8391.25340.1744-0.4201-0.09150.3078-0.1145-0.19680.2505-0.20580.00210.6007-0.10920.01210.5890.03070.4785-21.3944-1.0857.365
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 36:154 )A36 - 154
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 155:273 )A155 - 273
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 274:300 )A274 - 300
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 301:383 )A301 - 383
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 36:88 )B36 - 88
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 89:126 )B89 - 126
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 127:175 )B127 - 175
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 176:252 )B176 - 252
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 253:273 )B253 - 273
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 274:310 )B274 - 310
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 311:385 )B311 - 385

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る